Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	CTA-292E10.1	Gene	0	9.01	5.45	2.08	15.25	3.05	3.99	25.62	6.78	12.85	3.30	2.90	2.46	7.23	4.30	3.69	2.83	4.57	7.56	7.79	1.25	3.77	3.18	2.53	4.69	1.78	2.77	1.24	1.27	4.10
2	458080	Transcript	0	9.81	6.53	1.71	23.57	2.93	5.55	41.38	8.98	17.20	3.32	4.88	3.43	12.48	4.82	5.64	3.26	3.92	6.81	5.58	1.15	5.03	3.97	5.18	5.00	2.54	5.89	2.61	3.74	6.03
3	418292	Transcript	0	0.63	1.42	0.00	0.00	0.00	0.40	0.89	0.27	4.83	0.62	0.35	0.00	0.38	1.14	0.68	1.82	1.73	0.56	1.87	0.00	0.84	0.79	0.27	1.84	0.21	0.46	0.00	0.24	0.20
4	451486	Transcript	0	1.06	5.13	0.83	1.77	0.00	1.02	2.50	1.37	2.63	1.07	1.18	0.61	0.32	0.22	1.39	0.61	1.85	1.99	0.79	0.00	1.41	0.45	0.00	1.60	1.06	0.39	0.00	0.00	0.70
5	422972	Transcript	0	0.66	3.18	0.78	2.19	0.77	0.42	2.51	1.71	1.30	1.12	0.00	1.05	0.50	0.98	0.00	0.00	1.14	2.43	0.99	0.00	0.66	0.00	0.00	1.00	0.22	0.73	0.00	0.00	0.50
6	ER1a	ExonRegion	0	3.70	7.32	1.38	16.95	0.68	1.94	14.57	0.50	6.74	0.92	7.57	4.84	5.37	1.40	4.84	1.38	1.64	12.28	7.20	0.00	1.43	0.49	2.71	1.17	0.65	8.14	0.00	0.00	1.65
7	ER1b	ExonRegion	0	26.70	23.39	5.07	58.72	9.96	14.54	116.55	27.11	41.09	8.62	18.75	14.32	38.30	9.92	13.58	12.65	10.72	55.00	45.81	1.62	10.11	8.58	16.55	4.82	6.89	22.00	2.72	8.30	14.44
8	E1_Da	NovelBoundary	0	55.03	8.43	42.53	148.83	6.63	34.68	115.92	27.12	46.41	20.97	3.20	11.57	10.67	12.61	44.25	17.44	30.46	9.25	16.18	7.61	52.26	16.43	11.33	21.65	3.60	14.03	10.64	4.13	8.09
9	E1a_E4a	KnownJunction	0	40.29	26.37	7.18	68.16	13.71	18.45	174.10	51.01	61.85	11.66	14.62	12.68	47.61	15.82	8.37	17.44	14.99	13.87	8.09	4.13	20.50	15.61	25.46	5.14	8.83	19.35	4.77	16.80	25.26
10	E1a_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.49	0.00	0.00	0.00	0.00	1.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
11	E1a_E6a	NovelJunction	0	0.00	0.00	1.22	0.00	0.00	0.00	5.55	6.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	6.21
12	E1a_E7a	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	7.38	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.84	0.00	0.00
13	I1	Intron	0	6.61	2.22	1.45	2.83	3.86	5.65	12.91	4.51	7.76	5.59	0.85	2.19	2.20	2.93	3.99	1.77	6.14	6.50	3.28	0.87	5.08	1.28	1.43	7.31	1.25	2.49	1.01	1.16	2.70
14	I1_AR1	ActiveIntronRegion	0	8.68	1.96	1.73	3.70	4.64	7.56	18.81	5.94	10.21	7.21	0.99	2.43	3.43	3.30	5.81	2.56	7.03	7.27	3.30	1.42	6.82	1.40	2.15	8.14	1.82	3.86	1.66	1.76	3.04
15	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	3.38	2.65	1.03	1.47	2.65	2.66	3.63	2.27	3.92	3.06	0.63	1.84	0.27	2.36	1.13	0.51	4.76	5.33	3.28	0.00	2.33	1.11	0.29	6.05	0.34	0.32	0.00	0.21	2.18
16	E2_Aa	NovelBoundary	0	0.00	3.49	6.95	0.00	0.00	10.93	7.78	0.00	18.91	5.43	7.21	3.22	0.00	4.68	0.00	0.00	25.62	9.25	0.00	0.00	0.00	0.00	4.68	23.99	1.67	4.25	2.39	0.00	3.33
17	ER2a	ExonRegion	0	2.12	10.27	1.66	3.55	0.00	2.04	4.99	2.73	5.27	2.13	2.36	1.22	0.64	0.45	2.77	1.23	3.71	3.97	1.58	0.00	2.83	0.89	0.00	3.20	2.12	0.78	0.00	0.00	1.39
18	E2_Da	NovelBoundary	0	2.48	4.85	1.52	0.00	0.00	0.00	4.52	2.24	10.84	6.67	0.00	4.55	0.00	4.63	0.00	6.12	21.83	14.64	16.18	0.00	2.05	2.43	0.00	14.06	1.63	2.02	0.00	0.00	6.34
19	E2a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
20	I2	Intron	0	2.82	2.65	1.09	3.40	1.10	3.14	4.72	1.69	8.14	3.84	1.96	1.73	1.11	1.68	2.01	0.94	5.55	3.20	3.38	0.18	2.44	0.48	1.14	3.85	1.16	1.10	0.99	0.67	1.35
21	I2_SR1	SilentIntronRegion	0	2.36	2.73	1.14	1.51	1.03	3.07	3.79	1.71	8.82	3.80	2.01	2.05	0.97	1.73	1.89	1.12	6.31	3.03	2.85	0.15	2.41	0.40	1.10	4.09	1.26	1.13	1.10	0.48	1.43
22	I2_AR1	ActiveIntronRegion	0	6.54	3.54	0.97	12.99	2.21	5.05	11.64	2.16	6.87	4.35	2.29	1.09	2.13	1.66	3.23	0.28	3.75	4.28	7.59	0.31	3.19	0.82	1.94	4.47	1.27	0.98	0.83	1.66	0.79
23	I2_AR2	ActiveIntronRegion	0	2.20	2.50	2.17	4.45	0.76	2.92	3.12	1.58	9.49	3.42	2.14	0.60	1.21	1.88	1.43	1.15	6.12	3.66	2.48	0.43	1.55	1.27	0.84	3.26	1.11	0.40	1.14	0.25	2.58
24	I2_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.67	0.00	1.12	0.00	0.00	2.75	0.00	1.74	2.87	2.33	3.57	2.27	0.00	5.44	0.00	2.53	2.17	4.85	4.27	0.00	0.24	1.80	0.00	0.72	0.00	1.14	0.00	0.00	3.43
25	I2_AR4	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	1.12	0.00	0.00	3.16	0.00	0.00	1.24	2.89	3.57	0.00	0.00	3.54	0.00	2.53	3.01	0.82	4.53	0.00	2.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.61
26	I2_SR3	SilentIntronRegion	0	0.61	0.91	0.04	2.03	0.00	0.55	2.28	0.78	4.98	4.82	1.07	1.05	0.74	1.28	1.96	0.46	2.21	2.50	1.46	0.00	2.15	0.00	0.51	1.83	0.20	1.56	0.00	0.69	1.15
27	E3_Aa	NovelBoundary	0	2.18	4.17	4.36	0.00	0.00	9.02	13.10	2.54	8.53	10.83	0.00	1.87	0.00	2.10	0.00	0.00	5.96	4.62	15.96	0.00	7.58	0.00	2.27	0.00	1.74	4.29	0.00	2.20	1.65
28	ER3a	ExonRegion	0	1.33	1.51	1.55	4.39	1.54	0.85	5.02	3.41	2.59	2.23	0.00	2.11	1.00	1.96	0.00	0.00	2.29	4.86	1.97	0.00	1.32	0.00	0.00	1.99	0.44	1.46	0.00	0.00	0.99
29	E3_Da	NovelBoundary	0	3.01	19.00	0.00	8.63	12.67	7.06	5.72	0.00	10.81	8.99	2.88	1.45	0.00	1.95	16.74	10.79	10.08	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.37	1.93	0.00	0.00	0.00
30	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	4.85	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
31	I3	Intron	0	2.40	3.75	0.86	1.30	0.89	1.71	4.21	1.06	5.33	2.45	0.94	1.21	1.08	1.97	0.86	0.30	4.43	1.91	2.22	0.08	2.42	0.33	0.38	1.37	0.61	0.52	0.17	0.30	1.15
32	I3_SR1	SilentIntronRegion	0	2.28	4.12	0.96	1.17	0.53	1.90	4.48	0.79	5.24	2.32	1.11	1.12	1.11	1.66	1.02	0.36	4.12	1.71	2.18	0.10	2.38	0.32	0.39	1.46	0.56	0.42	0.20	0.35	1.36
33	I3_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.10	1.78	0.33	2.05	2.87	0.65	2.74	2.53	5.87	3.14	0.00	1.72	0.88	3.72	0.00	0.00	6.17	3.02	2.51	0.00	2.63	0.35	0.35	0.88	0.84	1.11	0.00	0.00	0.01
34	E4_Aa	NovelBoundary	0	3.01	0.00	0.00	0.00	16.80	0.00	12.13	0.00	4.42	3.40	1.27	4.46	0.00	3.21	0.00	0.00	8.08	4.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.59	0.00	0.00	0.00
35	ER4a	ExonRegion	0	29.16	10.23	6.05	35.54	7.98	10.36	72.83	21.82	33.15	7.43	6.26	5.40	19.52	13.13	7.97	6.58	11.54	13.71	18.43	4.28	10.29	8.75	6.43	10.45	4.60	5.09	1.19	2.86	12.87
36	E4_Da	KnownBoundary	0	0.00	4.17	3.99	81.10	14.74	5.29	62.14	0.00	23.57	5.27	0.00	5.24	7.58	5.89	0.00	7.19	10.51	4.62	0.00	0.00	2.97	0.00	9.36	0.00	0.00	3.69	0.00	10.56	5.55
37	E4a_E5a	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.73	9.96	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.37	0.00	0.00	4.62	0.00	0.00	0.00	0.00	4.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
38	E4a_E6a	KnownJunction	0	5.72	0.00	0.00	29.98	0.00	1.96	26.43	0.00	15.47	2.04	2.53	1.14	9.74	5.63	8.37	0.00	4.55	4.62	8.09	0.00	3.13	0.00	0.00	14.06	3.26	4.29	2.53	4.04	4.09
39	E4a_E7a	NovelJunction	0	10.38	4.65	1.10	0.00	0.00	0.00	16.48	7.12	2.92	0.00	17.62	1.78	14.33	1.29	0.00	3.52	4.66	0.00	8.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.44	2.20	4.95
40	ER4b	ExonRegion	0	0.18	0.00	2.21	28.64	6.64	0.80	10.86	0.05	5.15	0.96	0.00	0.52	0.00	2.34	0.00	2.25	2.28	1.82	0.00	0.00	0.48	0.00	2.36	0.00	0.00	0.57	0.00	2.31	0.00
41	E4_Db	NovelBoundary	0	2.54	0.00	0.00	0.00	0.00	1.88	2.92	0.00	5.91	2.04	0.00	4.31	1.62	3.37	0.00	0.00	6.55	4.62	8.09	3.39	1.97	2.48	2.51	5.50	5.53	1.80	0.00	0.00	0.00
42	I4	Intron	0	1.59	2.49	0.31	3.25	0.91	2.32	3.12	1.26	5.49	2.74	1.01	1.33	0.76	1.93	1.11	0.60	3.73	1.43	2.30	0.28	1.94	0.42	0.61	2.55	0.73	0.75	0.34	0.47	0.82
43	I4_SR1	SilentIntronRegion	0	6.02	0.00	0.78	0.00	0.00	6.43	3.77	6.03	7.34	4.05	1.67	0.58	0.61	1.27	0.00	1.16	6.29	3.61	1.49	1.29	4.00	0.84	0.85	1.01	2.01	0.00	0.00	1.53	1.26
44	I4_SR2	SilentIntronRegion	0	2.58	3.78	0.42	4.82	1.51	3.35	4.69	2.06	5.52	3.60	1.47	1.83	0.67	3.08	1.42	0.78	4.52	2.08	3.13	0.29	2.84	0.51	0.81	3.32	1.20	0.62	0.41	0.55	0.83
45	I4_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.50	2.36	0.59	2.52	0.09	3.64	0.95	0.27	4.25	3.53	1.25	0.65	1.24	2.33	0.00	1.38	1.83	3.03	4.89	0.88	1.51	0.42	0.53	2.35	0.17	1.54	0.73	0.25	0.71
46	I4_SR3	SilentIntronRegion	0	0.70	1.50	0.13	2.17	0.60	0.88	2.13	0.50	5.64	1.72	0.51	1.06	0.75	0.86	1.13	0.25	3.29	0.39	1.05	0.10	1.11	0.32	0.43	1.99	0.36	0.74	0.21	0.40	0.81
47	I4	Intron	0	0.82	0.31	0.16	0.00	0.46	0.65	2.11	0.88	3.04	1.24	0.23	0.47	0.12	1.16	0.96	0.24	3.27	0.73	0.61	0.26	0.81	0.34	0.00	2.05	0.54	1.20	0.00	0.93	0.51
48	I4_SR1	SilentIntronRegion	0	0.82	0.31	0.16	0.00	0.47	0.66	2.12	0.88	3.05	1.24	0.23	0.47	0.12	1.17	0.96	0.24	3.28	0.74	0.61	0.26	0.82	0.34	0.00	2.05	0.55	1.20	0.00	0.93	0.51
49	E5_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	13.56	0.00	0.00	0.00	10.35	0.00	0.00	1.36	0.00	0.97	0.00	0.00	3.65	4.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.99	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
50	ER5a	ExonRegion	0	1.27	2.83	0.00	0.00	0.00	0.81	1.77	0.54	8.17	1.24	0.70	0.00	0.76	1.24	1.35	3.64	3.47	1.13	3.75	0.00	1.67	1.59	0.53	3.68	0.42	0.92	0.00	0.48	0.39
51	E5_Da	NovelBoundary	0	2.36	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.92	2.54	10.54	1.64	0.00	1.87	0.00	0.97	0.00	0.00	2.48	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.39	0.00	2.19	0.00	0.00	0.00
52	E6_Aa	NovelBoundary	0	0.00	4.85	0.00	0.00	0.00	3.34	2.92	0.00	7.52	1.60	0.00	1.87	0.00	0.00	7.57	0.00	1.40	0.00	0.00	0.00	1.76	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.51
53	ER6a	ExonRegion	0	3.96	4.50	0.20	13.32	0.41	8.81	18.56	1.29	16.45	3.52	3.88	1.03	7.85	4.04	12.28	0.00	1.45	7.07	7.19	1.93	2.11	2.52	1.26	7.01	2.47	3.57	5.62	0.63	1.53
54	E6_Da	NovelBoundary	0	3.01	9.50	4.09	0.00	0.00	3.53	10.70	5.08	20.19	7.11	1.30	1.45	6.21	6.60	24.12	0.00	1.15	14.64	0.00	4.13	1.72	0.00	4.38	10.89	0.00	0.00	0.00	4.04	0.00
55	E6a_E7a	KnownJunction	0	0.00	0.00	1.10	0.00	0.00	1.61	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.64	2.48	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.58
56	I6	Intron	0	2.49	0.79	0.20	2.63	1.79	2.69	10.59	1.69	4.79	2.20	0.80	0.68	2.17	2.74	2.64	0.31	1.82	1.20	1.37	0.67	0.87	0.88	1.21	4.73	0.17	1.34	0.45	0.10	0.45
57	I6_SR1	SilentIntronRegion	0	2.49	0.79	0.20	2.63	1.79	2.69	10.60	1.69	4.80	2.21	0.80	0.68	2.18	2.74	2.65	0.31	1.82	1.20	1.37	0.67	0.87	0.88	1.22	4.74	0.17	1.35	0.45	0.10	0.45
58	E7_Aa	NovelBoundary	0	2.95	0.00	9.79	0.00	7.37	5.56	2.69	0.00	14.43	0.00	1.20	1.84	0.00	7.05	0.00	0.00	42.66	0.00	0.00	0.00	3.53	2.43	0.00	8.19	0.00	18.75	0.00	2.20	5.58
59	ER7a	ExonRegion	0	5.17	0.97	0.42	12.98	2.77	0.50	14.64	1.11	2.70	1.75	0.70	0.91	4.33	1.01	0.00	0.75	0.90	3.00	2.89	0.83	1.38	2.72	1.64	2.60	0.03	0.00	2.76	0.98	2.06