Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-844E22.1	Gene	0	14.80	1.39	0.93	1.18	3.11	2.06	20.71	8.32	9.92	3.26	1.47	3.99	5.54	1.06	3.32	4.65	1.41	0.91	1.84	2.85	2.14	13.45	2.49	3.45	4.32	7.27	2.52	5.43	2.62
2	491607	Transcript	0	3.11	0.00	0.00	1.34	0.00	1.38	6.88	2.85	0.00	0.81	0.22	1.98	2.32	0.00	4.66	4.37	0.28	1.08	0.60	1.03	0.00	1.40	1.34	3.03	3.17	2.00	0.34	0.00	0.38
3	482728	Transcript	0	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.76	0.01	0.00	0.00	0.00	0.51	0.00	0.00	0.02	0.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.26	0.34	0.34	0.02	0.03	0.30	0.00	0.00	0.00
4	307106	Transcript	0	54.07	0.00	0.55	4.10	6.34	1.50	3.94	29.71	4.42	0.00	0.30	2.11	0.00	2.53	3.89	0.00	0.60	0.00	4.05	5.04	2.03	62.67	1.26	11.78	0.97	3.52	2.29	0.00	0.84
5	477703	Transcript	0	189.93	22.35	3.51	9.60	50.33	20.58	339.99	97.04	138.69	46.93	14.68	42.65	61.67	13.14	56.91	42.54	13.81	11.56	24.16	23.94	24.97	160.80	32.36	39.78	56.05	125.40	59.54	93.66	31.54
6	476842	Transcript	0	0.27	0.00	0.58	0.00	3.37	0.64	0.71	0.00	0.14	0.83	2.88	0.36	0.30	0.42	1.20	1.10	0.87	0.00	0.74	2.02	1.15	0.85	0.43	0.76	0.83	0.19	0.00	1.89	0.78
7	ER1a	ExonRegion	0	1.26	0.00	0.00	2.69	0.00	0.81	9.07	3.17	0.00	1.62	0.45	2.51	3.10	0.00	0.95	4.99	0.56	2.17	1.20	2.07	0.00	0.81	2.67	0.55	0.77	0.57	0.69	0.00	0.75
8	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.46	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
9	E1a_E2b	KnownJunction	0	4.95	0.00	0.00	0.00	0.00	1.96	4.69	2.54	0.00	0.00	0.00	1.45	1.53	0.00	8.37	3.75	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.99	0.00	5.50	5.57	3.43	0.00	0.00	0.00
10	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.94	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.51	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
11	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.97	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
12	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.04	1.61	1.54	0.00	0.00	9.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
13	ER2a	ExonRegion	0	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.76	0.01	0.00	0.00	0.00	0.51	0.00	0.00	0.02	0.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.26	0.34	0.34	0.02	0.03	0.30	0.00	0.00	0.00
14	E2_Ab	KnownBoundary	0	2.77	0.00	0.00	41.84	0.00	1.88	0.00	10.75	0.00	1.92	0.00	4.52	16.69	0.00	28.70	39.09	1.33	0.00	0.00	0.00	1.68	0.00	6.94	0.00	1.48	2.19	0.00	0.00	0.00
15	ER2b	ExonRegion	0	1.88	0.00	0.80	2.27	0.00	0.39	15.31	5.55	1.00	4.10	0.63	5.95	2.62	0.00	1.36	7.76	0.00	4.17	0.00	0.00	0.89	0.97	1.30	3.34	5.25	1.64	0.00	0.97	0.00
16	E2_Da	NovelBoundary	0	4.48	0.00	3.06	10.78	0.00	1.73	0.00	15.43	0.00	1.48	0.00	6.08	21.72	0.00	0.00	7.04	1.24	0.00	0.00	0.00	1.56	0.00	2.22	0.00	1.55	0.00	2.44	0.00	0.00
17	E2a_E4a	KnownJunction	0	2.18	0.00	1.35	10.78	0.00	1.92	47.72	10.95	1.49	7.39	1.61	10.96	7.80	0.00	0.00	29.76	0.00	9.25	0.00	0.00	1.64	0.00	0.00	0.00	6.86	2.19	0.00	1.71	0.00
18	E2a_E5a	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.87	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
19	I2	Intron	0	1.35	0.31	0.65	0.70	0.24	0.60	0.29	0.62	0.35	2.03	0.29	1.40	0.53	0.26	0.22	0.96	1.88	0.95	0.62	0.13	0.21	0.26	0.18	1.15	0.90	0.08	1.24	0.24	0.00
20	I2_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.40	0.45	0.94	1.01	0.34	0.68	0.43	0.91	0.43	2.44	0.42	1.58	0.77	0.25	0.32	0.87	2.63	1.22	0.90	0.19	0.20	0.14	0.25	1.66	1.12	0.00	1.55	0.00	0.00
21	E3_Aa	NovelBoundary	0	14.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.69	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
22	E3_Ab	NovelBoundary	0	7.37	0.00	1.02	0.00	0.00	2.99	11.84	1.94	0.00	1.56	2.82	1.17	1.31	0.00	0.00	0.00	0.92	0.00	0.00	0.00	0.00	4.23	1.92	0.00	0.00	0.00	0.00	1.80	1.68
23	ER3a	ExonRegion	0	2.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.02	0.00	0.00	0.00	0.60	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.45	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
24	ER3b	ExonRegion	0	83.76	8.27	5.38	3.83	15.60	10.65	110.15	46.99	51.39	12.77	6.94	18.80	29.99	5.15	16.04	21.24	7.97	3.51	10.48	13.23	8.40	72.00	11.44	17.63	20.74	39.90	10.01	27.04	15.12
25	E3_Da	KnownBoundary	0	290.80	16.68	1.54	0.00	25.79	30.27	32.96	152.23	132.47	18.81	9.43	20.12	38.47	12.92	16.14	54.62	10.38	9.25	0.00	44.74	32.61	245.95	9.60	48.51	69.18	29.61	6.86	4.49	12.64
26	E3a_E4a	KnownJunction	0	106.00	0.00	1.10	8.20	12.67	2.99	4.86	59.42	8.83	0.00	0.00	4.22	0.00	5.05	7.77	0.00	1.19	0.00	8.09	10.09	4.05	124.90	2.51	23.57	1.93	7.04	4.57	0.00	1.68
27	E3a_E5a	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.54	0.00	0.00	0.00	2.98	2.14	0.00	0.00	17.95	0.00	3.89	0.00	0.00	3.49	0.00	0.00	0.00	0.00
28	ER3c	ExonRegion	0	89.19	8.05	1.88	5.17	17.90	9.06	103.59	45.69	65.59	17.77	5.32	22.00	35.63	7.51	22.28	18.36	8.12	1.97	6.81	15.15	11.70	89.34	14.28	20.77	23.97	41.18	15.38	28.54	16.81
29	E3_Db	NovelBoundary	0	23.59	0.00	3.71	0.00	0.00	3.26	2.40	0.00	5.15	7.23	0.00	11.36	2.93	6.71	16.74	23.71	21.92	4.62	0.00	11.16	0.00	3.69	0.00	2.75	3.86	3.65	0.00	5.30	0.00
30	E3b_E4a	KnownJunction	0	379.63	44.69	7.03	19.20	100.65	41.17	679.83	194.09	277.33	93.75	29.36	85.27	123.33	26.28	113.81	84.99	27.62	23.12	48.33	47.88	49.94	321.60	64.71	79.55	112.10	250.79	119.08	187.32	63.09
31	E3b_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	5.45	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
32	Ix	Intron	0	10.46	10.18	9.20	4.24	6.79	6.55	3.75	4.19	8.93	12.29	2.57	10.44	2.47	6.06	8.10	14.24	23.79	9.55	5.95	2.24	6.96	2.24	0.86	6.74	7.31	5.02	2.06	5.30	1.88
33	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	6.43	6.61	8.30	8.31	5.66	4.51	5.43	1.76	4.12	7.27	0.66	7.24	1.24	5.44	7.51	7.94	10.67	7.20	1.85	0.00	2.50	4.28	1.05	1.25	1.72	2.82	0.00	2.54	0.00
34	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	12.03	7.57	9.88	3.29	6.17	7.32	6.33	6.00	10.12	14.48	2.19	11.38	2.50	6.57	6.74	13.34	26.00	8.31	4.40	1.90	6.38	3.29	1.04	4.69	7.70	5.22	0.42	4.93	1.31
35	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	10.16	11.53	9.25	3.83	5.09	5.88	3.09	4.20	9.69	12.74	3.11	10.22	2.56	6.11	7.69	13.23	23.33	10.01	7.31	2.71	7.64	1.92	0.60	7.29	7.99	5.82	2.81	5.51	2.55
36	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	10.22	11.24	8.62	5.13	10.70	7.37	1.92	2.81	7.36	10.29	2.39	10.54	2.55	5.61	10.38	18.29	25.05	10.52	5.99	2.21	7.28	1.30	1.08	9.03	6.86	3.84	2.84	5.90	1.66
37	E4_Aa	NovelBoundary	0	13.33	0.00	4.88	10.78	20.04	7.94	15.62	0.00	30.85	17.38	3.23	11.90	5.16	11.14	0.00	21.04	27.66	18.49	40.46	0.00	11.75	0.00	0.00	9.03	5.08	1.97	8.75	6.65	1.62
38	ER4a	ExonRegion	0	98.43	9.69	8.15	10.40	23.88	16.68	157.01	57.25	69.24	25.04	10.80	26.40	31.49	5.68	17.90	33.49	6.15	7.89	13.80	16.34	16.64	85.74	15.83	21.28	31.17	53.88	23.88	41.42	12.68
39	E4_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	19.31	0.00	5.61	2.24	2.77	3.44	1.61	7.23	0.00	0.91	0.00	3.37	3.80	0.00	0.00	0.00	5.29	0.00	0.00	2.51	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
40	E4_Db	KnownBoundary	0	2.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.29	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.41	3.59	8.97	0.00	2.23	4.62	0.00	0.00	4.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	7.01	0.00	0.00
41	ER4b	ExonRegion	0	2.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.24	1.30	0.00	0.00	2.53	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
42	ER4c	ExonRegion	0	0.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.15	0.00	0.04	0.11	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
43	E4_Dc	NovelBoundary	0	0.00	3.78	4.29	0.00	0.00	0.00	2.92	0.00	9.62	7.71	3.10	16.63	8.53	1.17	17.14	3.37	31.94	9.25	0.00	3.23	2.05	0.00	0.00	2.51	0.00	0.00	0.00	2.29	3.90
44	I4	Intron	0	2.92	6.52	1.90	0.23	3.17	3.44	3.80	1.73	5.79	7.17	2.01	4.77	2.23	1.32	4.89	2.52	6.30	1.90	4.56	0.93	3.80	1.76	0.88	3.84	1.95	2.86	2.02	2.12	1.00
45	I4_SR1	SilentIntronRegion	0	1.61	6.79	1.01	0.00	1.90	2.33	2.77	0.87	5.43	4.38	1.39	2.87	1.73	1.07	3.20	1.38	5.12	1.62	2.86	0.74	2.56	1.08	0.29	3.15	1.81	2.02	1.35	1.84	0.82
46	I4_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.03	6.08	3.33	0.61	5.22	5.22	5.45	3.11	6.38	11.67	3.01	7.82	3.02	1.72	7.62	4.35	8.20	2.34	7.30	1.25	5.79	2.84	1.83	4.96	2.17	4.21	3.10	2.57	1.29
47	Ix	Intron	0	4.01	2.59	0.00	0.00	2.29	2.57	0.94	0.00	0.78	0.68	0.56	1.16	0.00	0.00	0.00	2.00	0.70	1.80	1.49	0.00	0.00	0.00	0.00	1.01	0.00	0.00	0.00	1.53	0.00
48	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.09	2.64	0.00	0.00	2.33	2.62	0.96	0.00	0.80	0.69	0.57	1.18	0.00	0.00	0.00	2.03	0.71	1.84	1.52	0.00	0.00	0.00	0.00	1.03	0.00	0.00	0.00	1.55	0.00
49	Ix	Intron	0	8.10	4.88	2.98	1.54	3.14	6.24	3.73	2.55	6.00	8.85	2.38	5.61	2.17	3.63	6.65	6.29	8.40	5.44	6.65	2.18	4.03	1.43	0.72	3.69	3.59	2.72	1.27	2.99	1.66
50	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	8.11	4.89	2.98	1.54	3.15	6.25	3.73	2.56	6.01	8.85	2.38	5.61	2.17	3.63	6.66	6.29	8.41	5.44	6.65	2.18	4.03	1.43	0.72	3.70	3.59	2.73	1.27	2.99	1.66
51	Ix	Intron	0	7.68	3.87	2.12	2.48	1.88	8.42	2.76	1.24	4.18	9.34	2.11	3.95	1.65	3.17	4.00	7.55	7.62	6.90	10.09	2.20	6.40	1.08	1.15	3.69	2.61	2.90	1.38	3.26	0.63
52	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	7.68	3.87	2.13	2.49	1.88	8.42	2.76	1.24	4.18	9.34	2.11	3.95	1.65	3.17	4.00	7.56	7.62	6.91	10.09	2.20	6.40	1.08	1.15	3.69	2.62	2.91	1.38	3.27	0.63
53	Ix	Intron	0	3.47	2.19	1.99	1.83	2.10	5.74	1.20	0.63	2.34	6.64	2.84	2.84	1.16	2.43	2.66	3.32	3.30	0.98	5.44	0.71	4.86	0.00	0.31	0.92	0.37	1.61	0.16	2.91	0.23
54	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.76	1.86	2.24	2.07	2.82	6.57	1.75	0.39	2.59	7.11	2.95	1.99	1.12	2.31	4.51	4.36	2.65	0.56	3.36	0.00	5.13	0.00	0.52	1.55	0.52	1.59	0.00	3.95	0.00
55	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.49	2.67	1.63	1.49	1.05	4.55	0.42	0.97	1.97	5.96	2.67	4.05	1.21	2.60	0.00	1.83	4.25	1.60	8.43	1.73	4.46	0.00	0.00	0.00	0.14	1.63	0.38	1.42	0.56
56	Ix	Intron	0	3.80	2.64	0.78	0.37	1.02	2.80	0.84	0.19	2.28	6.63	1.74	1.96	0.84	1.13	5.04	3.33	2.34	3.83	6.50	1.72	4.46	0.75	0.75	1.12	0.97	1.56	0.38	1.79	0.07
57	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.76	5.30	0.00	2.95	4.02	1.20	0.00	0.00	2.30	6.80	5.38	3.04	0.00	1.12	0.00	0.73	0.61	1.58	9.31	1.13	1.81	0.74	0.00	0.88	1.18	0.00	0.00	0.67	0.00
58	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.11	2.26	0.90	0.00	0.58	3.03	0.97	0.22	2.28	6.62	1.21	1.81	0.97	1.14	5.78	3.71	2.59	4.17	6.10	1.81	4.86	0.76	0.87	1.16	0.94	1.79	0.44	1.95	0.08
59	Ix	Intron	0	1.90	2.08	0.40	0.00	0.39	0.66	0.65	0.15	2.80	1.40	0.67	0.79	0.16	0.33	0.81	0.40	1.68	0.47	1.03	0.44	0.57	0.73	0.29	0.35	0.92	0.89	0.15	0.53	0.00
60	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.91	2.08	0.41	0.00	0.39	0.67	0.65	0.15	2.81	1.40	0.67	0.80	0.16	0.33	0.82	0.40	1.69	0.47	1.03	0.45	0.58	0.73	0.29	0.35	0.92	0.89	0.15	0.53	0.00
61	Ix	Intron	0	1.38	0.30	0.15	0.00	0.45	0.76	0.00	0.34	1.80	1.06	0.44	0.68	0.00	0.58	0.50	1.14	0.82	0.53	0.00	0.25	2.62	0.00	0.00	0.99	0.66	0.43	0.00	0.60	0.00
62	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.39	0.30	0.16	0.00	0.45	0.76	0.00	0.34	1.81	1.07	0.44	0.69	0.00	0.59	0.51	1.15	0.83	0.54	0.00	0.26	2.63	0.00	0.00	1.00	0.66	0.44	0.00	0.60	0.00
63	E5_Aa	NovelBoundary	0	2.60	0.00	1.54	0.00	0.00	1.61	0.00	0.00	5.94	2.04	0.00	2.86	0.00	0.00	0.00	2.75	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.98	1.74	0.00	0.00	2.20	0.00
64	ER5a	ExonRegion	0	0.54	0.00	1.16	0.00	1.29	1.27	1.42	0.01	0.27	1.66	2.53	0.71	0.60	0.84	2.39	2.20	1.73	0.00	1.48	4.05	2.31	1.70	0.85	1.52	1.66	0.37	0.01	3.79	1.56