Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	SS18L2	Gene	0	513.06	270.98	217.81	528.64	515.58	369.14	2034.89	396.01	318.69	373.39	337.86	320.77	304.25	214.39	887.01	372.40	237.05	124.23	595.24	396.66	350.87	262.75	133.34	282.16	355.75	171.03	453.13	135.34	130.69
2	447630	Transcript	0	1.51	1.17	0.49	0.00	3.52	0.42	8.50	0.25	1.13	0.85	1.71	2.48	0.16	0.71	4.57	0.59	0.56	0.00	3.24	1.23	1.80	0.26	0.10	1.26	0.37	0.42	0.28	0.00	0.77
3	11691	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	5.48	2.49	0.34	2.02	1.38	0.00	0.36	0.00	0.93	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	3.41	3.39	0.70	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.37	0.00	0.00
4	474941	Transcript	0	6.71	1.49	5.77	18.34	8.82	3.57	17.87	8.15	3.96	2.90	1.61	5.63	2.24	4.25	14.05	5.52	3.60	4.96	7.31	2.70	2.69	1.95	2.63	3.79	3.57	3.65	3.02	3.10	3.55
5	ER1a	ExonRegion	0	0.92	1.38	0.00	0.00	0.00	0.05	0.93	0.02	0.00	0.63	0.00	1.08	0.00	0.13	1.98	0.00	0.00	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.87	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
7	E1a_E2b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.58	0.00	1.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	5.93	2.55	5.65	14.17	17.38	0.54	7.17	1.46	2.88	4.57	0.94	5.12	3.84	0.72	3.65	8.55	0.59	4.06	21.47	2.96	0.56	1.43	2.86	0.00	0.57	3.73	1.45	9.02	4.25
9	Ix	Intron	0	9.22	3.02	3.11	4.60	4.08	4.77	3.63	2.84	2.31	3.43	1.53	5.08	1.29	2.68	0.95	6.51	4.60	8.17	11.90	2.61	3.02	1.16	1.05	1.24	2.39	1.01	0.59	5.76	0.94
10	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	9.25	3.03	3.12	4.62	4.09	4.78	3.63	2.85	2.31	3.44	1.53	5.09	1.29	2.68	0.95	6.53	4.61	8.19	11.92	2.61	3.03	1.16	1.05	1.25	2.39	1.01	0.59	5.77	0.95
11	Ix	Intron	0	11.92	5.54	3.54	8.41	5.17	5.41	7.70	5.29	4.52	5.46	0.50	8.89	2.08	4.64	3.90	9.42	7.46	6.90	14.99	4.37	2.64	1.09	0.82	2.77	2.60	2.26	0.35	6.60	0.53
12	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	7.21	4.48	0.73	0.00	0.00	5.87	1.50	0.00	9.66	3.26	0.00	3.31	3.80	2.26	3.16	8.37	6.43	7.39	18.93	0.00	0.44	0.03	0.66	2.74	2.75	0.29	0.00	5.60	0.00
13	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	12.58	6.18	3.42	7.53	5.70	5.65	9.68	6.45	4.26	6.32	0.56	8.43	3.20	5.25	3.43	11.98	7.70	5.58	16.22	2.95	2.94	1.04	1.60	3.16	3.14	2.71	0.43	4.22	0.16
14	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	13.13	6.88	4.71	10.78	4.35	5.44	6.14	4.29	4.05	5.27	0.77	11.77	0.96	5.04	4.56	7.78	7.54	8.29	14.59	5.58	3.52	0.08	0.19	2.84	2.49	2.19	0.39	8.83	0.68
15	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	10.89	3.40	2.82	7.62	6.75	5.10	8.76	6.18	4.88	5.19	0.17	7.07	1.86	3.76	3.90	8.89	7.68	6.71	14.32	5.50	1.64	2.68	0.77	2.38	2.21	1.99	0.21	6.85	0.84
16	E2_Aa	NovelBoundary	0	15.10	4.46	1.07	9.27	0.00	0.00	7.78	0.00	1.46	0.00	0.00	2.98	0.00	3.19	17.14	11.40	3.74	4.62	0.00	0.00	0.00	2.33	0.00	3.05	1.78	0.00	2.29	6.25	0.00
17	E2_Ab	NovelBoundary	0	13.57	0.00	6.88	0.00	6.19	0.00	5.49	2.24	1.40	3.91	0.00	2.77	1.27	1.31	8.37	0.00	2.43	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	2.57	0.00	3.73	0.00	4.49	0.00
18	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	2.68	1.37	0.09	9.14	0.83	3.67	1.68	3.61	1.26	3.01	0.00	0.41	3.14	4.23	0.47	5.27	0.67	5.46	1.89	0.00	0.00	0.83	0.08	0.00	0.00	3.99	0.84	4.55	1.12
19	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	5.48	2.49	0.34	2.02	1.38	0.00	0.36	0.00	0.93	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	3.41	3.39	0.70	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.37	0.00	0.00
20	ER2b	ExonRegion	0	542.67	160.08	408.51	1335.56	1040.57	200.61	1636.16	497.92	217.40	289.11	230.48	394.95	329.54	158.60	802.03	455.32	300.82	154.29	409.92	261.34	268.12	390.13	180.93	129.23	274.30	270.87	397.17	176.35	179.77
21	E2a_E3b	KnownJunction	1	424.46	218.04	629.85	1116.85	1027.77	156.89	1497.31	484.82	216.76	277.70	281.14	448.55	327.68	181.60	839.93	263.23	257.98	92.60	639.08	150.18	208.85	252.18	106.97	168.38	282.32	173.80	526.20	183.23	174.64
22	E2a_E4a	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
23	Ix	Intron	0	3.18	1.59	2.88	15.90	15.64	2.37	15.40	8.16	4.28	3.22	1.17	5.32	3.51	3.12	7.90	1.66	0.00	1.42	4.72	0.00	5.27	1.78	2.67	1.59	1.76	5.81	4.06	3.21	0.66
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.19	1.59	2.90	15.97	15.72	2.38	15.47	8.20	4.30	3.23	1.18	5.34	3.53	3.14	7.94	1.67	0.00	1.43	4.75	0.00	5.30	1.79	2.69	1.60	1.77	5.84	4.08	3.23	0.66
25	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	2.29	0.00	13.56	3.45	9.84	9.51	5.91	0.00	0.00	3.28	0.00	2.97	0.00	10.86	1.04	0.00	0.00	0.00	3.61	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
26	ER3a	ExonRegion	0	6.71	1.49	5.77	18.34	8.82	3.57	17.87	8.15	3.96	2.90	1.61	5.63	2.24	4.25	14.05	5.52	3.60	4.96	7.31	2.70	2.69	1.95	2.63	3.79	3.57	3.65	3.02	3.10	3.55
27	E3_Ab	KnownBoundary	0	2.54	0.00	5.86	21.57	22.11	5.03	18.77	2.44	0.00	0.00	0.00	4.28	3.25	4.05	8.37	6.58	5.18	0.00	8.09	0.00	2.05	2.48	0.00	2.27	7.58	3.95	0.00	2.07	1.52
28	ER3b	ExonRegion	0	657.91	176.17	344.24	523.82	691.32	208.99	1263.00	602.81	216.53	237.16	164.92	333.01	235.79	207.31	514.67	211.95	208.52	95.56	382.73	371.01	189.11	472.03	71.35	251.91	215.49	138.74	377.13	107.50	94.83
29	E3_Da	NovelBoundary	0	6.02	0.00	1.37	0.00	0.00	0.00	0.00	2.09	0.00	0.00	0.00	2.77	2.99	5.32	8.37	0.00	7.54	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.51	1.93	2.10	0.00	0.00	1.42
30	E3a_E4a	KnownJunction	0	1416.83	343.30	179.26	193.48	254.81	382.06	1525.69	1189.60	455.81	243.03	170.51	352.67	313.57	384.55	854.08	371.25	270.25	121.62	331.57	1064.92	344.87	1089.61	90.08	503.95	425.22	245.94	198.29	100.78	145.36
31	Ix	Intron	0	3.71	4.68	1.26	0.77	4.49	3.34	3.16	1.79	3.91	3.20	0.77	1.53	0.28	3.52	3.38	2.43	2.74	2.93	7.77	1.17	2.70	0.39	0.20	1.74	1.78	0.34	1.39	1.23	0.18
32	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.73	4.70	1.27	0.78	4.50	3.36	3.17	1.80	3.93	3.21	0.77	1.54	0.28	3.53	3.40	2.44	2.75	2.94	7.80	1.18	2.71	0.39	0.20	1.75	1.78	0.34	1.39	1.24	0.18
33	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.05	10.78	0.00	6.37	2.63	0.00	6.61	1.48	4.56	1.23	0.00	3.46	0.00	11.47	0.86	5.39	16.18	0.00	1.52	0.00	2.46	0.00	1.82	0.00	0.00	0.00	0.00
34	ER4a	ExonRegion	0	1121.29	656.13	545.84	880.00	928.40	853.25	4811.07	880.58	704.41	885.90	791.71	786.83	756.82	493.93	2054.86	904.89	559.14	287.89	1395.19	890.51	797.77	532.82	314.56	612.38	821.60	424.16	1076.14	340.92	337.09
35	E4_Da	KnownBoundary	0	883.60	861.50	592.75	2101.92	1995.11	1020.77	4104.13	485.91	803.12	833.22	821.58	644.11	826.33	522.98	2649.56	861.83	506.14	220.51	1010.43	1022.16	861.81	299.92	177.74	588.29	697.88	140.84	682.69	174.74	308.05
36	ER4b	ExonRegion	0	775.41	462.79	180.47	660.65	679.05	674.25	3364.54	528.46	574.81	620.13	593.56	414.46	428.02	352.14	1457.75	529.69	327.21	177.72	1019.32	689.01	615.51	345.51	188.65	532.25	609.45	198.23	711.35	171.46	156.42
37	E4_Db	KnownBoundary	0	5.43	8.43	0.00	0.00	14.74	7.56	22.20	1.89	6.70	0.00	0.00	3.16	3.28	1.11	16.74	14.23	2.09	0.00	16.18	3.56	3.53	1.85	4.33	0.00	3.49	6.44	0.00	0.00	6.14
38	ER4c	ExonRegion	0	3.60	2.12	1.47	0.00	10.56	1.22	24.55	0.75	3.40	1.92	5.13	2.76	0.49	0.95	11.73	1.77	1.67	0.00	9.60	3.68	5.40	0.79	0.30	3.78	1.10	1.26	0.85	0.00	2.31