Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	CXorf65	Gene	0	4.84	8.70	5.17	2.82	4.08	9.18	9.20	6.15	16.17	8.72	5.96	7.96	1.62	7.73	14.23	24.98	22.35	9.76	2.51	2.92	4.34	8.85	2.93	16.58	5.19	9.64	4.41	4.16	5.09
2	438526	Transcript	0	4.98	5.26	4.60	0.00	7.97	5.56	4.19	0.29	5.32	8.21	2.64	11.71	0.85	7.02	16.37	21.85	14.06	17.25	0.15	0.00	3.90	0.30	5.12	13.48	2.33	5.85	0.22	4.62	0.70
3	485951	Transcript	0	0.24	1.76	0.21	0.00	0.00	0.56	4.37	0.07	0.27	1.63	0.37	1.15	0.00	0.30	0.00	1.36	1.87	0.15	0.00	0.57	0.03	0.07	0.03	1.23	0.85	0.38	0.00	0.03	0.02
4	374251	Transcript	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
5	483257	Transcript	0	5.33	8.37	3.74	5.37	1.35	10.69	5.98	4.63	9.90	7.69	5.77	6.93	1.34	9.26	8.36	23.97	24.85	10.46	0.80	1.11	2.56	9.29	0.18	11.42	5.36	8.05	2.98	2.99	3.01
6	466160	Transcript	0	0.05	0.15	0.22	0.00	0.00	0.52	2.51	0.37	2.92	0.64	0.16	0.36	0.12	0.56	0.37	2.36	0.51	0.18	0.00	1.50	0.32	0.24	0.16	1.53	0.51	1.57	0.00	1.70	2.42
7	IG29	Intergenic	0	2.25	4.10	3.07	0.94	2.56	8.83	3.44	1.93	10.96	7.19	3.43	4.36	0.85	3.32	5.30	21.25	10.17	11.53	1.68	0.62	3.18	3.30	0.71	8.18	4.12	3.30	1.44	1.50	2.80
8	IG29_SR1	SilentIntergenicRegion	0	1.77	3.55	3.72	1.18	3.20	10.41	3.31	1.81	12.58	7.60	3.53	4.55	1.06	2.92	5.73	21.99	11.44	10.86	1.05	0.78	3.72	3.31	0.59	8.23	4.65	3.71	1.80	1.51	2.19
9	IG29_AR1	ActiveIntergenicRegion	0	4.26	6.48	0.47	0.00	0.00	2.60	4.06	2.47	4.58	5.70	3.10	3.71	0.00	5.04	3.68	18.78	5.27	14.58	4.29	0.00	1.05	3.37	1.19	8.18	2.07	1.68	0.00	1.48	5.35
10	ER1a	ExonRegion	0	4.98	5.26	4.60	0.00	7.97	5.56	4.19	0.29	5.32	8.21	2.64	11.71	0.85	7.02	16.37	21.85	14.06	17.25	0.15	0.00	3.90	0.30	5.12	13.48	2.33	5.85	0.22	4.62	0.70
11	E1_Ab	KnownBoundary	0	2.65	8.24	1.99	0.00	5.45	11.82	2.80	0.00	9.50	15.18	0.00	9.31	1.56	9.75	7.77	3.75	15.44	14.64	0.00	0.00	5.90	0.00	0.00	10.77	1.44	3.82	0.00	0.00	1.55
12	E1_Ac	KnownBoundary	0	6.02	13.38	3.09	0.00	0.00	1.53	0.00	11.84	6.36	5.67	15.56	6.05	1.37	5.74	8.37	10.33	12.29	9.25	8.09	0.00	2.01	2.43	0.00	23.45	0.00	17.38	2.53	0.00	3.17
13	ER1b	ExonRegion	0	5.84	15.33	5.24	0.00	1.66	6.19	1.90	8.39	9.67	15.88	11.90	11.89	2.17	10.43	10.58	9.56	22.93	13.80	4.53	0.00	5.55	1.80	0.00	22.83	0.95	14.67	1.83	0.00	3.58
14	ER1c	ExonRegion	0	3.15	15.17	6.14	0.00	0.00	5.38	1.13	8.34	9.88	13.21	8.12	11.20	1.30	9.68	3.46	18.24	30.23	8.19	6.52	0.91	2.68	1.59	0.00	26.32	2.52	9.89	1.19	1.58	4.11
15	E1_Ad	KnownBoundary	0	0.00	8.92	5.93	0.00	0.00	7.75	2.80	0.00	10.29	11.78	0.00	10.45	0.00	9.84	0.00	21.80	33.52	9.25	0.00	3.39	2.05	2.04	0.00	27.93	3.86	4.38	0.00	2.25	3.47
16	ER1d	ExonRegion	0	2.88	3.20	3.13	0.00	0.00	7.42	3.24	3.73	13.60	7.03	6.20	12.21	0.14	12.44	0.00	22.31	31.08	14.00	4.53	2.81	1.43	1.85	0.86	14.27	2.67	3.81	0.00	0.77	2.37
17	E1_Da	NovelBoundary	0	10.32	4.85	0.00	0.00	0.00	1.96	0.00	0.00	1.37	0.00	3.04	1.81	0.00	2.75	0.00	10.17	6.35	0.00	0.00	0.00	0.00	2.14	2.51	8.08	3.45	0.00	0.00	0.00	0.00
18	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
19	E1a_E2b	KnownJunction	0	5.07	0.00	0.00	24.16	0.00	8.63	4.75	4.58	12.27	2.04	13.35	14.64	0.00	15.18	0.00	28.30	27.46	9.25	0.00	0.00	1.64	0.00	4.28	4.79	1.82	4.29	0.00	0.00	1.49
20	I1	Intron	0	0.00	4.16	1.08	0.00	3.15	0.89	2.60	0.00	0.00	1.86	0.00	0.00	0.00	0.00	2.98	0.00	0.00	2.49	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.92	0.00	0.00	0.00	0.00
21	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	4.27	1.11	0.00	3.23	0.91	2.67	0.00	0.00	1.91	0.00	0.00	0.00	0.00	3.05	0.00	0.00	2.55	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.95	0.00	0.00	0.00	0.00
22	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	4.85	0.00	0.00	0.00	1.42	0.00	7.02	4.78	0.00	3.10	1.54	0.00	1.04	8.57	3.82	11.77	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.98	3.41	6.01	2.53	2.29	1.49
23	E2_Ab	NovelBoundary	0	0.00	4.27	2.44	0.00	0.00	1.57	14.53	0.00	1.55	8.15	0.00	3.95	0.00	0.00	0.00	0.00	3.31	0.00	0.00	3.31	0.00	0.00	0.00	3.05	1.93	1.76	0.00	2.20	1.68
24	ER2a	ExonRegion	0	0.48	3.53	0.42	0.00	0.00	1.12	8.73	0.14	0.54	3.26	0.75	2.29	0.00	0.60	0.00	2.72	3.75	0.30	0.00	1.15	0.05	0.13	0.07	2.47	1.69	0.76	0.00	0.06	0.05
25	ER2b	ExonRegion	0	5.88	12.64	3.33	0.09	2.90	12.20	12.96	3.98	13.38	9.43	11.93	10.63	2.21	11.51	5.99	36.37	26.35	14.25	0.00	1.31	3.20	7.21	2.40	16.01	9.37	7.91	2.13	2.03	3.40
26	E2_Da	KnownBoundary	0	2.48	21.91	5.58	0.00	0.00	15.31	0.00	7.61	12.82	4.07	4.46	12.11	4.81	8.35	0.00	16.52	17.56	13.87	0.00	0.00	0.00	18.52	2.51	17.71	13.03	13.05	10.14	0.00	1.88
27	E2a_E2c	KnownJunction	0	0.00	0.00	1.05	0.00	0.00	5.37	2.63	0.00	6.03	0.00	0.00	1.54	0.00	0.00	0.00	0.00	2.48	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
28	ER2c	ExonRegion	0	5.33	8.37	3.74	5.37	1.35	10.69	5.98	4.63	9.90	7.69	5.77	6.93	1.34	9.26	8.36	23.97	24.85	10.46	0.80	1.11	2.56	9.29	0.18	11.42	5.36	8.05	2.98	2.99	3.01
29	E2_Ac	KnownBoundary	0	8.85	13.67	6.33	0.00	0.00	15.04	5.38	3.83	9.35	9.39	3.76	2.71	0.00	8.84	17.94	29.07	10.49	0.00	0.00	4.13	3.29	2.04	0.00	13.40	1.93	6.22	10.14	8.27	1.58
30	ER2d	ExonRegion	0	8.61	6.47	6.77	5.38	8.90	17.55	10.60	7.82	25.58	12.41	9.80	6.02	0.97	9.94	20.96	45.89	40.15	10.64	4.26	4.73	6.21	7.17	1.83	22.27	5.38	10.59	6.14	8.74	8.05
31	E2_Db	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.53	0.00	0.00	1.16	0.00	5.38	1.14	0.00	0.00	0.00	0.00	4.59	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.27	0.00	0.00	0.00	0.00	1.85
32	E2c_E3a	KnownJunction	0	19.11	9.11	2.14	0.00	11.20	13.89	10.30	4.38	17.97	5.75	16.83	0.00	0.00	4.70	9.97	33.97	13.35	4.62	16.18	4.13	1.52	18.18	2.22	24.40	5.49	8.45	15.21	1.80	3.30
33	E2c_E4b	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.33	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
34	ER2e	ExonRegion	0	17.15	6.57	2.24	0.00	9.96	12.37	8.06	9.21	15.73	4.33	15.47	1.24	0.00	3.63	11.20	30.37	16.03	8.19	9.05	14.05	2.85	14.42	1.81	27.96	4.29	9.43	9.16	3.26	2.68
35	I2	Intron	0	1.38	5.54	0.27	0.00	1.57	1.32	1.29	0.89	3.06	1.39	0.57	1.28	0.62	1.16	3.84	7.45	2.87	2.78	1.02	1.64	0.46	0.87	0.00	2.76	1.15	0.76	0.88	0.78	0.65
36	I2_SR1	SilentIntronRegion	0	1.39	5.61	0.27	0.00	1.59	1.33	1.31	0.90	3.10	1.41	0.58	1.30	0.63	1.18	3.89	7.53	2.90	2.82	1.04	1.66	0.46	0.88	0.00	2.79	1.16	0.77	0.89	0.79	0.65
37	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	4.09	0.00	6.04	0.00	0.00	3.93	7.37	0.00	0.00	1.45	0.00	4.30	39.47	3.29	7.61	0.00	0.00	3.89	0.00	0.00	0.00	3.05	1.55	9.53	0.00	6.87	0.00
38	ER3a	ExonRegion	0	7.42	12.00	4.99	0.00	3.61	11.10	13.79	11.18	16.64	16.17	9.47	9.27	3.09	7.09	23.54	34.33	17.44	10.40	5.64	8.47	5.91	10.87	8.75	20.76	5.82	10.77	3.42	8.03	9.78
39	E3_Da	NovelBoundary	0	2.54	0.00	1.25	0.00	0.00	3.34	2.63	0.00	4.87	0.00	0.00	0.00	0.00	1.06	0.00	0.00	1.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.68	3.41	0.00	0.00	0.00	3.57
40	E3a_E4b	KnownJunction	1	2.54	14.25	8.94	0.00	0.00	19.49	29.58	11.20	38.80	24.49	4.52	16.96	6.72	7.95	25.91	32.97	23.61	13.87	0.00	0.00	15.68	10.11	8.37	23.63	14.47	24.76	0.00	2.29	11.95
41	I3	Intron	0	1.37	1.03	1.33	2.29	2.34	0.88	2.25	0.59	3.84	1.84	0.00	2.25	0.00	1.22	3.22	3.45	2.85	3.43	0.51	0.00	0.23	0.29	0.29	0.34	1.59	0.75	1.17	0.78	2.24
42	I3_SR1	SilentIntronRegion	0	1.38	1.03	1.34	2.30	2.35	0.88	2.26	0.59	3.86	1.85	0.00	2.27	0.00	1.23	3.24	3.47	2.87	3.44	0.51	0.00	0.23	0.29	0.29	0.34	1.60	0.76	1.17	0.78	2.25
43	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	6.04	3.49	0.00	0.00	0.00	1.48	0.00	1.20	0.00	0.00	9.97	6.88	4.30	4.62	0.00	0.00	0.00	1.94	0.00	2.33	0.00	3.86	4.17	0.00	1.25
44	ER4a	ExonRegion	0	0.05	0.15	0.22	0.00	0.00	0.52	2.51	0.37	2.92	0.64	0.16	0.36	0.12	0.56	0.37	2.36	0.51	0.18	0.00	1.50	0.32	0.24	0.16	1.53	0.51	1.57	0.00	1.70	2.42
45	E4_Ab	KnownBoundary	0	0.00	0.00	1.35	0.00	0.00	0.00	5.84	0.00	7.10	0.00	0.00	4.91	0.00	0.86	0.00	6.58	0.00	0.00	0.00	4.13	0.00	0.00	0.00	2.51	0.00	3.95	0.00	1.75	4.36
46	ER4b	ExonRegion	0	7.89	24.33	10.20	1.59	9.40	15.50	19.76	17.09	52.21	9.89	5.52	10.65	4.24	8.98	28.37	37.82	35.96	8.50	6.15	8.06	10.56	29.80	6.24	36.53	13.39	21.07	10.57	8.37	12.36
47	E4_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	1.54	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.04	0.00	0.00	0.00	1.35	8.37	0.00	5.58	0.00	0.00	0.00	0.00	2.38	0.00	2.99	0.00	3.86	0.00	0.00	0.00
48	E4a_E5a	KnownJunction	0	0.00	3.97	2.19	10.78	0.00	3.15	12.47	4.53	14.22	0.00	4.59	1.42	1.78	7.09	24.32	21.27	13.96	4.62	0.00	11.99	0.00	17.70	4.19	14.77	1.78	11.46	0.00	0.00	6.64
49	ER4c	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.71	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.63	0.00	0.00	0.00	1.13	10.36	0.00	1.72	4.91	0.00	0.00	0.00	0.54	0.00	0.79	0.00	1.94	0.00	0.00	0.00
50	E4_Db	NovelBoundary	0	2.65	0.00	0.00	8.41	0.00	1.69	0.00	0.00	0.00	1.76	0.00	0.00	0.00	0.84	7.37	0.00	0.00	0.00	0.00	3.23	0.00	0.00	0.00	5.62	0.00	8.41	0.00	0.00	0.00
51	E4b_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
52	E5_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.20	0.00	0.00	0.00	2.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.08	0.00	0.00	0.00	4.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.38	0.00	0.00	0.00
53	ER5a	ExonRegion	0	0.96	3.81	8.64	7.43	3.99	3.02	14.51	6.60	14.52	7.48	3.32	9.34	2.05	5.09	21.24	12.17	10.44	6.33	2.57	2.92	5.82	12.46	6.25	15.38	3.68	14.40	11.96	2.66	6.68
54	ER5b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.53	0.00	0.00	1.80	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00