Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	RP1-184J9.1	Gene	0	0.33	0.00	0.13	0.00	0.00	0.21	0.15	0.00	0.34	0.00	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.30	0.98	0.21	0.44	0.00	0.00	0.49	1.53	2.41	0.00	0.12	1.18
2	427154	Transcript	0	0.28	0.00	0.07	0.00	0.00	0.12	0.08	0.00	0.19	0.00	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.13	0.16	0.54	0.12	0.24	0.00	0.00	0.27	0.84	1.32	0.00	0.07	0.65
3	ER1a	ExonRegion	0	0.85	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
4	E1_Da	NovelBoundary	0	35.57	71.84	70.16	18.98	0.00	35.30	0.00	14.03	14.92	65.03	31.73	32.29	15.13	44.89	0.00	18.21	43.78	65.50	56.65	3.06	49.22	50.81	50.87	46.12	48.04	22.92	37.02	4.58	22.52
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	I1	Intron	0	0.66	3.81	1.27	0.00	2.99	6.72	0.00	0.28	1.20	5.31	4.37	1.14	0.99	2.90	0.00	3.19	4.34	2.07	5.38	0.00	6.07	0.82	2.22	3.59	1.96	2.65	5.05	0.25	0.00
7	I1_SR1	SilentIntronRegion	0	0.75	2.34	2.24	0.00	5.41	7.16	0.00	0.51	1.30	5.70	2.52	0.73	1.79	3.69	0.00	3.51	5.38	2.94	2.14	0.00	5.22	0.98	2.51	5.33	2.14	3.92	2.57	0.00	0.00
8	I1_SR2	SilentIntronRegion	0	0.51	5.58	0.03	0.00	0.00	6.28	0.00	0.00	0.95	4.89	6.92	1.71	0.00	1.90	0.00	2.89	3.13	0.96	9.12	0.00	7.07	0.66	1.98	1.28	1.68	1.12	8.50	0.59	0.00
9	Ix	Intron	0	27.33	39.34	17.25	33.53	17.52	70.29	20.14	10.38	27.39	23.04	20.13	37.57	31.97	20.12	34.90	18.40	45.62	81.73	43.60	24.39	29.43	12.13	20.27	35.28	28.66	50.05	11.85	19.53	7.71
10	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	27.66	39.85	17.49	34.00	17.76	71.26	20.42	10.53	27.76	23.29	20.41	38.09	32.42	20.38	35.32	18.65	46.26	82.81	44.20	24.68	29.77	12.30	20.54	35.73	29.05	50.74	12.01	19.81	7.82
11	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.05	2.55	0.00	0.00	1.11	1.07	0.22	0.00	1.00	6.42	0.53	0.00	0.00	1.01	5.60	0.56	0.00	6.06	0.50	3.44	6.02	0.00	1.61	3.82	0.64	0.00	0.00	0.00	0.00
12	Ix	Intron	0	6.94	8.57	7.13	3.96	3.47	9.12	2.71	1.89	7.39	11.06	7.52	5.94	2.56	6.79	13.65	9.46	8.13	6.95	11.10	3.48	5.86	3.56	4.00	8.16	7.11	4.71	5.93	2.83	3.33
13	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	8.71	9.56	6.82	6.83	3.15	9.46	2.56	1.61	5.71	10.26	8.25	6.07	1.85	7.24	17.64	8.73	6.36	7.36	11.25	3.92	5.90	3.43	5.11	7.45	4.15	3.11	4.36	3.19	2.96
14	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.24	7.67	7.51	1.14	3.82	8.86	2.88	2.18	9.12	11.96	6.86	5.87	3.29	6.41	9.79	10.29	9.97	6.59	11.05	3.06	5.87	3.71	2.93	8.94	10.12	6.35	7.54	2.50	3.73
15	Ix	Intron	0	7.92	14.40	7.19	4.69	3.20	14.14	2.07	2.32	7.52	11.27	8.07	5.97	3.05	6.60	9.34	9.05	15.56	16.66	9.86	3.20	8.47	2.11	4.06	14.28	7.75	4.92	5.39	2.82	3.53
16	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	5.28	15.82	7.08	5.65	2.89	15.70	2.38	1.09	5.24	10.38	9.02	5.95	3.12	6.15	8.80	9.70	15.87	15.05	9.44	1.48	9.13	1.77	4.45	14.61	8.72	5.42	5.59	3.21	3.36
17	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	12.39	15.83	8.62	4.74	4.14	13.43	2.78	5.89	10.06	13.02	6.47	7.45	3.75	7.28	9.04	8.93	19.02	18.47	11.64	5.70	6.08	2.33	4.33	14.77	8.48	4.64	7.20	2.91	4.67
18	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	8.13	10.30	5.92	2.87	2.79	12.06	0.75	0.83	9.13	11.16	8.05	4.45	2.21	6.78	10.75	8.02	11.36	17.87	8.80	3.80	9.86	2.51	3.05	13.22	5.18	4.33	3.12	2.01	2.66
19	Ix	Intron	0	8.16	9.64	4.55	2.93	1.99	8.97	0.00	3.00	8.47	8.05	4.53	4.11	1.93	5.23	2.12	6.41	6.90	7.16	3.91	3.75	6.40	2.94	5.66	10.82	5.83	4.70	3.74	1.55	4.19
20	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	8.21	9.69	4.57	2.94	2.00	9.02	0.00	3.02	8.51	8.09	4.56	4.14	1.94	5.26	2.13	6.45	6.94	7.20	3.93	3.77	6.44	2.96	5.68	10.87	5.86	4.73	3.75	1.56	4.21
21	Ix	Intron	0	7.99	8.23	3.72	3.78	2.39	5.18	2.89	2.01	7.07	6.42	4.62	3.20	2.05	4.02	5.82	6.29	15.07	16.28	15.52	5.75	6.07	0.54	1.91	9.97	6.03	2.49	1.72	3.13	1.81
22	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	11.68	12.11	3.49	3.84	2.69	7.10	2.74	3.00	13.23	10.60	7.93	5.41	4.44	5.10	9.48	10.18	17.58	17.05	21.01	8.27	8.63	0.39	3.87	23.27	9.13	4.71	4.32	3.16	3.90
23	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.06	6.19	3.88	3.79	2.25	4.18	2.99	1.49	3.76	4.19	2.85	2.03	0.76	3.47	3.87	4.23	13.83	16.03	12.67	4.44	4.72	0.63	0.85	2.78	4.39	1.29	0.32	3.13	0.69
24	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.45	0.00	0.00	2.34	0.00	1.51	0.00	1.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.63	0.00
25	Ix	Intron	0	2.00	1.74	0.59	0.32	2.60	2.26	0.72	0.08	1.62	2.44	0.53	1.21	0.17	0.88	2.08	2.14	2.65	6.63	8.94	2.81	3.93	0.56	0.48	1.24	0.57	0.91	0.24	1.38	1.31
26	Ix_SR4	SilentIntronRegion	0	2.22	1.44	0.35	1.49	0.00	2.56	0.84	0.00	1.16	1.78	0.49	2.56	0.00	1.50	2.09	1.03	3.71	12.05	7.29	1.71	0.89	0.75	0.75	0.89	0.30	1.63	1.14	3.04	1.80
27	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	1.83	2.07	0.83	0.00	4.18	2.45	0.72	0.13	2.12	2.99	0.59	0.97	0.19	0.83	2.62	2.56	2.98	6.37	10.48	3.53	5.39	0.64	0.52	1.53	0.82	0.90	0.00	1.05	1.38
28	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	3.12	1.56	0.00	0.00	0.00	0.67	0.00	0.00	0.00	0.70	0.00	0.00	0.63	0.44	0.00	2.41	0.00	0.94	1.55	2.68	1.39	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
29	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.40	0.00	0.00	0.00	0.00	1.80	1.32	0.00	0.73	1.89	0.78	0.81	0.00	0.00	0.00	1.62	0.00	0.00	10.44	0.00	3.71	0.00	0.00	1.41	0.00	0.00	0.00	1.07	0.88
30	Ix	Intron	0	0.30	0.91	0.36	1.02	3.11	2.14	0.86	0.13	3.46	1.43	0.59	0.44	0.64	1.06	1.43	2.14	2.43	3.84	9.28	0.98	3.33	0.00	0.13	1.22	0.71	0.00	1.43	1.04	2.74
31	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.27	0.00	1.41	2.89	1.53	1.59	0.32	4.48	2.06	0.80	0.16	1.18	1.59	1.28	3.13	2.30	5.69	8.68	0.81	5.66	0.00	0.00	2.62	1.05	0.00	0.36	1.50	4.99
32	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.45	0.00	0.71	1.52	4.13	2.73	0.43	0.05	3.91	1.14	0.80	0.79	0.38	1.25	2.90	2.50	3.21	4.96	5.62	0.87	2.52	0.00	0.00	0.00	0.69	0.00	2.33	1.43	2.83
33	Ix	Intron	0	0.80	0.91	0.16	1.34	0.00	0.77	0.38	0.17	0.52	1.49	0.22	0.17	0.00	0.64	0.51	0.47	0.84	0.60	2.10	0.78	2.81	0.00	0.17	0.00	0.67	0.00	0.34	0.61	0.56
34	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.88	0.00	0.44	0.00	0.00	0.60	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.99	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.19	3.36	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
35	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.51	1.16	0.08	1.72	0.00	0.82	0.48	0.22	0.67	1.90	0.28	0.22	0.00	0.54	0.66	0.59	1.07	0.77	2.68	0.94	2.67	0.00	0.22	0.00	0.86	0.00	0.44	0.78	0.72
36	Ix	Intron	0	3.12	1.83	1.33	3.79	0.00	1.58	2.13	0.89	2.82	1.34	2.10	1.22	0.54	1.63	0.89	2.89	5.98	11.10	5.91	5.93	2.64	0.32	0.48	2.27	2.71	0.97	0.00	2.01	1.21
37	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.14	1.84	1.34	3.82	0.00	1.59	2.15	0.90	2.84	1.35	2.11	1.23	0.55	1.64	0.90	2.91	6.02	11.18	5.96	5.98	2.66	0.32	0.48	2.29	2.72	0.98	0.00	2.03	1.22
38	Ix	Intron	0	1.65	2.48	0.32	1.66	0.19	2.59	0.23	0.28	1.53	2.22	1.60	0.48	0.10	1.83	1.13	2.33	2.93	10.99	6.77	1.93	3.74	0.28	0.35	1.41	0.88	0.73	0.00	1.00	1.00
39	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.66	2.49	0.32	1.66	0.19	2.60	0.23	0.28	1.54	2.23	1.61	0.48	0.10	1.84	1.14	2.34	2.94	11.03	6.79	1.93	3.75	0.28	0.35	1.41	0.88	0.73	0.00	1.01	1.01
40	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
41	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.32	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.14	0.00	1.33	1.47	0.00	1.48	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
42	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.93	0.00	1.45	3.10	0.00	0.92	0.87	0.00	0.00	1.04	0.00	0.53	0.00	0.71	1.99	1.07	1.01	3.35	0.00	1.19	2.32	0.76	0.00	0.46	0.40	0.11	0.00	0.11	0.00
43	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.45	0.00	0.00	0.00	1.22	0.00	0.00	0.00	1.81	0.00	0.00	1.63	0.86	0.00	0.00	0.83	0.00	0.00	2.15	1.28	1.57	0.00	1.63	0.00
44	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.03	0.00	0.00	2.94	2.73	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.72	0.00	1.57	0.00	1.63	0.00
45	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.78	0.00	0.00	1.30	0.00	2.72	0.00	0.00	0.00	0.26	0.00	0.78	0.00	0.49	0.83	0.45	3.35	3.72	5.20	1.50	1.03	0.33	0.00	0.00	0.26	0.04	0.00	0.63	0.00
46	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.21	0.00	0.00	0.35	0.25	0.00	0.57	0.00	0.00	0.31	0.00	0.00	0.00	0.00	0.38	0.49	1.61	0.35	0.72	0.00	0.00	0.81	2.52	3.96	0.00	0.21	1.94