Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	HLA-L	Gene	0	1.43	0.15	1.02	0.27	0.45	0.74	0.54	0.26	0.38	0.15	0.25	5.15	0.93	0.74	0.54	2.71	4.23	1.99	0.30	0.22	2.07	0.63	0.25	0.12	0.37	0.15	0.12	0.48	3.82
2	482052	Transcript	0	5.44	0.59	0.73	0.65	1.25	4.30	2.48	0.74	0.47	1.21	2.35	0.90	0.12	3.24	1.96	7.22	12.42	3.81	2.25	0.55	1.12	2.74	2.87	0.57	1.49	0.42	1.19	2.79	3.94
3	463348	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
4	420110	Transcript	0	3.08	0.25	6.17	0.00	0.00	0.62	0.99	0.02	1.44	0.65	1.47	115.65	37.91	1.51	2.52	1.89	3.36	3.81	0.84	0.01	48.92	2.17	1.53	0.74	3.61	1.81	0.68	1.02	185.91
5	ER1a	ExonRegion	0	2.14	2.35	2.24	0.00	4.98	6.68	6.62	0.00	0.00	1.44	0.77	0.00	0.00	4.41	0.00	10.12	6.58	4.68	0.00	0.00	2.45	6.70	6.20	0.00	0.00	1.35	2.35	4.08	9.20
6	E1_Ac	KnownBoundary	0	12.86	4.27	8.52	0.00	13.85	20.07	14.13	2.14	0.00	3.67	1.46	0.00	2.48	13.94	7.57	42.30	49.03	9.25	0.00	0.00	3.45	15.36	12.16	0.00	5.34	1.85	6.86	12.85	24.99
7	ER1b	ExonRegion	0	5.28	3.28	3.37	0.00	9.96	11.88	8.64	0.85	0.16	1.44	1.19	0.00	0.00	7.32	1.60	28.47	11.05	10.82	0.00	0.00	2.85	11.78	7.43	0.00	1.28	1.57	3.86	9.90	16.83
8	ER1c	ExonRegion	0	14.14	0.55	48.34	0.00	2.08	4.79	2.52	0.97	15.84	0.18	1.45	315.39	0.00	5.63	12.37	23.90	122.70	20.96	0.00	1.72	1.45	3.41	2.31	3.08	2.32	0.24	1.93	5.84	4.98
9	E1_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
10	E1a_E1d	KnownJunction	0	8.26	0.00	4.06	0.00	0.00	1.73	2.69	0.00	4.29	1.96	2.88	346.20	0.00	3.26	7.57	3.21	9.81	9.25	0.00	0.00	3.53	5.88	4.58	2.21	8.79	3.82	2.04	2.07	12.94
11	E1a_E1e	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
12	ER1d	ExonRegion	0	16.15	0.00	0.66	2.60	0.00	4.74	0.97	2.64	0.15	1.31	2.11	3.61	0.47	3.13	7.83	15.21	11.39	10.57	0.00	2.19	1.93	1.80	0.00	2.26	1.80	0.35	0.00	2.68	0.97
13	E1_Ad	KnownBoundary	0	6.02	0.00	0.00	21.57	0.00	11.78	4.98	2.54	0.00	6.99	2.82	0.00	1.27	4.92	0.00	41.08	31.65	13.87	0.00	0.00	7.30	2.09	0.00	3.05	5.34	2.19	0.00	6.34	5.22
14	ER1e	ExonRegion	0	23.16	1.47	12.02	3.79	5.43	9.92	8.75	1.99	3.99	1.91	3.09	44.67	2.02	12.61	5.20	44.29	54.37	25.05	0.40	2.76	3.16	12.60	1.65	0.75	3.73	2.71	0.83	5.14	4.70
15	E1_Ae	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	ER1f	ExonRegion	0	9.13	2.36	0.55	0.00	0.89	3.65	3.88	2.08	1.04	1.41	1.06	0.00	20.53	4.22	1.50	19.29	11.83	26.86	0.75	2.97	44.42	5.30	2.35	0.55	2.12	0.87	1.19	2.22	78.84
17	E1b_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	14.45	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.52	0.00	91.87	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	93.26	0.00	0.00	0.00	1.86	0.00	0.00	0.00	457.60
18	E1b_E2b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
19	Ix	Intron	0	2.20	0.66	1.03	0.00	0.00	2.54	0.41	0.38	0.00	0.00	0.24	0.00	0.00	1.77	0.95	1.76	0.92	5.28	1.31	0.57	1.47	2.22	0.37	0.00	0.59	0.65	0.00	2.35	0.69
20	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.21	0.67	1.04	0.00	0.00	2.56	0.42	0.38	0.00	0.00	0.25	0.00	0.00	1.78	0.96	1.77	0.93	5.33	1.32	0.57	1.48	2.24	0.37	0.00	0.59	0.65	0.00	2.37	0.69
21	E2_Aa	NovelBoundary	0	3.01	4.36	1.49	0.00	0.00	1.96	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.22	1.91
22	ER2a	ExonRegion	0	0.99	0.76	0.00	0.00	0.00	0.15	0.28	0.06	0.02	0.00	0.00	0.74	21.86	1.27	0.00	2.45	0.28	2.18	2.51	0.04	49.97	0.64	0.00	0.00	0.20	1.60	0.00	1.00	87.20
23	E2_Ab	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
24	ER2b	ExonRegion	0	1.14	0.36	1.62	0.00	4.74	0.62	1.58	0.35	0.24	0.00	0.29	0.37	0.92	1.25	1.33	8.04	6.31	3.17	0.78	0.31	0.72	0.68	0.00	0.00	0.63	0.27	0.00	1.27	2.56
25	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
26	Ix	Intron	0	7.15	1.65	3.15	1.23	0.00	10.36	1.38	1.42	2.64	0.74	1.12	0.00	0.22	8.01	1.58	11.96	8.58	15.74	1.91	1.89	4.52	0.93	1.08	0.55	2.82	0.81	0.31	2.23	1.89
27	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	7.18	1.66	3.16	1.23	0.00	10.39	1.38	1.42	2.65	0.75	1.12	0.00	0.22	8.04	1.58	12.00	8.60	15.80	1.92	1.89	4.53	0.93	1.09	0.55	2.82	0.81	0.31	2.24	1.90
28	ER3a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.31	2.65	0.90	0.49	0.37	0.23	0.12	0.26	0.59	0.11	0.00	0.28	0.00	0.46	2.48	0.00	1.18	0.00	0.53	0.00	0.08	0.00	0.26	0.29	0.00	0.00	0.76
29	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
30	ER4a	ExonRegion	0	0.68	0.00	0.18	0.00	0.00	0.05	0.88	0.27	0.21	0.00	0.15	0.53	0.00	1.03	0.00	1.08	3.45	0.00	1.39	0.00	0.00	0.79	0.60	0.00	1.25	0.00	0.00	0.71	0.39
31	E4a_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
32	E4a_E7a	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.19	0.00	0.00	0.00	0.00	2.22	0.00	6.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.53	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
33	Ix	Intron	0	4.81	2.07	0.58	0.00	0.00	2.02	0.00	0.16	0.34	0.12	1.34	0.16	0.00	1.95	0.95	5.88	0.90	4.68	2.21	0.48	1.60	0.78	0.62	0.00	0.25	0.68	2.05	0.98	0.12
34	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.83	2.07	0.58	0.00	0.00	2.02	0.00	0.16	0.34	0.13	1.34	0.16	0.00	1.96	0.95	5.89	0.90	4.69	2.21	0.48	1.61	0.78	0.63	0.00	0.25	0.68	2.06	0.99	0.12
35	ER5a	ExonRegion	0	1.83	0.00	1.12	0.00	0.00	3.61	1.89	1.84	0.82	0.72	1.86	0.00	0.00	2.74	0.00	0.42	23.58	0.00	1.89	0.00	0.09	0.68	1.62	0.00	1.73	0.00	0.57	1.29	2.40
36	E5a_E6a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
37	E5a_E7a	KnownJunction	0	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	4.80	2.12	0.00	1.43	2.04	6.30	0.00	0.00	4.99	0.00	2.98	29.73	0.00	8.09	0.00	0.00	2.38	4.97	0.00	3.45	0.00	2.29	4.09	4.85
38	Ix	Intron	0	17.96	7.94	3.69	4.35	2.69	19.63	7.56	3.65	8.00	1.83	7.94	0.51	2.21	18.70	7.24	56.04	32.84	27.90	10.74	1.93	8.89	3.08	2.39	3.80	11.42	0.95	8.48	4.59	4.57
39	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	18.00	7.96	3.70	4.36	2.70	19.67	7.57	3.66	8.02	1.83	7.96	0.51	2.22	18.74	7.26	56.16	32.91	27.96	10.77	1.94	8.91	3.09	2.40	3.80	11.45	0.96	8.50	4.60	4.58
40	ER6a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
41	E6_Da	NovelBoundary	0	0.00	9.70	0.00	0.00	0.00	23.63	0.00	2.54	10.57	0.00	20.28	0.00	0.00	4.65	19.13	40.01	17.24	0.00	16.18	0.00	11.75	2.48	0.00	2.39	11.93	0.00	5.07	0.00	1.68
42	Ix	Intron	0	2.50	3.20	0.44	1.90	0.78	8.10	0.75	0.49	4.14	1.61	6.06	0.33	0.55	5.47	3.61	21.15	7.76	4.84	6.44	0.29	3.48	0.57	0.96	1.48	1.59	0.17	1.85	1.64	1.84
43	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.10	2.10	1.13	2.41	0.00	10.19	0.00	0.93	3.02	0.61	12.43	0.00	0.98	7.06	4.03	18.32	11.93	2.59	6.96	0.00	4.14	0.36	1.52	1.97	2.17	0.00	3.34	1.92	1.76
44	Ix	Intron	0	24.76	9.13	12.69	15.85	6.72	22.36	6.55	10.36	30.09	20.89	15.14	15.53	4.75	46.73	15.99	48.20	37.72	8.97	22.38	7.33	33.31	7.44	7.62	7.62	14.54	9.18	12.75	34.33	11.35
45	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	25.91	10.64	14.54	17.46	7.46	20.23	8.14	12.00	36.32	21.17	17.06	16.37	6.54	51.51	20.90	51.34	40.86	9.08	23.03	7.62	32.92	8.01	8.16	9.60	17.72	11.41	13.37	38.39	12.15
46	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	27.73	9.69	11.28	9.39	4.31	21.30	2.21	10.96	19.78	31.67	13.90	16.61	0.83	49.79	2.70	36.71	38.19	5.39	14.14	8.81	27.42	8.46	6.79	6.85	11.29	6.48	4.57	29.90	7.19
47	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	21.62	5.66	8.94	13.79	5.66	27.49	4.04	6.62	18.68	17.90	11.22	13.48	1.69	35.60	8.16	44.09	30.81	9.60	22.95	6.37	35.71	5.98	6.63	3.42	8.27	4.84	13.33	26.43	10.57
48	E7_Aa	NovelBoundary	0	142.15	12.80	147.70	179.46	95.35	120.01	97.04	58.18	170.29	221.86	74.82	86.26	43.66	135.86	91.89	207.16	135.01	67.04	267.05	66.99	102.48	55.18	90.18	133.33	93.65	63.17	88.66	64.12	86.23
49	ER7a	ExonRegion	0	0.44	0.00	0.02	0.00	0.00	0.98	0.19	0.32	0.31	0.06	0.25	0.00	0.00	0.44	0.00	0.59	1.97	0.00	0.92	0.00	0.11	0.10	0.33	0.00	0.69	0.00	0.11	0.31	0.74