Order	SeqName	SeqType	IsAE	Lum_Epi	Lum_Epi2	Myo_Epi	Myo_Epi2	hESCs	StemLike	vHMECs
1	GGT2	Gene	0	0.61	0.46	0.54	1.50	0.21	0.60	0.36
2	401924	Transcript	0	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
3	402582	Transcript	0	0.69	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.31
4	249062	Transcript	0	0.00	0.00	0.05	0.00	0.27	0.00	0.30
5	405188	Transcript	0	0	0	0	0	0	0	0
6	402086	Transcript	0	1.55	0.00	0.40	0.00	0.00	0.00	0.00
7	403315	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	405759	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
9	401767	Transcript	0	0.01	0.01	0.03	0.07	0.01	0.05	0.01
10	404142	Transcript	0	0.00	0.61	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00
11	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.38	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
12	E1a_E2b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
13	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
14	ER2b	ExonRegion	0	0.80	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03
15	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	E2a_E3c	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
17	ER3a	ExonRegion	0	2.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.92
18	E3_Ab	KnownBoundary	0	3.50	1.39	6.65	2.98	6.73	0.00	6.58
19	E3_Ac	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
20	ER3b	ExonRegion	0	2.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.67
21	ER3c	ExonRegion	0	1.61	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.32
22	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
23	ER4a	ExonRegion	0	0.34	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
24	E4a_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
25	ER5a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
26	E5a_E6a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
27	E5b_E6b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
28	ER5b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
29	ER6a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
30	ER6b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	1.03	0.00	0.18
31	E6a_E7a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
32	ER7a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.27
33	E7_Ab	KnownBoundary	0	3.20	6.99	7.43	6.53	5.00	2.68	22.61
34	ER7b	ExonRegion	0	0.79	1.08	0.24	0.75	0.66	0.67	0.46
35	E7a_E8a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
36	E7a_E9a	KnownJunction	0	2.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
37	E7b_E8b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
38	ER7c	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.68	0.00	0.00	0.00	0.00
39	ER8a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.14	0.00	0.81	0.00	0.00
40	ER8b	ExonRegion	0	0.38	0.00	0.21	0.00	0.12	0.00	0.00
41	E8a_E9a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
42	ER9a	ExonRegion	0	0.84	0.54	1.31	1.65	1.26	0.86	0.78
43	E9a_E10a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
44	ER10a	ExonRegion	0	2.24	1.12	2.42	5.49	0.70	2.50	1.11
45	E10a_E11d	KnownJunction	0	1.03	0.00	0.80	0.00	0.00	0.00	0.00
46	E10a_E11e	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
47	ER11a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
48	E11a_E11d	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
49	E11a_E11e	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
50	ER11b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
51	ER11c	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
52	ER11d	ExonRegion	0	0.02	0.02	0.06	0.13	0.01	0.09	0.02
53	E11_Ad	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
54	E11_Ae	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
55	ER11e	ExonRegion	0	2.31	2.43	6.62	11.73	0.99	7.86	2.73
56	E11_Af	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	1.68	0.00	1.66	0.00
57	ER11f	ExonRegion	0	1.92	1.32	5.02	8.52	0.40	6.74	2.70
58	ER11g	ExonRegion	0	0.98	0.72	2.93	3.02	0.00	2.67	1.16
59	E11b_E12a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
60	E11b_E12b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.89
61	E12_Ab	NovelBoundary	0	0.87	0.00	7.56	6.10	8.67	8.68	10.43
62	ER12a	ExonRegion	0	0.20	1.57	1.18	1.73	0.00	0.55	0.50
63	ER12b	ExonRegion	0	0.44	2.68	0.00	1.47	0.02	0.00	0.25
64	E12a_E13a	KnownJunction	0	1.85	2.34	0.00	3.25	0.00	0.00	0.00
65	ER13a	ExonRegion	0	1.29	3.64	0.58	5.39	0.71	1.16	0.00
66	E13_Da	KnownBoundary	0	0.00	2.26	0.85	5.34	0.00	1.45	0.00
67	E13a_E14a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
68	ER13b	ExonRegion	0	0.01	0.58	0.33	1.49	0.00	0.49	0.00
69	E13b_E14b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
70	ER14a	ExonRegion	0	0.00	1.21	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00
71	E14_Ab	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
72	ER14b	ExonRegion	0	0.89	0.42	0.46	3.26	0.08	0.82	0.00
73	E14a_E15a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
74	ER15a	ExonRegion	0	0.11	0.00	0.35	5.32	0.22	0.63	0.00
75	E15_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	11.05	0.00	0.00	0.00
76	ER15b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	2.70	0.00	0.69	0.00
77	E15_Db	KnownBoundary	0	3.71	3.18	5.55	10.51	4.24	0.00	10.42
78	ER15c	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	2.49	0.00	0.41	0.00
79	ER15d	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	2.49	0.00	0.00	0.00
80	ER15e	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	2.49	0.00	0.00	0.00
81	ER15f	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	1.07	0.00	0.00	0.00
82	ER15g	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00