Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	C9orf43	Gene	0	3.58	1.11	3.46	2.71	28.28	2.60	3.41	2.99	3.66	3.02	2.68	3.09	2.74	2.92	3.03	2.95	1.70	1.64	2.35	1.74	2.51	2.81	7.61	3.02	2.45	2.42	7.63	1.20	2.97
2	490544	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.82	0.00	0.58	0.00	0.47	0.89	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.35	1.89	0.89	0.00	0.80	0.77	1.35	0.00	0.00
3	374165	Transcript	0	0.94	0.00	0.00	0.00	6.82	0.98	0.00	0.97	0.59	2.56	1.61	2.44	1.18	1.04	0.00	0.00	0.59	2.31	0.00	0.00	0.09	3.59	5.44	0.00	2.44	1.93	1.32	2.03	0.95
4	451722	Transcript	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
5	288462	Transcript	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
6	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.48	0.00	1.17	0.00	0.95	0.65	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.70	1.49	1.77	0.00	0.00	1.54	2.69	0.00	0.00
7	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	4.85	2.84	20.28	0.00	3.61	5.38	4.63	1.64	0.00	1.30	1.27	1.69	3.39	0.00	10.86	4.68	0.00	0.00	0.00	10.95	2.38	4.68	3.05	0.00	0.00	1.94	13.30	3.50
8	E1a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.16	0.00	0.00	0.00	0.00	1.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.29	0.00	0.00	1.59	0.00	0.00	0.00	0.00
9	Ix	Intron	0	2.63	2.37	2.46	7.03	2.39	1.35	0.49	0.45	0.96	1.06	0.00	0.91	0.32	0.44	1.35	0.00	1.10	2.44	5.48	0.68	2.45	1.33	0.89	1.05	0.00	1.16	0.00	4.00	1.31
10	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.65	2.39	2.48	7.10	2.42	1.36	0.50	0.46	0.97	1.07	0.00	0.92	0.32	0.45	1.36	0.00	1.11	2.46	5.54	0.68	2.47	1.34	0.90	1.07	0.00	1.17	0.00	4.04	1.32
11	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.25	0.00	5.75	0.00	2.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.62	0.00	0.00	0.00	0.00	2.02	3.05	1.63	1.67	0.00	2.02	1.35
12	ER2a	ExonRegion	0	1.88	0.00	0.00	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.39	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.18	1.01	0.00	0.00	0.00	0.00	2.63	0.37	0.12
13	E2_Ab	KnownBoundary	0	6.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.99	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.48	0.00	0.00	0.00	0.00	2.53	1.93	0.00
14	ER2b	ExonRegion	0	7.01	0.63	0.99	4.24	20.79	6.52	1.19	1.76	6.16	2.34	2.38	2.95	3.75	1.10	3.63	2.23	1.09	0.47	3.15	1.09	4.93	3.42	7.52	0.71	1.85	1.72	9.16	2.68	2.75
15	E2_Da	KnownBoundary	0	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	1.69	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.89	0.00	0.00	2.81	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	13.56	1.96	0.00	1.94	1.19	5.11	3.23	4.88	1.97	2.08	0.00	0.00	1.17	4.62	0.00	0.00	0.00	6.17	10.88	0.00	4.89	3.86	0.00	3.68	1.78
17	ER2c	ExonRegion	0	0.33	0.00	0.57	0.00	4.76	0.64	0.00	0.00	0.42	0.54	0.50	0.46	0.00	0.44	0.00	0.00	0.56	0.00	2.38	0.00	0.70	0.00	0.00	0.25	0.00	0.00	4.09	0.61	0.50
18	E2_Db	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.92	0.00	0.00	1.52	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.89	2.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.53	0.00	0.00
19	E2b_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.92	0.00	22.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.97	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
20	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	2.29	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.49
21	ER3a	ExonRegion	0	3.28	0.82	3.19	2.27	41.15	2.03	3.96	2.32	2.21	3.83	3.86	5.37	1.71	3.52	4.70	0.56	2.05	1.15	2.44	1.43	1.80	5.16	8.09	1.79	4.15	3.04	12.81	1.47	3.44
22	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	1.45	10.14	57.62	1.46	5.38	6.67	1.28	3.60	0.00	2.92	3.18	3.66	0.00	0.00	3.53	4.62	0.00	2.98	0.00	8.85	14.23	2.63	0.00	6.01	4.87	1.71	2.77
23	ER4a	ExonRegion	0	4.57	1.21	4.14	4.84	26.96	2.76	5.84	1.85	3.57	1.85	2.70	2.85	2.61	3.65	2.84	3.72	3.23	0.30	0.07	2.93	2.71	3.14	8.39	3.50	1.62	4.04	5.55	3.31	1.70
24	E4a_E5a	KnownJunction	0	4.66	0.00	0.00	0.00	0.00	1.96	13.56	2.29	3.11	0.00	1.36	1.84	3.34	0.00	8.37	0.00	5.27	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	10.88	4.85	0.00	2.15	11.58	4.04	3.33
25	I4_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	1.77	1.14	0.00	0.00	0.61	0.00	0.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.47	0.43	0.32	0.00	0.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.66	0.00	0.00
26	ER5a	ExonRegion	0	4.40	0.00	3.50	8.95	13.74	4.53	13.62	6.16	4.53	5.43	1.03	0.68	5.78	3.28	1.45	2.40	3.71	0.00	2.65	0.00	1.62	0.96	27.31	2.41	2.34	1.00	4.99	3.51	1.25
27	E5a_E6a	KnownJunction	0	4.60	4.85	6.63	10.35	45.69	8.48	2.23	6.42	10.81	4.91	0.00	0.00	10.25	7.73	0.00	0.00	2.45	0.00	0.00	0.00	5.94	2.29	15.86	2.57	4.93	1.93	7.50	0.00	1.42
28	E6_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.13	0.00	0.00	1.40	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.29	1.32
29	ER6a	ExonRegion	0	6.21	0.54	6.14	7.61	31.72	4.29	9.87	2.40	6.79	4.27	4.49	1.39	8.48	5.53	0.00	5.16	3.88	0.00	2.49	3.50	5.68	5.37	14.80	8.74	6.36	1.99	2.65	1.10	0.41
30	E6_Da	KnownBoundary	0	11.09	3.78	7.28	10.78	32.86	1.65	9.84	2.44	4.42	5.03	8.64	0.00	0.00	1.29	0.00	7.65	4.84	0.00	8.09	7.69	6.18	6.71	8.91	5.80	4.89	5.92	0.00	2.02	1.52
31	ER6b	ExonRegion	0	7.71	2.65	7.14	10.69	39.47	1.59	2.33	6.41	4.30	5.05	10.05	1.07	0.02	1.80	0.00	4.62	3.12	2.89	0.78	2.11	6.28	8.32	9.01	2.61	1.21	5.65	3.17	1.00	3.38
32	E6b_E7a	KnownJunction	0	11.50	0.00	6.15	0.00	58.51	1.96	0.00	4.68	4.11	3.87	5.16	0.00	0.00	4.32	0.00	0.00	0.00	9.25	0.00	0.00	5.82	0.00	6.94	0.00	0.00	6.44	4.08	2.02	1.32
33	ER7a	ExonRegion	0	7.47	0.00	6.91	0.00	55.60	2.97	7.79	9.11	4.01	6.48	3.70	1.74	0.00	4.71	0.00	3.08	2.33	2.73	6.48	0.00	2.89	1.02	25.17	4.30	3.09	5.22	11.58	2.86	4.43
34	E7_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	14.31	0.00	0.00
35	E7a_E8a	KnownJunction	0	0.00	0.00	4.31	0.00	44.95	3.91	17.16	11.89	5.39	7.47	4.84	2.86	0.00	7.02	0.00	3.37	2.45	4.62	8.09	0.00	0.00	2.48	36.20	14.06	7.35	7.55	22.07	2.29	5.71
36	ER8a	ExonRegion	0	3.79	1.90	4.61	6.34	42.07	3.11	5.13	4.51	7.01	5.78	9.27	3.48	3.70	4.70	4.34	7.30	3.64	3.93	5.39	0.81	4.21	3.26	15.80	7.11	4.46	3.31	6.10	2.14	3.96
37	E8a_E9a	KnownJunction	0	0.00	0.00	5.81	0.00	29.03	5.37	4.81	7.02	1.22	7.55	5.69	3.40	7.52	8.97	0.00	13.23	4.01	0.00	8.09	0.00	3.93	4.13	13.94	8.73	7.50	0.00	3.98	0.00	13.07
38	ER9a	ExonRegion	0	2.17	1.09	5.63	7.26	56.55	4.33	3.11	3.78	5.04	6.11	2.82	4.18	3.79	5.87	3.75	7.36	2.24	3.81	4.11	2.08	2.74	1.49	10.13	2.89	3.55	4.69	9.97	1.10	6.19
39	E9a_E10a	KnownJunction	0	0.00	0.00	4.51	0.00	70.15	1.73	0.00	0.00	5.85	1.56	5.88	3.07	3.47	3.52	15.75	6.50	4.82	0.00	0.00	3.56	3.69	0.00	2.46	5.98	3.33	0.00	4.87	0.00	0.00
40	ER10a	ExonRegion	0	0.18	0.00	3.70	0.00	70.94	2.25	1.91	6.06	6.01	1.59	2.69	2.60	9.68	5.00	3.19	4.67	4.80	0.56	5.54	1.84	6.25	0.71	11.54	4.56	2.66	1.95	8.27	0.00	6.76
41	E10a_E11a	KnownJunction	0	0.00	0.00	7.50	0.00	59.83	3.57	5.84	7.22	4.42	1.88	4.43	5.96	4.71	8.24	0.00	3.75	2.66	4.62	0.00	0.00	2.05	4.67	14.38	8.02	3.56	3.52	11.58	0.00	16.77
42	E11_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.09
43	ER11a	ExonRegion	0	2.53	2.09	5.54	4.75	51.17	4.64	8.27	2.63	1.53	6.79	1.96	7.77	4.08	5.15	0.80	3.68	1.14	4.22	0.06	4.27	3.95	0.66	7.80	3.49	4.94	3.74	6.42	0.00	6.71
44	E11a_E12a	KnownJunction	0	5.13	13.38	6.20	0.00	6.63	0.00	7.38	6.72	5.27	7.23	0.00	1.60	5.22	4.19	8.37	2.98	0.00	4.62	0.00	3.97	5.66	0.00	4.92	3.05	5.34	0.00	13.27	0.00	4.42
45	ER12a	ExonRegion	0	4.58	3.66	9.40	0.00	22.47	1.62	2.89	8.56	5.50	6.35	0.53	7.04	6.16	4.87	4.65	3.74	1.31	2.05	3.70	5.27	6.08	2.83	6.72	4.35	2.62	0.61	12.47	0.00	5.60
46	E12a_E13a	KnownJunction	0	5.31	3.78	4.19	0.00	39.79	1.84	2.52	0.00	5.88	0.00	2.75	6.45	4.52	5.67	7.77	3.29	3.60	4.62	0.00	3.06	1.72	6.13	6.25	2.33	0.00	2.06	36.78	0.00	4.75
47	ER13a	ExonRegion	0	6.15	2.82	4.11	0.00	31.25	0.00	5.76	3.04	2.93	2.18	1.11	4.11	2.04	3.49	0.58	3.98	1.47	1.95	0.00	5.51	2.26	3.11	9.39	2.29	4.16	3.06	11.99	1.08	5.07
48	E13a_E14a	KnownJunction	0	4.95	4.27	4.66	0.00	75.31	0.00	17.34	15.08	0.00	1.72	1.42	1.87	2.55	3.35	0.00	11.25	0.00	0.00	0.00	0.00	1.89	4.81	11.38	9.15	1.89	6.52	7.01	0.00	4.03
49	E13a_E15a	NovelJunction	0	11.86	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.81	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.53	0.00	0.00
50	ER14a	ExonRegion	0	1.88	3.49	6.10	0.00	59.08	1.53	6.20	8.03	1.60	7.08	1.97	6.98	4.36	4.66	7.44	4.55	0.88	4.61	8.34	3.65	0.36	7.72	6.89	7.50	0.69	3.54	4.87	0.00	5.01
51	E14a_E15a	KnownJunction	0	0.00	8.73	6.10	0.00	83.41	3.88	7.55	4.98	5.42	5.19	1.39	6.87	1.21	7.75	17.74	3.82	1.15	0.00	8.09	7.11	0.00	3.84	2.46	16.15	0.00	6.52	6.96	0.00	1.82
52	ER15a	ExonRegion	0	3.55	1.09	3.36	0.00	19.17	1.88	2.44	2.67	3.37	1.14	1.54	2.51	1.35	2.27	4.57	2.24	0.86	1.78	1.05	1.70	0.47	2.89	3.63	3.58	2.19	1.97	8.75	0.39	2.17
53	E15_Da	KnownBoundary	0	2.24	0.00	1.17	0.00	19.31	1.69	0.00	1.89	5.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.37	0.00	2.72	4.62	0.00	0.00	1.72	0.00	2.51	2.45	1.70	4.38	7.45	0.00	0.00
54	ER15b	ExonRegion	0	0.26	0.00	0.20	0.00	2.24	0.20	0.00	0.00	1.17	0.00	0.00	1.42	1.11	0.00	1.82	0.00	0.42	1.47	0.00	0.00	0.19	0.00	0.00	2.71	1.04	1.02	2.24	0.00	0.06