Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-393I2.1	Gene	0	3.11	3.83	4.48	12.89	2.83	4.08	20.26	4.81	2.34	2.35	0.90	1.86	1.20	4.13	4.65	3.01	3.03	7.62	3.52	2.66	6.06	1.05	3.46	0.62	1.24	5.47	1.49	4.92	3.26
2	392985	Transcript	0	1.96	1.91	4.53	7.88	2.43	1.69	8.66	2.20	0.99	1.70	1.06	2.06	0.53	2.72	1.83	1.59	1.75	4.05	2.23	1.38	2.63	0.73	2.05	0.22	0.66	2.71	0.69	2.29	1.98
3	IG43_AR3	ActiveIntergenicRegion	0	1.73	0.00	2.70	4.60	0.00	5.71	3.52	0.25	3.61	3.73	0.64	2.32	0.34	1.03	1.24	2.57	3.45	0.00	0.43	0.74	2.49	1.45	0.24	1.26	0.69	2.32	0.25	0.44	0.45
4	ER1a	ExonRegion	0	0.00	3.19	2.12	0.81	0.42	0.00	1.01	0.00	0.00	0.00	1.85	2.37	0.18	0.35	0.00	0.28	0.00	0.00	0.00	0.00	0.87	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.38
5	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.97	7.87	1.52	4.01	1.59	1.04	0.00	3.37	4.73	0.00	0.00	0.00	1.72	0.00	0.00	0.00	3.14	1.67	0.00	0.00	3.37
6	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	4.61	0.00	0.00	0.00	4.58	0.00	0.00	0.00	3.23	3.40	0.00	0.97	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.09	0.00	0.00	0.00	1.59	1.89	0.00	0.00	2.05
7	I1	Intron	0	2.03	1.89	0.73	9.94	0.59	2.34	2.16	0.49	4.62	2.53	1.07	1.35	0.31	0.67	4.25	4.03	5.67	0.62	2.49	1.44	2.85	0.79	0.48	1.62	0.77	1.38	1.16	0.67	1.11
8	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.51	0.00	0.61	7.10	0.00	4.77	0.68	0.00	7.54	3.87	0.00	2.47	0.78	0.82	0.00	3.74	5.77	1.40	0.00	0.00	3.82	0.00	1.01	1.48	0.90	0.00	0.00	0.00	0.00
9	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	1.26	1.31	0.57	0.93	0.56	1.90	0.87	0.00	6.00	3.19	1.42	1.02	0.51	0.49	2.40	2.23	7.63	0.44	0.18	0.31	1.76	0.10	0.26	1.49	0.59	1.16	0.21	0.00	0.34
10	I1_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.61	2.19	0.00	8.78	0.83	0.99	1.89	0.42	2.13	1.46	0.20	0.82	0.10	0.46	7.69	3.01	2.46	0.66	3.26	0.67	2.52	0.31	1.22	1.10	0.00	0.56	0.57	0.55	0.00
11	I1_SR2	SilentIntronRegion	0	3.79	2.81	1.24	21.57	0.66	2.96	4.06	1.20	3.44	1.94	1.20	1.74	0.09	0.94	5.87	6.62	4.61	0.67	5.37	3.34	4.08	1.94	0.36	2.02	1.25	2.21	2.73	1.64	2.65
12	E2_Aa	NovelBoundary	0	5.78	0.00	7.37	39.69	0.00	0.00	0.00	0.00	1.55	1.96	0.00	0.00	0.00	2.26	0.00	5.74	1.31	0.00	0.00	0.00	1.48	2.09	0.00	0.00	0.00	1.85	2.48	4.04	6.80
13	ER2a	ExonRegion	0	1.89	2.90	8.60	42.59	7.52	1.86	3.61	1.65	1.17	4.42	0.68	3.31	1.31	3.04	4.39	5.65	2.35	2.36	0.19	1.46	3.22	4.82	0.62	0.64	0.43	3.75	3.28	0.59	2.10
14	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	6.95	0.00	6.04	1.96	2.80	0.00	0.00	3.91	0.00	1.45	0.00	2.64	0.00	0.00	3.33	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	1.92	0.00	0.00	0.00	0.00	1.89	1.32
15	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	2.96	0.00	0.00	1.80	0.00	0.00	1.25	0.00	0.00	0.00	0.00	1.13	0.00	3.06	0.00	0.00	0.00	0.00	1.64	1.99	2.51	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	ER3a	ExonRegion	0	1.61	2.52	2.50	5.57	0.96	1.94	16.91	1.72	0.43	1.39	0.62	0.64	0.84	2.11	2.39	2.85	1.49	5.96	1.49	0.80	0.38	0.00	5.31	0.00	0.74	7.73	0.00	7.93	3.11
17	E3a_E4a	KnownJunction	0	5.84	0.00	2.94	0.00	0.00	0.00	2.57	4.43	1.58	0.00	0.00	1.45	0.00	4.28	0.00	0.00	0.92	9.25	0.00	3.31	0.00	0.00	2.51	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
18	Ix	Intron	0	0.41	1.42	0.12	0.37	0.25	0.80	0.62	0.21	2.97	1.26	0.48	0.97	0.44	0.18	1.88	0.61	1.73	0.57	1.34	0.11	4.74	0.20	0.20	0.57	0.17	0.47	0.29	0.91	0.68
19	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.76	0.69	0.15	0.79	0.00	0.36	0.53	0.28	1.82	1.12	0.39	0.53	0.19	0.04	1.13	1.04	1.32	0.95	1.69	0.18	3.53	0.20	0.36	0.66	0.06	0.28	0.20	1.12	0.65
20	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	2.85	0.00	0.00	0.00	1.03	0.00	0.00	2.92	0.74	0.00	0.00	1.52	0.00	2.38	0.00	0.76	0.99	0.00	0.00	4.19	0.93	0.93	0.00	0.00	0.81	0.00	5.04	0.00
21	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.56	0.00	0.00	0.49	1.60	0.00	0.37	3.51	1.29	0.00	0.62	1.42	0.14	2.67	0.75	1.02	0.00	1.29	0.00	4.86	0.36	0.00	0.65	0.08	0.81	0.92	0.27	2.08
22	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	0.25	2.32	0.11	0.19	0.51	0.97	0.54	0.10	3.77	1.20	0.53	1.10	0.60	0.25	2.29	0.50	2.31	0.51	0.84	0.04	5.16	0.21	0.19	0.38	0.25	0.49	0.05	0.78	0.69
23	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.87	2.73	0.45	0.00	0.00	1.19	1.54	0.25	4.27	2.37	1.53	1.83	0.08	0.84	3.12	0.34	2.63	0.22	1.87	0.75	3.84	0.32	0.00	1.62	0.22	2.13	0.00	1.10	1.09
24	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	0.00	3.28	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.56	0.00	2.38	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.00	1.02	8.49	0.00	2.85	1.80	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
25	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	0.36	0.30	0.09	0.41	0.00	0.70	0.91	0.31	2.30	1.35	0.41	1.24	0.15	0.12	1.48	0.35	1.08	0.44	1.91	0.08	5.61	0.08	0.05	0.67	0.16	0.22	0.83	0.83	0.26
26	E4_Aa	NovelBoundary	0	17.93	4.46	10.46	9.06	6.48	6.29	0.00	2.19	16.63	8.99	2.75	12.32	6.85	8.33	33.09	16.52	19.56	4.50	0.00	0.00	6.38	4.13	6.01	13.22	1.55	8.63	0.00	9.53	2.77
27	ER4a	ExonRegion	0	4.40	4.75	3.99	6.16	2.10	6.07	29.10	7.60	3.73	2.17	1.02	1.81	1.39	5.64	6.04	2.32	4.14	10.78	5.83	4.07	9.83	0.19	3.98	0.92	1.84	5.57	1.57	5.60	3.87