Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	ZNF571	Gene	0	8.53	9.63	3.40	14.13	10.60	12.77	11.87	7.17	8.20	13.46	9.67	14.04	1.80	12.56	24.48	17.75	25.19	2.19	36.09	27.39	10.40	4.76	2.71	11.50	11.04	4.77	11.58	4.43	7.56
2	328550	Transcript	0	1.17	1.96	0.26	0.33	0.37	2.53	0.35	1.50	1.07	1.20	0.85	3.06	0.04	2.63	2.39	2.76	8.65	0.34	4.53	2.02	2.54	0.30	0.12	0.57	1.00	0.84	0.83	1.34	0.57
3	451802	Transcript	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
4	ER1a	ExonRegion	0	0.45	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.11	3.78	0.24	0.23	0.56	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00	1.48	0.86	1.67	0.44	0.00	0.38	0.00	0.11	0.60	0.00	0.00	3.69	0.00
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	11.68	4.75	4.09	0.00	22.11	0.00	19.34	7.27	5.60	3.95	2.94	6.17	0.00	1.02	0.00	7.34	17.35	4.62	16.18	7.36	0.00	4.72	6.85	5.50	5.19	6.57	10.04	5.66	2.81
6	E1a_E3a	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.21	0.00	0.00	0.00
7	E1a_E4a	NovelJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	14.30	0.00	0.00	7.02	0.00	1.60	0.00	1.17	0.00	0.00	0.00	0.00	1.15	0.00	0.00	0.00	0.00	2.38	0.00	0.00	0.00	0.00	7.16	2.07	0.00
8	ER1b	ExonRegion	0	8.85	1.91	3.04	1.65	11.73	0.27	9.69	9.21	4.20	3.40	2.38	6.02	0.00	0.29	0.00	6.86	11.83	4.40	30.51	3.81	0.69	4.42	3.27	2.91	2.77	3.70	7.92	7.15	1.21
9	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	2.34	0.00	2.98	0.56	0.00	2.04	1.89	2.87	0.58	2.93	1.69	3.32	0.00	3.41	2.01	6.04	3.95	0.00	4.49	3.01	1.15	1.55	1.27	0.84	2.34	3.81	0.86	1.15	2.98
10	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.67	0.28	12.76	20.84	0.00	1.67	18.07	0.89	8.69	1.92	0.72	22.93	0.00	2.85	10.80	16.07	18.08	0.47	1.16	0.00	9.68	2.84	1.10	5.21	7.45	7.80	1.33	0.59	0.97
11	E2_Aa	NovelBoundary	1	0.00	0.00	13.48	0.00	0.00	0.00	26.78	0.00	5.60	0.00	0.00	31.14	0.00	2.30	8.37	7.04	15.78	0.00	0.00	0.00	11.19	2.14	0.00	8.37	3.64	1.63	0.00	0.00	1.68
12	ER2a	ExonRegion	0	13.82	12.76	17.92	46.78	30.46	14.72	22.28	12.84	9.64	20.88	16.02	18.97	0.00	13.16	14.36	39.45	27.48	5.60	30.58	22.74	19.37	17.31	10.53	5.85	20.12	11.81	17.21	7.90	12.17
13	E2_Da	NovelBoundary	1	5.31	0.00	17.17	18.77	0.00	3.91	23.52	0.00	12.03	2.04	2.37	25.00	0.00	5.25	9.77	10.56	17.15	0.00	0.00	3.80	16.49	9.58	0.00	5.08	7.31	4.25	0.00	0.00	1.58
14	E2a_E3a	KnownJunction	0	5.31	4.85	5.61	0.00	0.00	4.64	0.00	7.61	0.00	2.04	0.00	2.80	0.00	4.92	39.86	18.44	14.50	0.00	16.18	3.56	5.29	7.05	0.00	3.05	7.99	0.00	0.00	0.00	7.63
15	E2a_E4a	NovelJunction	0	0.00	0.00	1.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.95	0.00	0.00	0.00	2.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.57
16	Ix	Intron	0	4.09	1.32	5.20	11.78	0.00	2.34	11.95	0.22	3.63	1.82	0.14	12.47	0.11	2.46	6.14	7.47	11.39	0.30	4.59	0.65	6.66	0.79	0.27	2.78	5.58	1.20	0.32	0.86	0.43
17	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	5.81	1.41	8.30	18.79	0.00	2.83	19.56	0.36	5.30	2.16	0.23	20.26	0.19	3.13	8.01	10.46	15.04	0.41	5.74	0.70	10.31	1.31	0.44	4.07	8.74	1.83	0.53	0.97	0.44
18	E3_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	1.10	10.78	6.93	0.00	5.26	0.00	1.61	1.56	3.01	7.77	0.00	1.04	0.00	0.00	10.60	0.00	0.00	3.80	0.00	2.38	0.00	0.00	7.16	0.00	17.54	2.16	2.77
19	ER3a	ExonRegion	0	14.08	13.22	4.82	16.01	1.49	10.73	12.98	10.87	7.48	12.05	2.68	7.97	0.32	12.13	16.58	20.15	21.39	4.06	29.54	28.39	8.03	12.16	5.79	9.47	16.76	5.75	4.87	8.28	6.31
20	E3_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	2.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.75	0.00	2.71	0.00	0.00	0.00	0.00	2.34	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.93	0.00	0.00	0.00	3.90
21	E3a_E4a	KnownJunction	0	19.41	18.61	2.12	9.49	13.85	20.14	17.68	18.96	10.23	30.60	9.24	11.60	1.62	17.46	8.57	56.30	30.59	13.87	24.28	47.97	7.66	15.61	13.40	8.19	29.85	12.10	4.97	15.77	11.88
22	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.65	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	1.03	0.00	0.27	0.15	0.12	1.81	0.00	0.46	1.35	3.03	4.36	0.09	1.25	0.00	2.32	0.18	0.00	0.44	1.31	0.45	0.00	0.17	0.00
23	Ix	Intron	0	1.31	0.74	0.36	0.59	0.00	1.16	0.96	0.00	2.81	0.86	0.20	2.35	0.04	0.45	5.25	3.48	7.58	0.06	1.00	0.00	2.28	0.30	0.00	0.67	0.59	0.52	0.00	0.03	0.11
24	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	1.68	0.00	0.62	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.04	1.76	0.59	0.00	0.00	0.00	0.12	2.64	0.00	0.00	0.00	1.71	2.50	0.00	0.00	1.78	0.00	0.00	0.00	0.00
25	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	1.86	0.00	0.52	0.00	0.00	0.25	0.63	0.00	2.34	0.47	0.21	2.18	0.00	0.14	0.00	1.34	4.46	0.60	0.00	0.00	1.78	0.56	0.00	0.33	0.89	3.18	0.00	0.00	0.00
26	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.50	0.61	0.16	0.00	0.00	0.55	0.96	0.00	3.79	0.71	0.00	1.86	0.00	0.77	4.92	2.40	5.77	0.00	0.30	0.00	1.63	0.34	0.00	0.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
27	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	1.06	2.20	0.00	0.00	0.00	0.98	0.97	0.00	2.76	0.34	0.00	4.60	0.00	1.92	14.25	7.92	7.95	0.00	0.00	0.00	0.55	0.00	0.00	1.91	0.38	0.00	0.00	0.00	0.07
28	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.39	1.99	0.00	0.00	0.00	1.37	0.49	0.00	2.25	1.49	0.00	5.77	0.00	0.80	12.56	4.14	6.95	0.00	0.00	0.00	5.36	0.00	0.00	4.30	0.00	0.00	0.00	0.00	2.68
29	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.28	0.00	0.51	0.00	0.00	1.73	1.89	0.00	0.62	2.05	0.00	5.11	0.00	0.61	14.45	6.37	5.11	0.00	0.00	0.00	3.59	0.00	0.00	0.97	0.00	0.00	0.00	0.00	1.82
30	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.84	1.80	0.19	1.77	0.00	1.65	1.30	0.00	4.44	1.28	0.07	3.00	0.16	0.22	8.09	5.36	11.10	0.00	0.99	0.00	3.48	0.33	0.00	0.67	0.88	0.39	0.00	0.00	0.21
31	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.69	0.00	0.77	0.00	0.00	1.45	0.93	0.00	2.06	0.86	0.47	2.23	0.00	0.45	3.15	3.11	9.63	0.00	2.74	0.00	2.34	0.12	0.00	0.57	0.75	0.31	0.00	0.11	0.00
32	Ix	Intron	0	0.44	1.15	0.69	0.00	0.00	0.00	0.42	0.00	1.40	0.30	0.00	1.28	0.00	0.00	0.00	0.51	4.65	0.00	1.32	0.00	2.37	0.00	0.00	0.00	0.59	0.00	0.00	0.00	0.00
33	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.45	1.16	0.70	0.00	0.00	0.00	0.42	0.00	1.41	0.30	0.00	1.29	0.00	0.00	0.00	0.52	4.68	0.00	1.34	0.00	2.39	0.00	0.00	0.00	0.60	0.00	0.00	0.00	0.00
34	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	0.44	0.00	0.15	4.15	0.00	1.61	3.41	0.00	2.60	1.67	1.38	2.83	0.00	0.46	8.53	2.47	5.82	0.00	0.00	0.00	4.25	0.76	0.00	1.98	0.97	2.73	0.00	0.91	0.00
35	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.10	0.00	0.00	0.80	0.00	0.00	0.82	0.00	0.00	0.00	0.00	2.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.65	0.00	0.00	0.00
36	E4_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.88	2.12	0.00	0.00	2.04	0.00	1.87	0.00	0.00	0.00	0.00	3.38	0.00	0.00	0.00	1.64	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.65
37	ER4a	ExonRegion	0	13.64	14.99	5.24	24.82	19.22	21.22	21.60	12.27	14.13	23.26	17.68	22.99	3.51	20.81	42.60	28.58	39.68	3.55	61.62	49.12	16.29	7.76	4.34	21.00	18.67	7.98	20.14	7.11	13.48
38	E4_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.87	2.12	2.54	3.29	0.00	0.00	4.31	0.00	1.26	0.00	0.00	19.58	0.00	8.09	24.15	1.89	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.55
39	ER4b	ExonRegion	0	1.78	4.75	0.00	0.00	0.58	5.26	0.72	1.42	0.48	1.70	1.95	4.09	0.00	3.87	2.74	6.69	11.23	0.00	7.41	3.73	4.76	0.43	0.00	0.26	1.19	0.56	0.22	0.59	1.40
40	E4_Db	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.87	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.98	0.00	0.00	0.00	0.00	6.03	0.00	8.09	0.00	2.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
41	E4b_E5a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.61	0.00	0.00	1.49	0.00	0.00	3.25	0.00	3.04	0.00	0.00	12.76	0.00	0.00	0.00	1.85	0.00	0.00	0.00	0.00	1.80	0.00	0.00	0.00
42	E5_Aa	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.53	0.00	0.00	1.16	1.60	0.00	7.38	0.00	1.13	0.00	3.82	1.76	0.00	8.09	4.13	1.64	0.00	0.00	0.00	1.93	0.00	0.00	0.00	0.00
43	ER5a	ExonRegion	0	2.44	3.09	0.86	1.32	0.90	3.23	0.59	0.81	2.07	2.86	0.87	4.64	0.14	3.62	6.83	4.34	9.11	0.49	9.03	3.90	3.57	0.40	0.46	1.89	2.20	0.98	3.09	1.08	0.88