Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC002472.5	Gene	0	2.39	2.00	4.33	16.10	0.92	5.99	9.81	2.34	1.10	5.57	0.92	0.61	1.63	3.04	2.69	5.46	6.37	3.46	5.81	2.17	3.23	6.31	4.37	4.57	2.72	3.75	2.48	2.15	1.10
2	436079	Transcript	0	0.46	0.00	0.00	4.75	0.00	2.63	0.00	0.00	0.00	1.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.80	2.52	2.31	0.00	1.48	1.02	1.95	0.00	0.00	1.80	0.00	0.00	1.89	0.58
3	429962	Transcript	0	10.49	6.83	7.53	31.77	0.35	18.24	24.85	4.31	6.05	10.89	2.12	1.37	4.78	6.46	2.30	24.19	7.76	9.02	21.36	4.50	18.50	20.87	11.09	17.99	11.52	6.54	5.65	4.38	1.94
4	452284	Transcript	0	0.00	0.00	0.30	0.01	0.00	0.95	0.12	0.00	0.00	0.23	0.03	0.00	0.11	0.16	0.00	0.25	1.34	3.30	0.25	0.14	0.34	0.52	0.04	0.34	0.23	0.49	0.66	0.33	0.00
5	ER1a	ExonRegion	0	0.93	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.96	0.00	1.46	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.16
6	E1_Ab	KnownBoundary	0	2.71	3.49	2.47	0.00	0.00	0.00	2.80	0.00	1.55	1.76	0.00	0.00	0.00	2.06	0.00	0.00	3.58	9.25	0.00	7.44	0.00	2.48	0.00	0.00	0.00	0.00	6.71	0.00	1.42
7	ER1b	ExonRegion	0	0.84	0.02	1.67	4.55	0.12	1.01	1.39	0.21	0.07	1.10	0.21	0.44	0.98	0.37	1.80	1.04	0.85	1.95	0.60	2.07	0.00	1.06	1.24	0.93	0.51	0.47	0.33	0.62	0.74
8	E1_Ac	KnownBoundary	0	3.01	0.00	6.05	56.73	6.19	8.59	7.61	4.53	1.49	1.64	0.00	0.00	1.34	0.00	0.00	6.43	6.08	9.25	0.00	0.00	0.00	4.81	0.00	4.67	0.00	7.38	0.00	0.00	1.52
9	ER1c	ExonRegion	0	8.49	5.91	14.93	62.32	3.95	19.67	36.21	8.68	3.92	18.22	2.54	1.50	5.43	9.82	9.44	17.81	16.67	11.03	19.78	8.19	12.57	21.34	17.03	13.17	9.05	13.52	7.26	6.65	3.93
10	E1_Da	NovelBoundary	0	6.02	4.85	2.84	10.57	0.00	14.54	7.90	2.44	6.64	5.31	1.58	0.00	1.43	6.96	0.00	10.48	8.64	9.25	16.18	8.19	6.14	20.95	4.14	25.18	8.79	1.97	5.02	1.89	0.00
11	E1a_E2a	KnownJunction	0	17.81	9.60	9.62	43.14	0.00	29.16	36.85	7.32	10.48	13.38	3.23	1.48	7.10	8.75	0.00	44.22	7.97	13.87	32.37	7.94	33.69	36.22	18.12	29.49	20.15	10.90	9.79	6.25	3.40
12	E1a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.73	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	9.25	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
13	E1a_E3b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	9.49	0.00	5.26	0.00	0.00	0.00	2.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.60	5.04	4.62	0.00	0.00	2.05	2.43	0.00	0.00	3.60	0.00	0.00	3.77	0.00
14	Ix	Intron	1	0.00	0.00	0.00	5.63	0.00	1.08	7.91	0.00	0.88	3.40	0.93	0.00	0.00	0.71	11.55	0.00	0.00	1.51	0.00	0.00	0.00	1.41	2.84	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
15	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	5.80	0.00	1.11	8.16	0.00	0.91	3.48	0.94	0.00	0.00	0.73	11.91	0.00	0.00	1.56	0.00	0.00	0.00	1.43	2.93	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	E2_Aa	NovelBoundary	0	5.43	9.21	2.49	32.35	0.00	27.47	10.99	4.88	12.00	17.02	0.00	11.78	17.16	15.82	17.74	18.82	15.33	4.62	16.18	4.05	6.02	18.47	17.29	8.19	10.80	8.58	14.51	28.53	6.04
17	ER2a	ExonRegion	0	3.17	4.06	5.45	20.39	0.70	7.33	12.85	1.31	1.62	8.39	1.02	1.26	2.46	4.17	4.59	4.16	7.56	4.17	10.35	1.07	3.30	5.52	4.05	6.50	2.89	2.18	1.51	2.52	0.48
18	Ix	Intron	0	0.56	0.34	0.61	0.00	0.00	0.83	0.32	0.48	0.98	1.66	0.06	0.05	0.22	0.27	0.89	0.84	3.11	0.76	0.58	0.34	0.52	0.14	0.19	5.61	0.11	0.29	0.67	0.38	0.54
19	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.95	0.00	0.00	0.00	1.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.33	4.40	3.57	0.00	0.00	0.00	2.97	0.00	0.00	0.00	0.00	0.93
20	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.71	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.32	1.23	2.36	1.44	0.00	0.00	0.65	0.75	0.00	0.00	1.85	0.48	1.06	0.00	0.69	0.00	0.00	7.52	0.00	1.57	0.61	1.09	0.89
21	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.49	0.73	0.76	0.00	0.00	0.63	0.23	1.05	0.85	1.81	0.14	0.00	0.74	0.26	0.53	0.28	4.64	0.93	0.00	0.00	0.41	0.00	0.82	6.98	0.33	0.36	1.04	0.19	0.46
22	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.35	0.58	0.62	0.00	0.00	1.19	0.55	0.33	1.31	2.36	0.00	0.00	0.00	0.45	2.23	1.01	3.95	0.59	1.15	0.50	0.90	0.00	0.00	6.59	0.13	0.28	0.66	0.29	0.48
23	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	1.12	0.00	0.00	2.00	0.00	0.00	0.00	2.36	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.29	1.46	2.73	0.00	0.00	0.00	0.98	0.00	6.45	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
24	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	1.48	0.00	0.00	1.77	0.00	0.00	0.36	1.60	0.38	0.00	0.00	0.29	1.49	4.77	2.07	0.88	0.00	0.64	0.46	1.10	0.00	5.02	0.00	0.00	2.36	1.05	0.00
25	E3_Aa	NovelBoundary	0	8.32	0.00	1.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.89	5.31	0.00	0.00	0.00	2.81	0.00	0.00	7.16	4.62	0.00	0.00	1.89	0.00	0.00	17.17	0.00	2.02	0.00	0.00	0.00
26	ER3a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.12	0.02	0.00	0.15	0.37	0.00	0.00	0.00	0.09	0.00	0.00	0.25	0.00	0.19	0.34	0.65	0.00	0.00	0.00	0.27	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
27	E3_Ab	KnownBoundary	0	0.00	0.00	1.49	0.00	0.00	0.00	2.92	0.00	0.00	3.44	0.00	1.81	0.00	1.06	0.00	0.00	2.68	0.00	0.00	0.00	1.89	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
28	ER3b	ExonRegion	0	0.56	1.06	1.21	0.83	0.00	3.07	1.93	1.33	0.30	2.33	0.86	0.41	0.34	1.48	0.00	4.09	6.00	1.23	1.26	0.25	0.52	3.52	0.71	3.40	1.49	1.95	2.34	1.27	0.53
29	E3_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.16	0.00	0.00	4.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.78	2.16	0.00
30	ER3c	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.79	0.00	0.00	0.97	0.00	0.00	0.00	0.68	0.00	0.00	0.32	0.21	0.00	0.57	3.67	0.00	0.75	0.41	1.01	1.27	0.00	1.01	0.67	1.48	1.98	0.98	0.00