Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-203B9.1	Gene	0	4.01	1.32	3.32	3.77	6.85	2.57	1.06	1.83	1.41	1.01	0.70	1.80	4.54	2.46	3.54	2.53	1.66	2.14	1.87	2.56	3.50	2.21	3.70	1.13	0.67	3.49	0.64	3.52	1.06
2	416069	Transcript	0	1.64	0.92	1.27	2.23	4.11	1.55	0.41	0.69	0.52	0.45	0.26	1.04	2.14	1.48	1.31	1.49	0.76	1.02	0.68	1.72	1.60	0.85	1.62	0.54	0.33	2.63	0.24	1.61	0.40
3	ER1a	ExonRegion	0	8.12	0.00	8.18	6.79	16.52	3.82	2.86	3.20	0.80	1.60	1.13	3.47	7.19	3.60	4.06	4.08	1.89	3.65	1.01	5.97	4.03	5.98	8.85	1.02	0.90	5.67	1.45	7.97	2.01
4	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	7.37	1.96	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.11	1.85	2.28	0.00	3.52	0.00	0.00	0.00	3.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.67	0.00	0.00	0.00
5	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.49
6	ER2a	ExonRegion	0	1.16	0.00	0.00	7.78	4.19	1.78	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.76	1.70	1.88	0.00	0.40	0.00	2.09	0.00	0.24	1.62	0.00	1.96	1.17	0.79	6.96	0.00	1.80	0.00
7	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	0.84	0.29	0.00	10.45	0.00	5.57	1.84	0.00	0.00	0.57	0.00	2.30	0.00	0.00	0.00	5.69	3.85	2.29	2.91	0.00	2.24	0.00	1.81	0.00	0.38	0.00	1.44	0.00	0.00
9	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	2.14	3.28	0.00	14.63	0.00	15.27	1.57	0.00	0.00	1.44	0.00	4.95	0.00	0.00	0.00	7.59	7.01	4.25	0.00	0.00	2.85	0.00	3.62	0.00	2.86	0.00	3.66	0.00	0.15
10	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	1.95	3.28	0.00	0.66	0.00	11.31	2.02	0.00	0.00	1.31	0.00	4.72	0.00	0.91	0.00	4.03	8.70	2.98	0.00	0.00	3.18	0.00	2.30	0.00	2.86	0.00	3.33	0.00	1.34
11	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	2.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.92	0.00	0.00	0.82	0.51	4.55	0.30	0.00	2.42	0.00	0.00	2.14	2.61	1.51	2.25	4.69	0.00	0.00	0.00	0.44	1.61	0.00	1.63	0.66
12	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.22	2.08	0.00	0.00	0.00	1.23	0.00	1.39	2.91	0.00	3.11	0.00	0.00	3.18	0.00	4.44	3.39	1.56	8.41	2.41	5.04	0.00	0.00	0.97	0.00	0.00	5.23	0.17	2.14
13	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.70	1.41	0.14	0.59	0.13	1.76	0.55	0.21	1.50	1.18	0.49	0.44	0.65	1.16	1.20	2.27	2.66	0.78	3.76	0.52	2.57	0.20	0.15	0.27	0.51	0.51	0.41	0.93	0.61
14	Ix	Intron	0	5.55	4.32	1.14	4.75	2.77	7.19	2.93	0.87	5.24	3.69	2.81	2.76	0.75	5.42	5.28	9.56	11.61	5.57	7.17	3.22	11.00	0.50	0.50	2.85	2.55	0.76	1.63	1.32	1.57
15	Ix_AR12	ActiveIntronRegion	0	7.56	6.31	0.68	4.86	3.31	8.58	3.55	0.75	12.55	3.52	2.91	5.86	0.61	7.66	10.08	12.03	13.16	6.31	4.33	3.53	12.00	0.00	0.00	6.13	2.52	1.92	0.50	0.66	3.53
16	Ix_SR5	SilentIntronRegion	0	2.97	1.98	0.26	3.31	0.75	6.99	2.80	0.00	3.46	2.67	2.38	1.90	1.49	3.69	4.23	15.69	7.59	5.34	4.92	2.00	10.99	0.83	0.84	2.32	1.98	0.97	0.85	0.50	0.31
17	Ix_AR11	ActiveIntronRegion	0	9.68	4.87	1.86	10.22	7.71	7.67	3.27	1.68	7.09	5.60	3.09	4.93	1.18	8.57	6.12	13.38	18.27	7.64	11.46	4.34	10.81	0.90	0.89	3.87	3.40	1.38	1.20	2.41	2.30
18	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	7.95	4.21	1.77	9.99	1.51	9.31	5.48	2.14	5.26	7.79	2.90	1.85	0.33	7.73	5.34	7.26	15.32	6.79	8.75	4.39	11.52	0.00	0.35	5.87	4.03	0.26	4.48	1.31	3.28
19	Ix_AR10	ActiveIntronRegion	0	3.61	3.04	0.74	4.22	2.33	2.97	1.46	0.69	4.33	1.78	3.39	1.31	0.70	3.34	2.86	7.32	9.15	4.60	7.62	2.68	5.89	0.26	0.00	2.03	1.98	0.00	1.88	1.36	0.88
20	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	7.79	4.88	0.83	6.81	8.41	13.95	4.13	0.00	7.95	2.57	2.86	1.21	0.91	7.25	6.43	14.95	16.97	7.44	6.88	3.38	10.80	0.48	0.64	4.81	3.27	0.79	0.46	0.97	1.28
21	Ix_AR9	ActiveIntronRegion	0	5.23	5.89	1.87	7.44	2.44	12.96	3.86	1.12	3.74	3.02	2.68	3.78	0.46	7.21	5.50	10.08	12.27	5.49	7.69	3.68	19.96	0.90	1.21	2.14	3.01	0.64	1.49	1.10	0.98
22	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.58	7.14	0.00	0.00	0.00	8.13	0.00	2.72	0.83	2.18	0.00	1.83	1.92	3.34	0.00	1.83	0.00	1.42	7.08	0.00	1.05	1.33	0.00	0.00	2.11	0.00	0.00	0.00	0.00
23	Ix_AR8	ActiveIntronRegion	0	0.00	4.36	1.74	0.00	0.00	1.68	1.40	0.00	3.44	1.21	0.36	0.48	0.74	3.13	2.17	2.58	3.15	1.34	4.99	1.95	1.37	0.00	0.00	0.00	1.25	0.00	0.00	0.00	0.00
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.28	3.69	0.61	0.52	0.35	5.52	2.35	0.33	3.99	3.44	2.71	1.81	0.60	3.20	4.63	7.43	9.23	5.40	5.68	2.53	10.20	0.33	0.20	1.56	1.90	0.46	2.27	1.25	1.09
25	Ix_AR7	ActiveIntronRegion	0	5.95	9.85	0.00	0.00	0.00	0.00	6.05	0.00	4.49	4.01	5.02	2.47	1.30	4.74	8.71	3.09	14.36	0.91	12.57	3.44	14.58	0.00	0.00	0.00	4.29	0.00	7.33	3.26	2.83
26	Ix_AR6	ActiveIntronRegion	0	4.29	9.85	0.00	0.00	0.00	0.00	6.05	0.00	3.85	3.09	5.95	1.24	0.37	4.54	11.20	2.53	13.74	1.17	12.28	2.81	17.73	0.00	0.52	2.15	5.92	0.00	7.33	1.63	2.11
27	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	4.29	9.85	0.00	0.00	0.00	0.00	6.38	0.00	3.37	2.89	3.17	3.71	0.00	4.54	12.13	1.27	12.52	2.73	9.05	2.81	19.97	0.00	1.81	2.15	4.53	0.00	1.22	1.63	1.34
28	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	6.02	0.76	1.77	0.00	0.00	3.81	4.19	0.00	1.94	3.00	1.28	2.47	0.00	4.22	11.85	4.19	8.78	2.31	5.40	3.03	19.86	0.00	1.81	2.15	4.56	0.00	0.00	0.19	1.34
29	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	6.43	0.00	2.24	0.00	8.54	5.89	2.02	0.00	1.93	3.78	5.78	1.77	0.00	2.98	3.47	5.91	8.06	1.82	6.90	5.49	16.91	0.00	0.95	1.02	3.54	0.00	0.00	0.00	2.36
30	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	4.48	2.39	2.24	0.00	9.96	5.87	0.00	0.00	2.25	4.33	5.95	0.00	0.00	3.63	0.00	5.06	7.56	2.73	4.53	5.62	10.89	0.00	0.00	2.15	5.07	0.00	0.00	0.00	2.20
31	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	6.01	4.06	2.32	3.97	1.59	2.21	1.49	1.36	2.54	1.67	3.01	1.14	0.36	3.35	3.57	3.94	5.72	1.16	6.10	3.73	6.27	0.67	0.67	1.85	1.56	0.87	0.34	1.81	1.58
32	Ix	Intron	0	16.69	9.69	2.38	26.72	1.65	12.94	6.83	0.87	12.26	6.55	3.79	3.42	2.46	14.29	8.23	15.11	37.81	18.72	14.71	7.36	15.75	1.22	1.35	10.78	5.42	1.28	7.44	0.88	1.77
33	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	16.73	9.71	2.38	26.79	1.66	12.98	6.85	0.88	12.29	6.57	3.80	3.43	2.46	14.33	8.25	15.15	37.91	18.77	14.74	7.38	15.79	1.22	1.35	10.81	5.44	1.28	7.46	0.89	1.77
34	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.05	0.57	0.00	0.00	1.21	1.36	1.50	0.00	3.52	0.36	1.47	1.07	0.64	0.00	3.62	0.61	3.97	3.02	1.58	0.00	4.24	0.00	0.45	1.07	1.06	0.00	0.00	0.81	0.50
35	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	1.07	0.00	0.00	0.00	0.23	0.77	0.00	1.77	0.00	1.18	0.00	0.22	0.00	1.82	0.41	0.74	0.32	1.06	0.91	1.65	0.00	0.60	0.36	0.24	0.28	0.00	0.27	0.00
36	Ix	Intron	0	1.21	2.12	0.12	2.03	0.34	1.05	0.37	0.16	1.10	1.00	0.61	0.64	0.50	0.49	1.03	0.97	1.48	0.72	2.21	0.31	3.24	0.05	0.08	0.27	0.30	0.40	0.52	0.41	0.42
37	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.37	2.16	0.11	2.13	0.56	1.26	0.60	0.25	0.82	1.19	0.57	0.77	0.69	0.54	0.92	0.78	1.50	0.85	2.04	0.24	3.61	0.04	0.00	0.34	0.39	0.54	0.59	0.33	0.47
38	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.52	0.00	0.29	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.58	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.46	0.00
39	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.83	0.00	0.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
40	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.39	0.00	0.00	0.00	0.89	0.00	0.00	2.05	0.00	3.54	0.00	0.00	4.79	0.45	1.07	0.00	0.00	0.00	0.00	1.43	0.00	0.00	0.00
41	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	7.31	0.00	2.84	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.44	1.32	2.88	0.00	0.00	0.00	1.19	0.00	0.00	0.00	0.00
42	Ix	Intron	0	0.52	0.78	0.00	1.74	0.00	1.34	0.49	0.45	3.53	2.10	0.29	0.30	0.00	3.18	1.33	0.60	3.99	0.94	3.88	0.67	3.46	0.00	0.00	0.52	1.39	0.00	0.00	0.40	0.49
43	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.53	0.79	0.00	1.76	0.00	1.35	0.49	0.45	3.57	2.12	0.29	0.30	0.00	3.21	1.35	0.61	4.02	0.94	3.92	0.68	3.50	0.00	0.00	0.52	1.40	0.00	0.00	0.40	0.49
44	Ix	Intron	0	0.97	3.19	0.61	1.12	0.59	0.83	0.14	0.13	1.44	0.90	0.33	0.94	1.70	1.36	2.07	0.39	2.07	0.57	2.49	0.10	4.30	0.34	0.13	0.78	0.89	0.38	1.30	0.37	0.23
45	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.12	2.88	0.71	1.15	0.59	0.75	0.16	0.15	1.65	0.87	0.36	0.89	1.78	1.37	2.20	0.45	2.27	0.45	2.57	0.11	4.27	0.36	0.15	0.69	0.89	0.44	1.29	0.43	0.27
46	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.03	5.16	0.00	0.90	0.62	1.38	0.00	0.00	0.14	1.09	0.15	1.25	1.26	1.30	1.27	0.00	0.80	1.31	2.01	0.00	4.50	0.23	0.00	1.35	0.90	0.00	1.38	0.00	0.00
47	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.86	3.31	1.20	0.00	0.00	2.61	0.00	8.09	0.00	5.46	0.00	0.00	0.00	1.93	0.00	0.00	0.00	2.05
48	ER3a	ExonRegion	0	0.00	4.56	0.00	0.00	0.00	1.30	0.00	0.00	0.04	0.68	0.00	1.18	0.00	0.43	0.00	0.00	1.46	0.00	0.00	2.60	1.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.45	0.00	0.77	0.00
49	E3_Da	NovelBoundary	0	0.00	19.39	1.54	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.50	3.15	0.00	0.00	0.90	4.62	0.00	0.00	13.52	0.00	6.50	0.00	0.00	4.38	0.00	0.00	1.78
50	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.19	0.00	0.00	0.00
51	Ix	Intron	0	0.61	8.21	0.47	0.00	0.00	0.39	0.00	1.04	0.95	0.00	0.00	0.35	1.65	1.41	0.00	0.00	3.81	0.55	0.00	0.78	2.42	0.00	0.51	0.00	0.00	0.45	0.00	0.00	0.00
52	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.61	8.26	0.48	0.00	0.00	0.39	0.00	1.05	0.96	0.00	0.00	0.35	1.66	1.42	0.00	0.00	3.83	0.55	0.00	0.79	2.44	0.00	0.52	0.00	0.00	0.45	0.00	0.00	0.00
53	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	3.97	1.17	0.00	0.00	0.00	2.69	0.00	5.27	0.00	1.49	0.00	3.38	1.97	0.00	0.00	2.12	0.00	0.00	0.00	11.07	2.19	7.39	2.51	3.64	4.03	0.00	3.95	2.91
54	ER4a	ExonRegion	0	2.20	1.89	0.74	1.05	0.72	2.02	0.00	1.62	2.78	0.85	0.70	0.73	4.27	2.19	5.12	2.44	1.95	1.41	3.75	0.00	4.18	0.00	0.53	1.58	0.63	1.47	0.27	0.72	0.79