Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC018500.2	Gene	0	3.14	2.20	2.76	0.00	2.68	1.76	0.74	1.69	3.70	3.83	0.76	2.37	0.77	1.66	8.34	1.30	2.46	1.59	1.76	2.38	2.48	0.99	0.33	1.77	1.44	1.15	1.17	2.24	1.22
2	431680	Transcript	0	1.92	1.34	1.68	0.00	1.64	1.08	0.45	1.03	2.26	2.34	0.47	1.45	0.47	1.01	5.09	0.79	1.50	0.99	1.07	1.45	1.52	0.60	0.20	1.11	0.88	0.70	0.72	1.37	0.75
3	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.39	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
4	E1_Da	NovelBoundary	0	841.37	854.52	1081.86	1041.79	786.67	971.54	786.93	962.72	1522.41	1265.92	791.85	815.41	838.62	826.64	989.42	771.57	2276.86	107.50	56.20	528.45	1141.70	500.52	731.46	806.13	1007.03	1195.33	826.02	1153.17	803.25
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	Ix	Intron	0	1.72	3.10	1.34	1.37	4.01	2.65	1.65	1.65	4.71	5.32	1.48	4.08	0.70	1.45	1.69	2.17	3.39	1.90	4.15	1.02	3.73	0.55	0.69	2.71	1.09	0.84	0.66	2.58	0.87
7	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	2.23	4.72	1.28	1.50	4.27	4.28	3.80	0.74	5.87	6.84	2.74	4.58	1.26	2.03	1.09	2.69	4.26	3.11	4.68	1.89	4.49	0.50	1.11	3.73	1.10	0.77	0.13	2.33	1.49
8	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	2.18	0.00	0.00	0.00	2.26	1.84	1.90	0.49	2.63	4.33	2.29	2.19	1.35	2.88	0.00	0.48	3.02	1.65	0.00	0.48	5.33	0.00	0.41	6.45	0.00	0.00	1.76	0.77	0.00
9	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	2.39	4.12	0.62	0.00	1.82	3.58	1.50	2.74	1.67	2.15	0.89	1.37	0.00	1.01	1.72	0.92	1.67	3.71	0.00	0.00	3.72	0.00	0.00	4.80	1.06	0.59	0.00	4.25	1.00
10	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	1.06	3.38	3.65	4.75	5.74	2.40	1.34	3.65	3.46	7.57	0.59	8.53	0.22	1.28	1.67	3.29	5.30	1.91	4.76	2.28	2.01	0.64	0.07	1.78	1.42	1.51	0.25	4.35	0.66
11	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	3.06	3.04	1.38	1.02	4.79	2.24	0.58	1.32	3.97	4.81	0.51	2.39	0.00	1.10	1.96	0.86	2.43	1.65	5.48	0.00	2.93	0.46	0.45	2.15	0.82	1.16	0.04	3.46	0.38
12	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.69	3.26	0.47	1.01	3.99	1.55	0.34	0.57	6.25	4.50	0.40	4.22	0.00	1.20	4.03	1.75	3.26	1.56	5.01	0.79	3.03	0.41	0.53	3.04	1.41	0.44	0.08	1.91	0.34
13	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.22	1.39	1.12	0.53	3.34	1.83	0.87	2.43	4.61	4.38	1.73	3.26	1.20	1.28	1.16	2.53	2.72	0.68	3.53	0.49	4.54	0.85	0.93	1.59	1.06	0.82	2.13	1.90	0.91
14	Ix	Intron	0	3.50	0.85	2.12	0.00	1.29	1.23	1.91	0.87	3.16	5.10	1.44	5.16	0.21	1.82	1.26	0.92	3.70	0.75	2.36	1.74	2.78	0.38	0.57	1.70	1.06	1.49	1.45	3.09	0.81
15	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.56	0.49	2.42	0.00	1.50	1.31	2.01	1.00	3.08	5.41	1.06	4.90	0.20	2.05	1.84	0.95	3.72	0.42	2.45	1.69	2.63	0.33	0.83	1.52	1.31	1.94	0.98	3.72	1.17
16	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.19	2.02	1.78	0.00	1.02	1.32	2.11	0.74	4.13	5.44	2.84	7.11	0.27	1.61	0.00	1.04	4.53	1.81	2.67	2.29	3.88	0.60	0.00	2.60	0.60	0.62	3.06	2.14	0.00
17	Ix	Intron	0	0.20	0.92	0.48	0.68	2.79	1.05	1.53	0.70	2.30	1.79	1.13	1.11	0.12	0.73	0.52	0.24	0.71	0.73	2.74	2.62	2.99	0.17	0.17	0.20	0.54	0.15	0.00	1.09	0.45
18	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.53	1.00	0.70	1.63	4.84	0.87	2.28	0.79	1.69	1.43	1.99	1.20	0.11	0.22	1.25	0.00	1.11	1.03	3.95	2.91	3.83	0.00	0.45	0.00	0.35	0.00	0.00	0.88	0.63
19	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	3.28	1.12	1.00	0.00	0.87	1.92	3.68	0.31	0.00	0.00	2.47	1.30	0.91	0.76	0.00	0.00	5.46	0.00	2.81	5.71	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.63	0.24
20	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.53	0.01	0.00	2.00	1.15	0.00	1.48	4.03	3.95	0.00	0.97	0.15	0.79	0.00	1.05	0.71	0.63	1.87	1.62	2.85	1.04	0.00	0.25	0.12	0.00	0.00	1.84	0.00
21	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.84	0.44	0.00	1.65	1.28	1.57	0.00	2.45	1.63	0.93	1.06	0.00	1.31	0.00	0.18	0.46	0.00	2.49	3.07	2.07	0.01	0.00	0.45	1.06	0.41	0.00	0.96	0.52
22	Ix	Intron	0	1.14	1.46	0.20	0.12	0.59	0.94	0.52	0.92	1.64	2.11	0.45	1.77	0.21	0.29	1.14	0.44	1.10	0.37	1.87	0.34	2.60	0.31	0.19	0.66	0.22	0.30	0.38	1.04	0.28
23	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.80	2.40	0.00	2.67	0.00	1.02	1.50	0.00	0.84	2.15	2.66	1.15	0.00	0.00	0.00	1.59	0.00	0.00	2.38	1.03	4.25	0.00	0.00	0.00	0.53	0.00	0.68	0.61	0.00
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.16	1.42	0.21	0.00	0.62	0.94	0.47	0.96	1.68	2.11	0.34	1.80	0.22	0.30	1.19	0.39	1.16	0.39	1.84	0.31	2.52	0.32	0.20	0.70	0.21	0.31	0.36	1.06	0.29
25	Ix	Intron	0	2.98	1.18	0.12	0.52	0.54	1.31	0.66	0.94	3.18	3.06	0.48	1.87	0.14	0.50	1.72	1.09	1.37	1.28	1.05	0.38	3.29	0.33	0.66	0.55	0.26	0.69	0.40	0.78	0.78
26	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	1.81	1.77	0.00	0.38	0.00	0.52	0.57	0.53	2.29	3.61	0.56	2.56	0.18	0.17	1.43	0.48	1.40	0.21	2.40	0.70	2.83	0.17	0.34	0.40	0.13	1.33	0.17	0.92	0.25
27	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.00	6.57	0.00	7.31	0.00	0.00	0.00	1.84	5.99	1.76	0.00	3.71	0.00	0.00	10.58	2.53	0.00	2.73	0.00	0.00	9.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
28	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	4.24	1.14	0.16	0.84	0.46	2.07	0.95	1.87	3.76	3.01	0.34	1.15	0.00	0.77	2.28	1.82	1.41	2.31	0.00	0.26	4.38	0.68	1.19	1.01	0.40	0.30	0.69	0.77	0.38
29	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.94	0.00	0.29	0.00	1.68	1.42	0.35	0.00	3.66	2.23	0.61	1.91	0.33	0.62	0.94	0.85	1.28	1.32	0.55	0.00	1.96	0.00	0.31	0.00	0.25	0.27	0.31	0.56	2.52
30	Ix	Intron	0	1.47	1.47	0.84	0.98	0.45	0.63	0.92	0.76	2.17	4.15	0.33	2.14	0.47	1.16	0.71	0.34	1.50	1.79	4.52	0.25	2.47	0.16	0.17	0.39	0.26	0.36	0.17	0.74	0.49
31	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.52	0.00	2.15	0.00	0.00	0.27	0.00	0.33	3.53	6.82	0.00	0.67	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.73	0.00	0.00	2.12	0.00	0.00	1.17	0.20	1.31	0.00	1.15	0.00
32	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.47	1.57	0.75	1.05	0.48	0.65	0.98	0.79	2.08	3.97	0.35	2.24	0.51	1.24	0.76	0.36	1.60	1.73	4.84	0.27	2.50	0.18	0.18	0.34	0.27	0.29	0.18	0.72	0.52
33	Ix	Intron	0	1.56	0.56	0.35	0.37	2.28	0.89	0.63	0.10	1.92	2.81	0.62	3.31	0.60	0.60	0.96	0.90	0.93	0.88	1.66	0.43	4.71	0.28	0.19	0.56	0.26	0.04	0.67	1.27	0.24
34	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.56	0.56	0.35	0.37	2.29	0.89	0.63	0.10	1.92	2.81	0.62	3.32	0.60	0.60	0.96	0.90	0.93	0.88	1.66	0.43	4.71	0.28	0.19	0.56	0.26	0.04	0.67	1.27	0.24
35	Ix	Intron	0	1.98	1.20	0.56	0.00	0.96	0.62	0.67	0.80	1.62	4.29	0.68	2.49	0.49	0.64	0.90	0.41	1.00	0.81	1.32	0.67	3.56	0.14	0.50	0.97	0.53	0.43	1.59	1.92	0.20
36	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.29	3.32	0.46	0.00	0.50	0.28	1.45	0.85	1.02	5.09	0.98	1.50	0.40	0.95	0.00	0.77	1.40	0.83	1.65	0.47	5.36	0.55	0.06	0.83	0.44	0.32	1.13	2.08	0.14
37	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	4.33	0.00	0.72	0.00	0.00	0.80	0.70	0.79	1.52	5.41	1.02	2.45	0.22	1.47	1.52	0.00	0.99	1.37	1.12	1.21	4.04	0.31	1.13	1.19	0.24	0.27	4.54	2.68	0.00
38	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.63	1.08	0.79	0.00	0.00	1.28	0.67	0.00	2.38	3.57	1.79	3.40	1.30	0.18	2.66	1.01	0.25	1.29	1.57	2.19	5.70	0.00	0.30	0.72	0.24	0.00	4.13	2.18	0.00
39	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.61	0.77	0.51	0.00	1.50	0.56	0.41	0.94	1.69	3.95	0.28	2.64	0.40	0.46	0.72	0.25	1.02	0.59	1.20	0.32	2.44	0.00	0.56	1.03	0.68	0.59	0.63	1.67	0.30
40	E2_Aa	NovelBoundary	0	5.84	0.00	0.00	0.00	0.00	1.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.49	5.25	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	7.86	2.48	0.00	3.05	0.00	0.00	14.31	0.00	0.00
41	ER2a	ExonRegion	0	5.75	4.03	5.05	0.00	4.92	3.23	1.35	3.09	6.78	7.02	1.37	4.35	1.41	3.03	15.27	2.38	4.51	2.59	3.22	4.36	4.55	1.81	0.61	2.89	2.64	2.11	2.15	4.10	2.24