Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AP000347.3	Gene	0	0.51	0.00	0.00	0.00	0.00	0.33	0.16	0.00	0.81	0.46	0.00	0.59	0.00	0.83	4.50	1.33	3.46	0.46	0.77	0.76	0.57	0.29	0.29	0.52	0.34	1.13	0.00	0.39	0.00
2	428790	Transcript	0	0.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.07	0.00	0.43	0.27	0.00	0.26	0.00	0.44	2.82	0.75	2.16	0.23	0.47	0.47	0.26	0.13	0.12	0.24	0.15	0.50	0.00	0.17	0.00
3	ER1a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	0.06	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
4	E1_Da	NovelBoundary	0	30.08	17.55	8.77	0.00	17.98	1.76	0.00	7.07	12.49	21.09	1.55	2.44	0.00	25.61	58.60	32.66	20.39	10.02	24.28	15.22	10.11	2.48	0.00	24.40	11.82	13.13	2.53	10.24	2.84
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	Ix	Intron	0	5.86	5.46	0.76	1.63	1.11	2.19	1.38	0.00	6.77	4.93	1.08	2.11	1.18	8.97	19.70	8.16	15.29	2.85	10.18	3.14	2.92	1.23	0.00	5.39	2.60	2.86	3.75	3.34	1.07
7	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.91	5.50	0.77	1.65	1.12	2.21	1.39	0.00	6.83	4.98	1.09	2.13	1.19	9.05	19.88	8.22	15.43	2.88	10.27	3.17	2.95	1.24	0.00	5.44	2.63	2.89	3.79	3.37	1.08
8	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.79	0.00	0.00	1.89	0.00	0.00	0.00	0.00	1.03	2.53	1.42	8.74	0.00	0.00	1.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
9	E2_Da	NovelBoundary	0	9.97	0.00	1.40	0.00	0.00	0.00	2.52	0.00	6.49	1.72	1.20	2.89	1.21	2.04	0.00	6.81	13.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.85	0.00	0.00	1.32
10	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
11	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.82	3.59	1.09	0.67	0.86	0.00	0.00	0.00	2.42	8.73	2.53	0.00	0.00	5.68	0.00	0.85	0.00	0.00	2.55	1.70	0.00	4.34	0.97	0.00
12	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.74	4.34	1.19	0.81	1.04	0.00	0.00	0.00	2.77	7.65	3.07	0.00	0.00	5.23	0.00	0.84	0.00	0.00	3.09	2.05	0.00	5.26	1.12	0.00
13	E3_Aa	NovelBoundary	0	2.95	0.00	2.44	0.00	7.07	0.00	0.00	2.34	2.83	4.03	0.00	2.98	1.62	7.93	27.71	0.00	8.55	0.00	0.00	3.72	3.49	0.00	0.00	5.50	4.70	0.00	0.00	2.02	1.25
14	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.37	0.00	0.71	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.84	15.08	0.00	0.00	0.00	8.70	0.00	0.99	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.25	0.00
15	ER3a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.21	0.00	0.00	0.21	1.27	0.00	0.00	0.00	0.83	13.52	1.66	0.28	0.05	2.81	1.74	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	E3_Da	NovelBoundary	0	2.95	0.00	2.82	0.00	0.00	1.76	0.00	0.00	9.44	1.96	0.00	0.00	0.00	0.00	25.11	0.00	15.44	4.62	8.09	0.00	11.43	0.00	0.00	5.98	0.00	9.36	0.00	0.00	3.43
17	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.77	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
18	Ix	Intron	0	0.80	0.00	0.00	0.00	0.00	0.52	0.76	0.00	0.84	0.00	0.00	0.00	0.49	3.39	3.46	0.93	3.36	1.44	1.20	1.03	0.00	0.00	0.00	0.81	1.07	1.18	0.00	1.22	0.00
19	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.52	0.77	0.00	0.86	0.00	0.00	0.00	0.49	3.45	3.51	0.94	3.41	1.47	1.22	1.05	0.00	0.00	0.00	0.82	1.09	1.20	0.00	1.24	0.00
20	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	3.97	1.54	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.84	0.00	1.27	0.00	2.95	0.00	0.00	3.74	0.00	0.00	0.00	1.97	0.00	0.00	5.26	0.00	0.00	0.00	0.00	1.52
21	ER4a	ExonRegion	0	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.00	0.00	2.29	1.24	2.35	0.97	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
22	E4_Da	NovelBoundary	0	2.83	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.83	3.00	0.00	0.00	1.53	1.26	0.00	0.00	4.46	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.21	0.00	0.00	0.00
23	E4a_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
24	Ix	Intron	0	5.45	2.56	1.58	1.85	3.37	1.72	1.04	0.95	5.72	3.11	0.97	1.56	0.81	4.31	13.35	3.97	12.67	1.67	6.88	1.31	2.52	1.24	0.93	4.54	3.76	4.81	0.55	4.21	2.59
25	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	3.64	2.62	0.95	1.92	2.39	1.67	1.24	1.11	5.05	2.26	0.96	1.46	0.61	3.56	10.06	3.58	9.34	1.45	6.88	1.29	2.63	0.44	0.36	4.75	2.75	3.86	0.37	3.35	1.43
26	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	8.27	12.20	2.32	0.00	4.98	4.12	8.06	0.00	16.69	9.69	1.19	3.71	1.30	16.20	33.60	6.87	27.55	6.63	4.53	5.62	7.64	3.61	0.00	13.52	8.47	7.75	0.00	10.13	12.85
27	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	10.46	2.30	3.33	2.42	6.48	1.86	0.57	0.93	8.83	4.60	1.34	2.28	1.33	6.53	23.01	5.79	22.91	2.07	8.99	1.59	2.71	2.96	2.75	5.19	7.07	8.35	1.24	7.19	5.37
28	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.14	3.10	2.05	0.00	2.54	2.52	0.00	0.00	0.36	2.48	0.00	0.00	1.42	2.52	8.45	2.39	10.34	2.83	2.39	0.00	0.97	3.44	0.00	0.00	1.81	2.14	0.00	2.09	3.09
29	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.78	0.00	0.00	0.00	0.89	4.61	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
30	E5_Aa	NovelBoundary	0	13.63	0.00	2.09	0.00	0.00	3.45	0.00	0.00	15.71	4.79	0.00	2.62	8.12	5.63	16.14	11.02	37.23	0.00	8.09	4.13	0.00	0.00	0.00	13.76	8.94	9.61	0.00	6.65	6.77
31	ER5a	ExonRegion	0	2.55	0.00	0.00	0.00	0.00	0.55	0.77	0.00	2.02	1.15	0.00	2.41	0.00	2.52	11.03	2.97	9.49	0.77	1.27	2.20	2.84	1.44	0.72	2.49	1.14	4.38	0.00	1.30	0.00
32	E5_Da	NovelBoundary	0	8.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.99	1.92	0.00	0.00	1.37	1.95	0.00	3.14	24.76	0.00	0.00	0.00	1.72	2.09	0.00	2.93	1.59	5.92	0.00	0.00	3.90
33	E5a_E6a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
34	Ix	Intron	0	3.12	0.00	0.00	5.22	0.00	0.00	0.00	0.00	2.46	8.42	0.00	0.00	0.00	0.66	14.08	0.00	0.00	0.00	2.33	2.01	0.00	1.31	0.00	3.13	1.04	0.00	1.33	0.00	0.00
35	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.18	0.00	0.00	5.38	0.00	0.00	0.00	0.00	2.53	8.66	0.00	0.00	0.00	0.68	14.50	0.00	0.00	0.00	2.40	2.07	0.00	1.35	0.00	3.23	1.07	0.00	1.37	0.00	0.00
36	E6_Aa	NovelBoundary	0	2.24	0.00	1.52	0.00	0.00	0.00	2.29	0.00	0.00	3.36	1.33	1.36	3.50	1.04	8.17	6.81	9.21	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.36	0.00	1.74	6.31	0.00	7.95	1.98
37	ER6a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.59	0.51	0.00	0.44	0.00	0.48	1.64	0.88	0.00	0.69	1.14	0.00	0.00	0.00	0.64	0.00	0.51	1.12	0.00	0.58	0.00