Order	SeqName	SeqType	IsAE	Lum_Epi	Lum_Epi2	Myo_Epi	Myo_Epi2	hESCs	StemLike	vHMECs
1	AL391137.11	Gene	0	0.16	0.00	0.44	0.27	0.24	0.27	0.15
2	399538	Transcript	0	0.19	0.00	0.23	0.30	0.27	0.31	0.17
3	IG35	Intergenic	0	0.65	0.24	0.33	0.34	0.52	0.15	11.27
4	IG35_SR1	SilentIntergenicRegion	0	0.65	0.24	0.33	0.34	0.52	0.15	11.28
5	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.93
7	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.75	0.00	0.00	1.14	1.04	1.21	0.64
8	I1	Intron	0	0.43	0.09	0.23	0.15	0.14	0.03	16.28
9	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	0.37	0.00	0.37	0.00	0.00	0.00	13.57
10	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	11.57
11	I1_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.86
12	I1_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.62	0.00	0.62	2.35	0.00	0.00	24.39
13	I1_SR3	SilentIntronRegion	0	0.44	0.17	0.38	0.16	0.00	0.00	14.37
14	I1_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.99	0.46	0.29	0.00	0.21	0.00	29.87
15	I1_SR4	SilentIntronRegion	0	0.88	0.23	0.41	0.41	0.23	0.12	25.01
16	I1_AR4	ActiveIntronRegion	0	0.31	0.00	0.00	0.00	0.35	0.78	15.85
17	I1_SR5	SilentIntronRegion	0	0.37	0.06	0.19	0.13	0.04	0.01	15.57
18	I1_AR5	ActiveIntronRegion	0	0.42	0.29	0.85	0.00	4.36	0.00	10.17
19	I1	Intron	0	2.19	0.79	4.31	0.83	0.14	0.07	198.54
20	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.01	0.59	3.28	1.90	0.00	0.00	133.86
21	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	2.42	0.15	3.44	1.97	0.21	0.00	202.80
22	I1_AR2	ActiveIntronRegion	0	4.16	2.09	8.06	0.42	0.28	0.00	331.37
23	I1_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.96	0.41	3.72	0.95	0.08	0.12	204.77
24	I1_SR2	SilentIntronRegion	0	2.30	1.28	6.09	0.87	0.23	0.23	274.22
25	I1_AR4	ActiveIntronRegion	0	2.46	0.00	5.07	1.39	0.00	0.00	177.94
26	I1_AR5	ActiveIntronRegion	0	2.13	0.44	5.85	1.34	0.13	0.00	331.84
27	I1_SR3	SilentIntronRegion	0	3.60	0.14	5.96	1.33	0.25	0.00	209.92
28	I1_AR6	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	11.89
29	I1_AR7	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	20.69
30	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.45	1.55	0.00	0.00	0.00	0.00	9.88
31	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.70	1.86	0.00	0.00	0.00	0.00	19.36
32	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	15.97	0.00	44.75	0.00	30.71	0.53
33	ER2a	ExonRegion	0	0.59	0.00	1.60	0.99	0.86	0.97	0.53
34	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
35	ER3a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
36	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
37	I3_AR2	ActiveIntronRegion	0	31.95	25.78	29.46	9.12	14.28	6.62	28.34
38	I3_SR1	SilentIntronRegion	0	13.41	16.81	0.79	4.14	8.53	4.02	5.89
39	I3_AR2	ActiveIntronRegion	0	14.38	18.47	1.82	4.93	8.27	1.63	10.07
40	I3_SR2	SilentIntronRegion	0	4.98	5.71	1.66	1.58	9.85	0.88	2.44
41	ER4a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00