Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	HOXA6	Gene	0	5.53	2.87	9.30	4.09	1.21	0.48	0.70	3.89	0.21	7.85	1.00	9.63	3.24	9.24	6.25	17.52	4.23	0.73	9.44	2.70	1.03	1.88	2.96	2.19	4.83	5.78	3.73	11.74	2.24
2	498652	Transcript	0	1.81	0.19	2.77	6.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.82	0.86	0.01	0.00	2.43	0.76	10.70	0.79	0.00	1.83	0.23	0.00	0.00	1.49	0.18	0.00	7.67	3.99	0.00	0.00
3	470734	Transcript	0	0.00	0.00	2.33	0.00	6.26	0.00	0.00	3.53	0.00	5.57	0.68	6.01	0.81	2.04	0.00	1.72	2.37	2.70	4.05	2.07	0.94	0.00	0.98	0.00	5.06	3.03	1.30	6.22	1.47
4	482801	Transcript	0	8.55	7.95	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.42	0.00	7.39	0.00	11.23	3.89	9.22	0.00	12.39	3.83	0.00	0.00	0.00	0.00	1.90	0.00	2.51	6.63	5.41	19.83	13.03	4.09
5	222728	Transcript	0	4.52	4.55	3.46	0.00	0.00	0.97	0.00	1.51	0.33	2.37	0.63	1.23	0.24	3.58	6.66	15.96	2.23	0.00	5.60	2.74	0.00	0.64	0.00	0.45	2.65	2.08	0.69	4.69	1.42
6	ER1a	ExonRegion	0	0.96	0.38	3.11	1.81	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.11	0.10	0.01	0.00	1.51	1.51	4.04	0.32	0.00	3.67	0.45	0.00	0.00	0.47	0.35	0.00	4.40	0.72	0.00	0.00
7	E1_Da	NovelBoundary	0	2.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.19	0.00	0.00	1.33	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.81	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	E1a_E3b	NovelJunction	0	2.48	0.00	7.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.56	8.37	7.65	0.00	0.00	8.09	8.19	0.00	0.00	1.87	2.45	0.00	10.43	0.00	0.00	0.00
9	E1a_E3c	KnownJunction	0	2.65	0.00	2.44	10.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.52	1.61	0.00	0.00	3.35	0.00	17.37	1.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.51	0.00	0.00	10.94	7.26	0.00	0.00
10	Ix	Intron	0	2.66	0.31	3.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.34	0.00	0.00	0.00	1.99	0.00	5.72	0.71	0.00	2.75	0.26	0.00	0.17	0.17	0.21	0.27	2.10	2.27	0.00	0.00
11	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.37	0.00	1.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	1.16	0.00	5.67	0.62	0.00	2.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.10	0.00	0.00	0.00
12	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	3.78	0.00	5.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.80	0.00	0.00	0.00	1.99	0.00	8.21	0.44	0.00	2.97	0.00	0.00	0.00	0.23	0.00	0.00	4.15	2.84	0.00	0.00
13	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.16	1.63	3.71	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.19	0.00	0.00	0.00	3.57	0.00	4.41	0.89	0.00	6.41	0.00	0.00	0.00	0.32	1.09	1.44	0.61	3.39	0.00	0.00
14	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.33	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.00	0.00
15	E2_Ab	KnownBoundary	0	0.00	0.00	2.64	8.84	0.00	0.00	0.00	2.49	1.31	0.00	0.00	5.30	0.00	0.93	0.00	0.00	0.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.48	0.00	0.00	0.00	0.00
16	ER2b	ExonRegion	0	2.61	0.31	3.00	2.45	0.84	0.00	0.35	2.63	0.00	2.80	0.47	8.92	0.45	3.75	2.79	4.80	4.31	0.22	0.74	1.71	0.66	0.89	0.99	0.49	3.18	2.72	2.88	8.48	1.72
17	E2a_E3b	KnownJunction	0	8.55	7.95	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.42	0.00	7.39	0.00	11.23	3.89	9.22	0.00	12.39	3.83	0.00	0.00	0.00	0.00	1.90	0.00	2.51	6.63	5.41	19.83	13.03	4.09
18	E2a_E3c	KnownJunction	0	0.00	0.00	4.34	0.00	12.53	0.00	0.00	7.07	0.00	11.14	1.36	11.90	1.62	4.08	0.00	3.44	4.70	5.39	8.09	4.13	1.89	0.00	1.97	0.00	10.12	6.05	2.53	12.45	2.94
19	Ix	Intron	0	2.43	1.44	3.40	0.85	0.46	0.75	0.05	0.96	0.25	3.31	0.22	1.51	0.31	3.15	3.56	4.82	2.93	0.27	6.34	0.65	0.61	0.17	0.73	0.66	1.62	2.04	1.04	2.81	0.62
20	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	2.31	0.86	4.93	5.48	0.00	1.60	0.00	0.00	1.31	3.51	0.56	1.27	0.00	4.07	4.38	7.11	2.16	0.41	12.69	1.05	2.04	0.55	0.43	2.04	1.70	0.75	1.44	1.41	0.00
21	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	2.85	1.56	3.52	0.58	0.88	0.81	0.00	1.25	0.00	4.94	0.32	1.76	0.47	3.67	2.74	4.78	4.17	0.36	8.00	1.04	0.71	0.06	0.73	0.49	1.81	1.98	1.63	3.47	0.73
22	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.51	2.28	4.83	0.00	0.00	0.75	0.00	1.14	0.17	0.89	0.00	1.37	0.20	2.82	5.70	4.00	1.85	0.30	3.70	0.00	0.22	0.00	1.29	0.39	0.90	3.76	0.28	2.81	0.74
23	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.45	0.86	1.46	0.00	0.00	0.21	0.21	0.58	0.41	1.07	0.00	1.15	0.14	1.75	3.69	4.50	1.10	0.00	1.44	0.00	0.00	0.38	0.45	0.64	1.65	1.58	0.00	1.90	0.55
24	E3_Aa	NovelBoundary	0	5.84	0.00	0.00	0.00	0.00	1.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.26	0.00	9.33	1.40	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.63	0.00	0.00	0.00	0.00
25	ER3a	ExonRegion	0	4.52	4.55	3.46	0.00	0.00	0.97	0.00	1.51	0.33	2.37	0.63	1.23	0.24	3.58	6.66	15.96	2.23	0.00	5.60	2.74	0.00	0.64	0.00	0.45	2.65	2.08	0.69	4.69	1.42
26	E3_Ab	KnownBoundary	0	0.00	0.00	2.74	0.00	0.00	0.00	0.00	4.53	0.00	2.04	0.00	0.00	0.00	3.01	9.57	6.96	2.16	0.00	0.00	4.13	0.00	0.00	0.00	0.00	1.93	2.19	0.00	2.16	0.00
27	ER3b	ExonRegion	0	7.86	5.70	13.46	9.60	0.07	0.48	0.00	6.37	0.12	9.92	1.85	11.55	4.22	16.00	10.71	22.95	4.42	1.15	10.10	4.23	1.49	3.07	3.30	4.30	3.36	3.39	4.15	18.45	1.31
28	E3_Ac	KnownBoundary	0	7.96	0.00	8.62	8.84	0.00	0.00	0.00	6.82	0.00	4.07	2.91	11.36	6.15	13.67	28.50	28.76	3.74	4.62	0.00	0.00	0.00	2.14	2.41	0.00	5.46	0.00	2.04	12.49	0.00
29	ER3c	ExonRegion	0	13.13	6.75	14.61	4.05	4.27	0.00	0.00	11.90	0.00	15.75	2.93	22.26	9.77	19.58	16.50	34.35	13.99	3.12	10.43	8.23	0.38	0.39	7.75	1.57	11.56	17.18	5.99	40.08	7.57
30	E3_Da	KnownBoundary	0	10.32	0.00	10.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.23	0.00	12.02	9.59	9.37	26.51	27.31	9.88	0.00	0.00	8.27	0.00	2.29	7.39	0.00	3.71	15.66	0.00	13.57	4.89
31	ER3d	ExonRegion	0	14.12	4.64	16.61	8.74	1.95	2.15	1.93	5.12	1.03	10.33	0.47	22.53	7.12	13.25	13.03	36.48	12.39	0.00	12.30	3.18	0.62	1.65	4.56	3.37	5.16	11.45	2.59	15.38	4.17
32	E3c_E4a	KnownJunction	0	16.63	8.34	18.41	17.90	6.48	9.02	5.09	6.92	0.00	34.15	1.61	30.36	6.97	21.71	36.87	84.61	13.48	4.62	56.65	9.92	6.98	6.66	4.83	5.68	7.80	13.60	14.31	27.72	5.71
33	ER3e	ExonRegion	0	16.97	7.94	17.58	17.67	4.98	5.50	4.03	9.97	0.84	24.78	1.19	28.35	8.55	16.93	22.40	74.66	12.44	2.50	35.83	4.68	4.75	7.21	3.62	4.66	5.96	12.31	11.75	26.62	5.37
34	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.34	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.17	0.00	3.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.70	0.00	0.00	0.00	0.00
35	ER4a	ExonRegion	0	11.96	5.44	23.66	9.33	3.53	0.89	2.30	9.21	0.49	20.77	2.37	23.78	9.28	23.18	11.96	39.88	8.61	2.01	25.56	5.40	3.04	5.33	8.58	6.10	12.95	13.33	9.88	27.32	5.39