Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP11-413E1.3	Gene	0	0.50	1.13	0.39	0.84	0.00	0.64	0.47	0.21	0.39	1.01	0.14	0.14	0.30	0.68	0.00	1.78	0.87	1.42	0.00	0.23	0.67	0.21	1.27	0.75	0.83	0.37	5.13	0.57	0.00
2	429074	Transcript	0	0.37	0.63	0.42	0.73	0.00	0.41	0.20	0.09	0.22	0.64	0.06	0.06	0.33	0.45	0.00	1.45	0.59	1.12	0.00	0.20	0.46	0.08	1.04	0.70	0.68	0.15	4.21	0.49	0.00
3	ER1a	ExonRegion	0	1.88	0.11	0.27	0.38	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.28	0.05	0.00	3.67	0.19	3.67	0.00	0.00	1.25	0.00	1.71	1.89	1.33	0.00	6.69	0.08	0.00
4	E1_Da	NovelBoundary	0	9.67	12.31	0.00	20.28	0.00	9.17	0.00	2.54	1.37	10.99	0.00	1.57	0.00	2.17	0.00	10.33	42.72	0.00	0.00	0.00	4.09	0.00	0.00	8.43	5.11	2.02	23.06	6.87	0.00
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	1.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	Ix	Intron	0	12.14	4.68	2.03	12.77	0.40	9.35	1.31	1.42	4.45	8.18	4.34	4.74	1.55	4.28	4.20	18.00	42.66	3.33	1.16	1.66	6.93	0.95	3.29	3.83	3.76	2.54	54.12	6.53	1.41
7	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	11.15	4.29	2.05	13.28	0.26	9.15	0.96	0.92	5.04	8.02	4.93	4.71	1.87	3.60	4.23	16.93	40.29	3.34	1.02	1.22	7.23	0.87	2.56	4.12	4.00	2.03	53.07	5.85	1.67
8	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	15.35	5.95	1.96	11.16	0.83	10.04	2.40	3.02	2.57	8.73	2.44	4.87	0.51	6.49	4.13	21.46	50.39	3.31	1.61	3.06	5.97	1.19	5.66	2.93	3.01	4.20	57.65	8.72	0.57
9	E2_Aa	NovelBoundary	0	16.69	0.00	2.89	45.08	0.00	9.13	2.17	2.54	4.75	10.83	0.00	1.20	0.00	3.08	0.00	24.63	33.56	20.04	0.00	0.00	7.30	1.90	2.22	2.57	5.53	0.00	24.35	0.00	0.00
10	ER2a	ExonRegion	0	0.00	2.16	0.95	4.71	0.00	1.88	0.00	0.00	0.78	3.03	0.00	0.00	0.00	2.21	0.00	5.27	2.96	2.92	0.00	1.39	1.00	0.00	4.95	2.95	2.94	0.00	20.27	3.35	0.00
11	E2_Da	NovelBoundary	0	3.01	0.00	0.00	10.78	0.00	1.57	0.00	0.00	0.00	5.35	3.16	5.03	0.00	5.23	16.74	3.75	25.50	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.78	0.00	67.14	2.29	1.98
12	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
13	Ix	Intron	0	20.59	3.99	2.85	12.22	0.00	9.38	2.81	2.28	3.04	8.73	1.66	2.49	1.31	2.81	8.41	20.74	33.55	4.83	1.49	2.14	12.16	2.52	6.72	4.67	5.76	3.41	43.72	7.08	0.83
14	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	20.71	4.02	2.87	12.30	0.00	9.43	2.83	2.30	3.06	8.78	1.67	2.50	1.31	2.82	8.46	20.86	33.76	4.86	1.49	2.15	12.23	2.53	6.76	4.70	5.80	3.43	43.99	7.12	0.84
15	I2	Intron	0	0.00	2.43	0.00	2.71	0.00	5.19	0.76	0.00	1.27	2.18	0.45	0.70	1.71	0.69	2.07	5.51	1.69	2.18	0.00	1.04	4.31	0.68	1.37	0.00	2.70	4.75	2.08	1.23	0.00
16	I2_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	2.47	0.00	2.75	0.00	5.27	0.77	0.00	1.29	2.21	0.46	0.71	1.74	0.70	2.11	5.59	1.72	2.22	0.00	1.06	4.38	0.69	1.39	0.00	2.73	4.82	2.09	1.25	0.00
17	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.99	0.00	0.00	0.00	2.78	0.25	0.00	5.58	0.85	0.47	0.46	0.74	0.19	1.77	0.83	2.06	0.00	0.00	0.00	4.36	0.18	0.18	0.89	0.56	0.31	0.18	0.07	0.00
18	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.30	0.28	0.00	0.00	0.00	2.16	0.00	0.00	3.95	2.33	0.92	0.67	0.33	0.12	0.00	0.32	2.12	0.00	0.82	0.00	3.01	0.92	0.00	0.74	0.49	0.27	1.10	0.50	0.57
19	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	1.22	0.52	0.27	0.00	0.26	1.78	0.00	0.00	3.00	1.64	0.38	0.83	0.31	0.19	2.27	0.77	2.10	0.10	0.31	0.00	2.45	0.08	0.19	0.58	0.17	0.17	1.88	0.04	0.91
20	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	1.10	0.77	0.00	0.00	0.00	0.76	0.24	0.00	3.10	1.89	0.14	0.00	0.00	0.48	3.54	2.57	2.80	0.00	0.83	0.24	3.52	0.47	0.64	1.02	0.13	0.37	0.65	0.00	0.41
21	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
22	ER3a	ExonRegion	0	0.73	1.09	0.57	0.00	0.00	0.95	1.37	0.63	0.38	1.47	0.40	0.42	0.00	0.90	0.00	1.21	0.51	0.66	0.00	0.00	0.97	0.00	0.61	0.03	0.49	0.00	2.49	0.00	0.00
23	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
24	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.65	0.00	0.00	9.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.79	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
25	ER4a	ExonRegion	0	0.00	1.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.49	0.63	0.00	0.00	0.00	0.59	0.00	0.00	0.00	1.03	0.00	0.00	0.00