Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC073343.2	Gene	0	1.75	1.52	0.50	0.80	1.45	2.30	0.90	0.96	1.31	1.56	1.37	0.39	0.84	1.59	2.87	1.15	1.66	3.54	7.23	1.22	1.37	0.87	0.20	1.76	1.80	1.82	0.82	2.12	0.72
2	413182	Transcript	0	2.12	0.00	0.00	0.89	0.00	1.53	1.24	1.14	1.39	1.78	1.32	0.61	0.96	0.94	3.74	0.61	0.55	3.13	2.91	1.85	2.64	1.56	0.00	2.39	1.86	2.72	2.71	3.43	0.99
3	430844	Transcript	0	0.69	1.65	0.54	0.00	0.31	2.21	0.13	0.12	2.86	1.22	2.69	0.16	1.44	2.84	0.00	0.32	1.66	0.49	5.34	0.00	0.37	1.52	0.00	2.15	3.26	2.94	0.00	0.00	2.30
4	366167	Transcript	0	1.03	0.58	0.00	1.24	4.92	0.91	0.66	1.20	0.21	0.80	0.27	0.13	0.10	1.28	1.79	0.71	0.94	2.46	3.11	1.83	0.32	0.21	0.14	1.40	0.49	0.48	0.00	1.28	0.05
5	IG30	Intergenic	0	13.82	34.38	30.17	4.97	2.76	34.43	2.56	7.96	36.38	33.51	13.39	28.92	21.39	30.67	34.13	27.54	51.44	53.02	11.60	6.98	23.97	19.83	20.83	55.23	32.18	45.04	20.14	63.57	29.42
6	IG30_AR1	ActiveIntergenicRegion	0	35.32	88.35	77.52	12.84	7.25	86.59	6.51	20.32	92.88	86.23	34.14	74.67	54.92	76.94	85.01	69.13	129.59	137.78	28.65	17.41	61.78	50.11	53.39	137.90	81.19	111.95	49.52	164.75	73.30
7	IG30_SR1	SilentIntergenicRegion	0	1.55	4.12	2.41	0.52	0.00	5.64	0.26	0.54	2.52	2.55	0.93	1.88	1.63	5.18	6.67	3.61	7.24	2.39	1.85	1.54	1.93	1.96	2.27	10.65	4.16	9.77	5.13	3.45	5.93
8	ER1a	ExonRegion	0	1.10	0.00	1.83	0.00	0.00	0.75	0.00	0.08	0.03	0.00	0.00	0.00	0.06	0.25	0.00	1.81	0.00	0.47	4.66	0.00	0.00	0.00	1.16	1.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.63
9	E1a_E2a	KnownJunction	0	2.71	0.00	3.89	0.00	0.00	1.69	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.11	0.00	0.00	0.00	4.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.63	0.00	0.00	0.00	0.00	1.62
10	ER2a	ExonRegion	0	0.59	0.00	1.97	0.00	0.00	0.27	0.00	1.36	4.53	2.13	1.83	0.00	1.32	5.44	0.00	0.00	0.03	1.18	6.55	0.00	1.12	0.80	0.17	1.29	2.66	0.99	0.00	0.00	1.73
11	E2_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.93	0.00	0.00	0.00	0.00
12	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.08	1.48	3.23	0.00	1.53	3.46	0.00	0.00	0.83	0.00	0.00	0.00	0.00	2.48	0.00	3.05	3.37	4.21	0.00	0.00	3.70
13	E2a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
14	ER2b	ExonRegion	0	2.12	0.00	0.00	0.89	0.00	1.53	1.24	1.14	1.39	1.78	1.32	0.61	0.96	0.94	3.74	0.61	0.55	3.13	2.91	1.85	2.64	1.56	0.00	2.39	1.86	2.72	2.71	3.43	0.99
15	E2_Db	NovelBoundary	0	4.95	4.07	0.00	18.55	0.00	3.30	2.69	4.28	6.40	1.68	0.00	4.40	1.34	1.86	0.00	3.21	0.90	0.00	0.00	0.00	5.13	4.04	0.00	0.00	1.59	3.60	0.00	13.52	2.77
16	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.52	0.00	0.00	0.00	1.78	0.00	0.00	0.00	0.00
17	ER3a	ExonRegion	0	1.38	3.31	1.07	0.00	0.63	4.41	0.26	0.24	1.63	0.96	2.15	0.32	1.35	2.21	0.00	0.64	2.49	0.99	10.67	0.00	0.73	0.56	0.00	1.25	3.14	1.68	0.00	0.00	0.89
18	E3_Da	NovelBoundary	0	0.00	4.65	1.17	0.00	0.00	3.41	0.00	0.00	6.82	1.88	0.00	0.00	1.46	3.99	0.00	6.88	0.88	0.00	0.00	0.00	1.52	0.00	0.00	0.00	1.63	0.00	0.00	0.00	2.97
19	I3	Intron	0	0.57	2.58	2.68	0.00	0.00	2.20	0.54	0.98	1.79	1.54	1.27	0.82	0.86	1.33	0.00	1.99	1.59	1.03	7.68	0.00	0.76	0.00	0.00	1.15	1.53	1.68	0.00	0.00	0.36
20	I3_SR1	SilentIntronRegion	0	0.58	2.61	2.71	0.00	0.00	2.23	0.54	0.99	1.81	1.56	1.28	0.83	0.87	1.34	0.00	2.01	1.61	1.04	7.71	0.00	0.77	0.00	0.00	1.16	1.54	1.70	0.00	0.00	0.36
21	Ix	Intron	0	0.00	6.32	0.00	0.00	0.00	2.70	0.00	0.00	2.94	1.89	0.00	0.81	0.85	0.59	0.00	0.00	0.00	0.00	4.18	0.00	0.00	0.00	0.00	2.81	1.87	1.03	0.00	0.00	0.88
22	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	6.48	0.00	0.00	0.00	2.77	0.00	0.00	3.02	1.94	0.00	0.83	0.87	0.61	0.00	0.00	0.00	0.00	4.29	0.00	0.00	0.00	0.00	2.89	1.92	1.05	0.00	0.00	0.90
23	Ix	Intron	0	0.00	3.10	0.00	0.00	0.00	4.63	0.00	0.00	2.16	0.69	0.00	0.60	0.00	1.52	2.64	1.19	4.31	0.93	6.15	0.00	4.80	0.00	0.00	2.07	2.75	0.76	0.00	0.00	0.65
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	3.16	0.00	0.00	0.00	4.69	0.00	0.00	2.20	0.71	0.00	0.61	0.00	1.55	2.69	1.22	4.38	0.94	6.27	0.00	4.90	0.00	0.00	2.11	2.80	0.77	0.00	0.00	0.66
25	Ix	Intron	0	0.00	2.33	0.70	0.00	0.00	1.74	0.00	0.00	0.95	0.61	2.01	1.82	0.00	0.00	2.31	0.00	0.63	0.00	6.73	0.00	3.01	0.00	0.00	4.53	1.20	0.00	0.77	0.69	0.00
26	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	2.37	0.72	0.00	0.00	1.77	0.00	0.00	0.96	0.62	2.04	1.85	0.00	0.00	2.35	0.00	0.64	0.00	6.85	0.00	3.06	0.00	0.00	4.61	1.20	0.00	0.77	0.70	0.00
27	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.30	0.00	0.00	0.00	0.87	0.00	0.00	0.00	0.54	0.00	0.00	0.00	0.00	1.92	0.00	1.71	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.61
28	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.36	0.00	0.00	0.00	0.89	0.00	0.00	0.00	0.56	0.00	0.00	0.00	0.00	1.96	0.00	1.75	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.65
29	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.91	0.00	0.99	0.69	3.51	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
30	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.93	0.00	1.02	0.71	3.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
31	I3_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.76	4.56	0.00	0.00	0.17	2.00	0.71	0.00	0.99	0.51	1.70	0.00	0.00	0.51	0.00	0.00	2.11	1.23	6.63	0.00	2.02	0.00	0.00	2.49	0.51	1.40	0.00	0.00	0.00
32	Ix	Intron	0	3.97	3.36	0.32	1.29	0.94	4.75	0.56	1.22	3.38	5.14	1.40	1.37	0.47	3.26	1.64	1.67	6.00	4.18	3.40	2.90	4.53	0.37	0.27	1.25	1.38	1.63	1.44	2.72	0.67
33	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.58	1.09	0.00	2.42	3.30	5.11	0.00	0.00	1.63	5.18	3.22	2.48	0.00	3.51	4.82	2.20	5.37	4.19	2.88	0.00	3.31	0.00	0.00	1.15	0.64	0.00	0.00	1.58	0.44
34	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.45	5.77	0.00	0.39	0.00	2.66	0.00	0.00	3.35	3.73	5.49	1.33	0.00	3.50	5.18	0.10	4.45	4.14	2.88	1.75	2.13	0.00	0.00	1.17	2.43	0.61	3.61	1.15	0.02
35	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	6.62	5.76	0.34	2.11	2.28	5.47	1.04	1.39	6.14	8.13	1.72	2.21	0.17	3.85	4.06	2.88	8.93	5.02	1.90	6.82	5.44	0.37	0.37	1.85	1.22	1.29	3.75	3.41	0.00
36	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	3.10	2.31	0.00	0.00	4.06	9.57	0.00	2.18	14.15	4.55	0.00	3.71	1.30	0.91	4.36	3.28	6.31	3.94	3.35	7.81	6.87	0.00	0.00	3.59	0.00	0.00	0.00	4.83	0.00
37	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	2.20	2.68	0.00	0.00	0.00	2.75	0.00	0.00	4.23	2.32	0.00	0.23	0.27	0.10	3.10	2.33	2.19	1.44	7.03	4.36	3.00	0.00	0.00	2.09	0.00	0.00	0.00	0.69	0.00
38	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	3.09	3.69	0.33	0.00	0.00	2.26	0.10	0.92	1.81	1.87	0.12	1.25	0.26	1.51	1.38	0.37	4.60	2.51	3.66	0.71	2.91	0.18	0.36	1.07	0.57	2.58	0.00	2.19	0.60
39	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	1.19	3.36	0.23	2.93	1.70	8.17	1.24	1.02	3.92	6.77	1.99	1.10	0.59	3.00	0.00	1.42	7.01	4.07	3.11	3.28	5.01	0.00	0.25	1.35	1.68	0.87	1.02	4.08	1.62
40	Ix_AR6	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	2.29	0.00	8.33	1.01	0.00	5.62	4.60	0.00	4.48	0.49	3.40	0.00	2.53	8.26	2.22	0.00	5.80	7.13	0.00	0.00	0.00	0.54	2.75	0.00	0.00	0.00
41	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	6.55	1.89	0.25	0.00	0.36	4.43	0.74	2.17	4.04	6.56	1.75	1.50	0.97	5.05	0.74	3.34	7.18	5.53	4.94	2.60	6.18	0.80	0.27	0.79	1.69	2.72	0.80	2.46	0.44
42	Ix_AR7	ActiveIntronRegion	0	3.63	2.37	0.90	2.89	0.66	4.81	0.00	1.49	1.45	5.23	0.80	0.25	0.64	4.78	1.24	1.20	2.89	5.75	2.58	4.45	5.01	1.21	0.24	1.45	2.89	0.21	4.46	2.31	0.81
43	Ix	Intron	0	3.47	2.61	0.00	0.00	0.00	2.23	0.00	0.00	3.64	0.00	0.00	0.00	0.00	0.73	0.00	0.00	0.00	4.68	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.74	0.00	0.00	0.00	1.32	0.00
44	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.97	3.20	0.00	0.00	0.00	2.51	0.00	0.00	3.99	0.00	0.00	0.00	0.00	0.91	0.00	0.00	0.00	5.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.77	0.00	0.00	0.00	1.55	0.00
45	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.86	1.72	0.00	0.00	0.00	1.90	0.00	0.00	3.32	0.00	0.00	0.00	0.00	0.48	0.00	0.00	0.00	4.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.84	0.00	0.00	0.00	1.01	0.00
46	Ix	Intron	0	2.99	7.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.66	0.86	0.00	1.58	0.00	1.73	0.00	4.04	0.00	0.00	1.00	0.00	0.00	0.00	2.00	1.10	0.00	2.28	0.00
47	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.04	7.21	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.69	0.88	0.00	1.59	0.00	1.76	0.00	4.09	0.00	0.00	1.01	0.00	0.00	0.00	2.02	1.11	0.00	2.26	0.00
48	Ix	Intron	0	5.64	4.76	2.32	2.64	0.28	4.32	0.86	1.56	6.22	8.01	3.30	8.12	0.46	6.43	3.99	5.12	6.55	9.43	6.51	1.09	5.53	0.66	1.64	3.59	2.71	3.87	6.64	6.05	1.55
49	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	5.68	3.22	1.29	2.48	0.00	3.59	0.70	1.77	4.03	6.54	2.19	5.59	0.22	6.11	3.47	3.91	5.33	7.32	4.91	1.06	4.44	0.83	0.69	1.40	1.76	1.69	1.97	4.63	0.49
50	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.57	9.12	5.25	3.11	1.06	6.40	1.31	1.00	12.44	12.20	6.44	15.29	1.12	7.34	5.47	8.56	10.02	15.40	11.07	1.19	8.65	0.20	4.31	9.78	5.42	10.04	19.83	10.06	4.56
51	Ix	Intron	0	5.47	7.80	7.43	1.06	1.81	7.73	1.57	1.77	5.08	15.60	8.15	18.02	1.99	9.50	9.49	5.80	19.01	13.14	8.75	2.42	7.71	1.33	4.08	9.79	10.47	11.58	8.07	11.28	5.25
52	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	7.47	6.50	3.84	7.26	0.00	4.76	1.36	1.24	4.75	12.19	5.54	15.57	0.44	10.98	6.19	4.29	13.06	17.44	12.38	4.41	4.45	0.99	2.08	6.78	6.89	22.25	3.08	13.64	8.78
53	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	5.61	15.39	9.23	1.13	4.60	4.91	0.32	0.58	4.92	14.27	5.27	17.63	2.33	9.30	2.74	3.63	17.12	12.15	6.78	2.15	8.68	1.24	4.42	10.35	9.81	6.18	12.36	9.52	6.62
54	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	2.18	6.09	5.30	0.00	0.71	5.80	1.67	1.37	5.84	12.68	4.17	16.33	1.94	5.77	9.84	7.27	17.09	9.51	9.64	1.20	9.61	1.04	2.92	8.97	7.99	7.32	6.42	8.30	2.81
55	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	4.62	8.11	8.16	0.00	1.26	11.73	2.07	4.97	3.98	18.45	13.25	18.24	2.31	11.33	21.37	7.47	29.27	14.99	11.34	1.21	5.41	1.70	5.34	16.69	13.30	17.60	8.49	17.38	4.96
56	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	9.96	4.25	11.16	0.00	1.76	14.21	2.99	2.50	6.44	24.40	16.40	26.01	2.78	14.65	13.99	7.76	25.48	18.57	8.86	4.37	9.18	2.08	6.40	10.46	16.93	16.65	9.67	14.98	6.31
57	Ix	Intron	0	0.45	1.58	0.00	0.00	2.03	1.71	0.21	0.00	8.39	3.45	0.87	0.90	0.61	1.08	2.67	0.52	5.58	1.80	5.64	0.00	5.63	1.31	0.38	7.15	1.34	1.80	2.09	1.86	2.50
58	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.75	2.29	0.00	0.00	1.70	2.63	0.00	0.00	8.82	3.67	0.83	0.99	0.96	0.86	2.71	0.47	6.16	2.01	5.61	0.00	7.09	0.50	0.63	7.80	1.03	1.64	1.81	3.12	1.91
59	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.53	0.00	0.00	2.53	0.36	0.52	0.00	7.79	3.14	0.92	0.76	0.08	1.41	2.62	0.59	4.74	1.50	5.72	0.00	3.49	2.52	0.00	6.22	1.79	2.03	2.53	0.00	3.39
60	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.33	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.63	0.00	0.52	0.00	0.00	6.91	0.00	2.59	0.00	2.39	1.03	1.04	1.04	1.99	0.00	0.00	0.00	1.54
61	I3_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
62	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
63	ER4a	ExonRegion	0	2.14	0.00	0.00	3.85	1.68	2.16	1.08	3.95	0.00	0.78	0.00	0.05	0.00	1.73	0.00	0.00	0.78	0.92	1.72	0.68	0.00	0.00	0.00	0.43	1.53	0.00	0.00	0.88	0.00
64	E4_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.75	3.52	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.60	1.40	13.87	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.05	1.93	0.00	0.00	0.00	2.51
65	E4a_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	13.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.13	0.00	0.00	0.00	2.99	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
66	E5_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.32	3.64	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.22	0.00	0.00	0.00	4.01	0.00	0.00	3.05	1.93	0.00	0.00	0.00	0.00
67	ER5a	ExonRegion	0	1.99	2.32	0.00	1.09	4.74	1.49	1.54	0.84	0.86	2.43	1.09	0.46	0.40	1.17	7.18	2.83	2.96	8.92	10.73	2.52	1.30	0.83	0.55	2.18	0.44	1.92	0.00	4.23	0.20
68	IG31_AR1	ActiveIntergenicRegion	0	3.22	0.00	1.21	10.75	3.66	2.06	0.00	0.69	1.69	0.00	0.00	0.00	0.00	1.18	0.00	0.67	2.24	1.57	2.40	1.03	1.60	0.68	0.00	0.00	1.07	1.18	0.00	1.22	0.00