Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-944L7.3	Gene	0	1.44	0.98	1.31	0.80	3.82	1.54	2.25	1.44	1.25	1.94	0.53	4.07	1.89	2.53	2.16	2.22	3.67	2.80	2.86	4.06	5.74	0.20	0.81	1.44	3.84	1.58	3.48	4.19	0.15
2	457331	Transcript	0	0.97	0.59	0.99	0.59	2.60	1.10	2.42	1.15	0.81	1.43	0.30	3.32	1.13	1.78	3.07	1.33	2.57	2.29	3.71	2.40	3.88	0.15	0.59	0.80	2.14	0.84	2.64	2.75	0.06
3	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.90	0.00	0.00	0.77	1.55	1.98	0.00	1.55	0.04	3.35	0.00	0.53	2.36	0.00	2.83	8.27	1.72	2.54	1.56	0.00	0.00	0.00	0.77	0.89	4.92	2.68	0.00
4	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.45	0.00	0.93	0.00	0.00	3.24	4.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.89	1.68
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.92	0.00	0.00	0.00	0.00	1.78	0.00	0.00	0.00	0.00	1.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.78	2.82	1.12	0.00	0.00	1.56	2.10	0.40	1.17	0.02	4.05	5.30	0.00	6.15	8.00	4.42	7.88	8.04	7.16	4.82	3.64	1.01	0.00	1.06	1.63	0.88	1.15	9.22	1.08
7	I1_AR2	ActiveIntronRegion	0	4.71	0.21	0.92	0.00	1.97	0.83	1.99	3.34	1.14	0.87	0.48	4.24	0.00	4.14	5.20	3.36	7.57	7.13	1.29	3.08	2.69	0.36	0.00	0.46	2.79	2.22	0.74	9.14	0.45
8	I1_AR6	ActiveIntronRegion	0	4.66	3.83	6.37	3.00	7.54	1.96	2.11	3.87	18.97	13.11	2.89	12.02	9.62	8.25	4.08	7.00	11.49	2.47	9.76	2.11	11.16	1.28	4.16	9.09	4.55	5.72	15.71	7.57	2.57
9	I1_SR4	SilentIntronRegion	0	1.71	0.00	1.49	0.00	12.87	1.52	2.44	2.02	6.59	5.51	2.47	3.85	1.66	3.86	1.66	3.05	1.93	1.38	7.71	0.00	5.58	0.00	2.87	1.64	0.29	2.61	9.96	2.85	0.00
10	I1_AR7	ActiveIntronRegion	0	3.52	2.68	3.95	0.00	16.53	3.17	1.98	2.03	9.44	12.71	4.54	8.13	4.95	7.70	3.23	8.06	9.71	1.07	16.91	0.25	13.85	2.50	5.45	6.14	1.91	2.52	24.31	5.74	0.68
11	I1_SR5	SilentIntronRegion	0	0.00	4.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.09	0.00	1.75	2.29	0.64	0.00	1.76	0.00	0.00	18.10	0.00	3.03	0.00	0.00	3.05	0.00	0.00	3.89	0.00	0.00
12	I1_AR8	ActiveIntronRegion	0	2.53	5.67	0.32	0.29	13.21	2.89	4.45	1.69	12.34	8.98	1.51	4.41	3.10	4.74	3.80	4.57	3.86	3.61	13.87	4.57	13.97	0.17	1.91	5.41	2.04	0.44	8.07	1.42	1.09
13	I1_SR6	SilentIntronRegion	0	4.52	5.10	5.46	2.68	16.15	5.17	4.99	4.00	7.38	17.56	6.59	15.78	6.76	10.84	2.36	6.51	10.86	2.28	18.62	2.32	21.23	2.15	4.97	6.04	5.03	4.96	11.64	7.96	1.88
14	E2_Aa	NovelBoundary	0	5.13	8.43	1.10	0.00	5.60	8.06	2.80	0.00	0.00	8.11	9.30	13.83	6.81	12.21	0.00	3.29	10.71	0.00	24.28	0.00	14.48	0.00	8.72	0.00	3.07	4.29	0.00	3.73	0.00
15	ER2a	ExonRegion	0	4.37	2.26	4.06	2.93	11.92	4.42	3.60	3.76	3.43	5.30	0.94	7.06	4.24	7.90	3.00	5.06	6.39	2.36	8.29	5.62	15.69	0.74	2.95	2.60	2.44	1.24	7.47	8.61	0.00
16	E2_Da	NovelBoundary	0	0.00	3.88	11.46	0.00	0.00	7.17	2.92	0.00	1.28	5.95	0.00	9.94	2.87	2.06	9.77	6.58	10.78	13.87	32.37	0.00	7.50	2.38	4.97	5.08	3.22	2.10	8.15	17.70	0.00
17	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.23	0.00	0.00	0.00	0.00	1.63	0.00	0.00	8.37	0.00	0.00	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.67	0.00	0.00	0.00	0.00
18	I2	Intron	0	2.56	3.40	2.72	3.89	12.19	5.52	2.19	1.20	3.53	7.52	4.39	5.95	4.85	6.77	1.79	6.77	6.32	3.14	18.72	2.22	14.70	1.17	1.77	2.80	3.10	1.53	7.36	3.01	0.43
19	I2_SR1	SilentIntronRegion	0	3.42	3.83	0.92	1.90	10.85	6.69	2.01	2.39	4.96	3.32	3.01	5.02	6.08	5.09	1.63	6.96	6.40	2.35	19.21	1.48	16.94	1.44	1.90	2.77	2.81	1.48	4.04	5.50	0.13
20	I2_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.98	3.12	3.99	5.30	13.21	4.75	2.33	0.37	2.56	10.49	5.39	6.64	4.02	7.99	1.91	6.69	6.31	3.71	18.51	2.76	13.25	1.00	1.68	2.84	3.32	1.58	9.72	1.29	0.65
21	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.82	0.00	0.00	0.34	0.49	0.45	0.00	0.22	0.00	1.25	0.00	1.16	0.00	1.47	3.73	0.47	0.00	0.00	0.35	0.00	0.00	0.00	0.35	0.00	0.00	2.40	0.00
22	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.44	0.00	2.47	0.00	0.91	0.00	2.53	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
23	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.46	0.59	0.34	0.00	0.00	0.00	0.43	0.20	0.37	1.34	0.38	1.45	0.00	1.11	3.63	1.25	4.11	1.23	1.50	1.48	1.88	0.19	0.39	0.47	0.74	0.95	0.39	0.35	3.75
24	I2	Intron	0	0.43	1.29	0.33	0.00	0.98	0.82	0.40	0.37	0.00	0.00	1.19	0.25	0.26	1.90	0.00	1.98	2.99	1.54	0.64	0.40	0.86	0.00	1.81	0.86	0.29	3.46	2.56	0.65	0.27
25	I2_SR1	SilentIntronRegion	0	0.43	1.30	0.34	0.00	0.98	0.83	0.41	0.37	0.00	0.00	1.20	0.25	0.26	1.91	0.00	2.00	3.01	1.55	0.64	0.40	0.86	0.00	1.81	0.87	0.29	3.48	2.58	0.66	0.27
26	Ix	Intron	0	2.61	8.86	12.86	3.73	11.86	16.53	4.08	2.02	13.83	25.63	15.69	18.18	5.47	19.60	8.93	23.38	18.13	11.88	23.83	8.18	23.50	4.59	6.90	11.82	11.57	11.81	20.33	10.46	8.58
27	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.79	3.97	2.47	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
28	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.44	9.27	14.43	5.28	12.59	17.20	3.99	2.28	12.47	27.07	16.22	18.93	6.41	22.50	10.52	24.90	19.01	12.86	20.54	9.09	22.13	5.61	8.30	14.73	12.88	14.60	24.68	12.92	9.98
29	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.60	9.39	10.84	0.00	12.08	17.81	5.15	1.66	20.40	26.47	17.20	19.53	3.81	15.08	6.09	23.52	19.11	10.46	37.12	6.70	31.99	2.54	4.23	5.74	10.04	6.11	11.76	5.42	6.20
30	Ix	Intron	0	0.40	0.60	0.62	0.00	0.90	0.76	0.37	2.04	1.56	1.60	0.66	1.94	0.48	2.00	0.00	0.46	3.31	2.14	2.95	1.02	1.32	0.33	0.00	1.59	3.70	0.29	1.35	1.20	0.99
31	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.40	0.60	0.62	0.00	0.91	0.77	0.38	2.06	1.57	1.61	0.66	1.95	0.48	2.02	0.00	0.46	3.33	2.15	2.97	1.03	1.33	0.34	0.00	1.60	3.72	0.29	1.36	1.21	1.00
32	Ix	Intron	0	1.13	3.39	1.47	0.00	0.86	0.24	0.71	1.29	2.16	1.77	0.00	2.38	0.00	2.30	0.96	2.37	3.92	1.74	1.68	1.66	1.25	0.63	0.00	2.26	2.51	0.55	0.00	2.29	0.00
33	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.06	0.00	0.83	0.00	0.00	0.00	0.00	2.73	1.94	2.14	0.00	0.61	0.00	0.90	0.00	1.23	1.48	0.95	3.16	0.00	0.00	0.00	0.00	3.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
34	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.18	5.30	1.83	0.00	1.34	0.38	1.11	0.50	2.31	1.58	0.00	3.38	0.00	3.10	1.51	3.02	5.32	2.20	0.88	2.60	1.96	0.99	0.00	1.77	3.92	0.86	0.00	3.58	0.00
35	Ix	Intron	0	0.00	1.43	1.48	0.00	0.00	1.22	0.89	0.82	1.00	3.20	0.00	0.55	0.00	1.81	8.57	5.50	3.31	0.85	4.25	1.22	2.53	0.00	0.00	3.82	1.27	0.70	0.00	0.00	0.00
36	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	1.61	1.67	0.00	0.00	1.37	0.77	0.92	1.11	3.38	0.00	0.62	0.00	1.94	9.66	5.73	3.73	0.96	4.79	1.38	2.85	0.00	0.00	4.30	1.43	0.79	0.00	0.00	0.00
37	Ix	Intron	0	1.45	0.54	1.46	2.09	0.00	2.13	1.56	0.71	2.28	2.10	0.69	3.05	0.25	2.15	1.87	2.44	4.05	1.90	1.55	1.87	2.07	0.17	0.18	2.09	2.36	0.46	2.13	2.37	0.84
38	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.46	0.54	1.47	2.09	0.00	2.14	1.57	0.72	2.29	2.11	0.69	3.06	0.25	2.16	1.88	2.45	4.07	1.91	1.55	1.88	2.08	0.18	0.18	2.09	2.36	0.46	2.14	2.38	0.85
39	Ix	Intron	0	1.26	1.10	0.40	1.25	1.70	2.48	1.89	0.96	1.40	4.30	0.31	2.83	0.31	2.75	4.04	3.14	4.71	2.19	2.43	1.88	2.57	0.59	0.16	0.98	3.42	1.06	1.35	1.21	0.13
40	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.26	1.10	0.40	1.25	1.70	2.48	1.89	0.96	1.40	4.30	0.31	2.83	0.31	2.76	4.04	3.14	4.71	2.19	2.43	1.88	2.58	0.59	0.16	0.98	3.42	1.06	1.35	1.21	0.13
41	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.99	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.22	1.47	2.43	5.68	1.68	0.00
42	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.26	1.49	2.48	5.80	1.71	0.00
43	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.76	0.21	0.63	0.00	1.14	0.45	0.00	1.06	0.00	0.05	1.58	0.00	2.46	0.30	0.00	0.00	2.84	0.00	0.00	0.34	2.44	0.00	0.00	0.95	0.52
44	Ix	Intron	0	0.07	0.60	0.93	1.22	0.23	1.23	1.49	0.17	0.44	3.20	0.46	3.53	0.25	1.82	2.88	1.91	6.77	1.77	3.79	0.29	1.06	0.36	0.45	1.96	3.24	1.99	1.02	2.21	0.14
45	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.33	0.25	1.02	1.65	0.00	0.74	0.00	0.14	0.56	2.65	0.09	2.78	0.20	1.98	5.06	2.47	5.37	0.47	1.96	0.21	0.33	0.00	0.97	1.65	1.09	1.68	0.00	1.50	0.15
46	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.70	1.09	0.00	0.53	0.75	0.44	0.40	0.85	1.73	0.00	3.16	0.00	1.38	2.01	0.93	8.30	0.49	1.39	0.00	0.78	0.39	0.00	0.00	4.21	1.71	1.40	4.80	0.00
47	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.68	0.86	1.35	0.23	1.48	2.18	0.13	0.32	3.69	0.67	3.85	0.32	1.87	2.40	1.95	6.87	2.45	4.88	0.37	1.34	0.47	0.38	2.48	3.69	2.14	1.25	1.88	0.17
48	Ix	Intron	0	0.00	1.18	0.41	0.87	0.00	0.17	0.25	0.00	0.00	1.94	1.45	1.35	0.00	1.16	2.47	0.74	2.55	0.00	1.17	0.00	0.70	0.22	0.44	1.31	3.14	0.38	0.45	0.80	0.00
49	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	1.18	0.41	0.88	0.00	0.17	0.25	0.00	0.00	1.95	1.46	1.36	0.00	1.16	2.48	0.74	2.56	0.00	1.17	0.00	0.70	0.22	0.44	1.32	3.15	0.39	0.45	0.80	0.00
50	Ix	Intron	0	0.00	0.99	1.49	2.26	0.28	1.26	0.52	0.00	1.74	3.89	0.99	4.63	0.28	3.48	3.14	4.28	5.48	4.70	4.58	0.24	0.82	0.62	1.09	3.83	6.89	2.98	6.15	5.89	0.27
51	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	0.51	1.49	1.75	0.00	1.26	0.47	0.00	2.63	2.99	0.75	4.87	0.13	2.96	2.14	5.06	6.66	4.93	4.40	0.17	0.65	0.77	1.11	3.31	7.90	3.19	5.06	7.32	0.33
52	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	1.89	1.86	3.63	0.71	1.59	0.75	0.00	1.26	6.17	1.60	5.91	0.55	4.85	4.98	4.45	5.81	4.87	5.42	0.30	1.29	0.49	1.42	5.41	7.81	3.09	9.37	5.81	0.29
53	Ix	Intron	0	1.37	2.03	1.34	5.72	3.64	3.66	2.57	0.00	1.25	6.22	1.08	3.08	0.31	5.05	2.06	7.43	13.02	2.78	6.29	1.68	0.30	0.38	0.19	2.40	3.88	2.42	1.75	2.86	0.46
54	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.63	1.74	1.83	2.30	2.37	3.23	1.58	0.00	1.80	4.73	1.36	2.54	0.52	5.44	2.75	7.30	14.06	1.95	5.81	1.49	0.33	0.41	0.00	3.20	2.36	2.06	1.38	2.13	0.39
55	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.14	2.30	0.90	8.73	4.76	4.04	3.45	0.00	0.78	7.55	0.83	3.57	0.12	4.73	1.46	7.57	12.16	3.52	6.72	1.85	0.28	0.36	0.36	1.72	5.21	2.75	2.09	3.51	0.53
56	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.54	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.03	0.00	0.00	0.00
57	ER3a	ExonRegion	0	0.46	0.70	0.02	0.00	1.08	0.32	1.83	0.00	0.60	0.31	0.51	2.78	1.40	0.49	1.64	1.61	2.57	0.83	0.44	3.83	2.16	0.00	0.00	1.41	5.81	2.04	0.79	2.47	0.29