Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC011542.1	Gene	0	1.17	0.68	0.35	1.52	1.18	1.17	0.98	1.06	1.68	2.41	0.36	0.36	0.69	0.63	3.59	1.20	3.75	1.63	2.03	5.75	2.46	0.71	0.71	1.96	1.39	1.38	0.33	1.58	0.65
2	424899	Transcript	0	1.13	1.66	0.13	0.55	0.97	0.88	0.80	0.39	0.98	1.35	0.26	0.13	0.25	0.43	3.62	0.71	1.85	0.81	0.74	2.70	1.52	0.46	0.46	0.95	0.97	1.19	0.32	0.93	0.24
3	ER1a	ExonRegion	0	1.06	0.32	0.39	1.66	1.13	1.14	0.93	1.16	1.73	2.48	0.35	0.39	0.75	0.63	3.22	1.23	3.95	1.72	2.22	6.09	2.50	0.72	0.72	2.06	1.37	1.30	0.30	1.62	0.71
4	E1_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.09	0.00	0.00	2.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	1.01	0.00	0.71	0.00	0.59	0.00	0.16	0.63	0.00	0.18	0.00	0.59	0.00	0.36	8.83	0.56	0.00	22.57	0.63	0.00	0.26	1.57	0.21	0.23	0.00	0.00	1.86
7	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.22
8	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.44	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.77	1.80	0.00	2.15	0.21	0.00	0.00	0.00	0.00
9	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.38	0.25	0.00	0.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
10	Ix	Intron	0	0.06	0.00	0.09	0.00	1.29	0.00	0.05	0.05	0.00	0.76	0.00	0.00	0.00	0.26	0.12	1.17	4.58	0.00	0.00	7.57	0.08	0.10	0.14	1.14	0.04	0.08	0.00	0.00	0.19
11	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	4.51	0.00	0.00	0.42	0.00	0.33	0.00	0.00	0.00	0.42	0.00	0.00	3.29	0.00	0.00	7.87	0.00	0.00	0.00	0.50	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
12	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.10	0.00	0.00	0.00	0.67	0.00	0.09	0.00	0.00	0.86	0.00	0.00	0.00	0.16	0.21	1.64	5.22	0.00	0.00	6.77	0.07	0.00	0.17	1.30	0.07	0.14	0.00	0.00	0.18
13	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.38	0.00	5.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.31	0.00	0.00	7.57	0.00	0.00	23.80	0.52	0.46	0.64	3.72	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
14	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.99	0.00	0.00	0.00	0.10	0.00	0.97	2.71	0.00	0.00	4.37	0.00	0.27	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00	0.00	0.38
15	Ix	Intron	0	28.26	4.68	23.85	6.20	0.00	9.21	6.97	7.96	4.25	12.17	0.51	6.13	6.30	9.38	19.89	12.42	6.77	13.18	8.28	6.48	8.32	15.58	2.74	19.52	14.83	8.49	1.99	4.58	17.07
16	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	28.51	4.70	24.05	6.25	0.00	9.29	7.03	8.03	4.28	12.27	0.52	6.18	6.35	9.46	20.03	12.52	6.83	13.30	8.34	6.53	8.39	15.72	2.76	19.69	14.95	8.56	2.00	4.62	17.21
17	Ix	Intron	0	35.98	5.36	22.07	3.67	3.13	9.86	9.56	12.98	12.87	17.02	2.90	6.40	4.15	7.77	27.47	15.32	8.80	19.13	13.51	13.73	13.89	21.71	6.49	24.26	13.19	8.05	3.05	9.60	20.08
18	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	36.16	5.39	22.18	3.69	3.14	9.91	9.61	13.04	12.93	17.11	2.91	6.43	4.17	7.81	27.61	15.40	8.85	19.23	13.58	13.80	13.96	21.82	6.52	24.37	13.25	8.09	3.07	9.65	20.18
19	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.39	0.00	0.00	0.00	0.94	0.86	0.46	0.34	0.00	0.29	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.11	0.00	0.50	0.00	0.00	0.00	0.00	0.31
20	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	1.62	3.19	0.00	0.00	1.12	2.39	0.00	0.00	1.29	0.60	1.53	0.00	0.49	2.55	1.06	0.00	2.83	0.60	0.00	0.71	0.47	0.00	0.61	0.00	1.11
21	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	1.63	3.20	0.00	0.00	1.12	2.41	0.00	0.00	1.30	0.60	1.54	0.00	0.50	2.57	1.06	0.00	2.85	0.60	0.00	0.72	0.48	0.00	0.61	0.00	1.11
22	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.64	0.00	0.00	0.00	0.00	0.91	0.00	2.53	1.00	0.00	0.00	0.00	1.43	0.00	1.81	0.00	1.43	0.00	0.00	0.00	0.00
23	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	0.44	0.00	0.28	0.00	0.55	0.00	0.00	0.00	1.40	0.00	0.00	0.00	0.00	0.37	3.22	0.94	0.74	1.35	0.00	0.00	2.15	0.00	0.62	0.00	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.60	1.05	0.21	0.00	0.61	0.53	0.25	0.46	2.90	1.17	0.82	0.80	1.37	0.88	1.20	1.68	3.64	2.01	1.39	0.51	2.08	0.22	1.35	2.68	0.53	0.33	1.74	0.65	0.25
25	Ix	Intron	0	7.17	2.48	3.72	0.61	1.26	2.83	0.00	2.68	2.50	2.60	0.00	3.17	1.77	7.38	4.16	5.29	6.39	4.98	4.66	0.24	2.69	0.15	2.48	3.50	1.72	1.35	0.78	3.35	2.18
26	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	2.14	1.64	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.84	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.32	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
27	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.77	1.95	3.47	0.00	0.62	0.42	0.00	1.07	2.86	1.35	0.00	3.20	1.83	3.96	1.73	2.70	5.24	5.80	4.02	0.00	1.27	0.00	2.18	3.23	1.35	0.99	1.73	2.05	1.79
28	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	7.44	2.72	3.91	0.86	1.53	3.82	0.00	3.36	2.40	3.14	0.00	3.24	1.80	8.86	5.19	6.40	6.98	4.79	5.01	0.33	3.30	0.22	2.65	3.69	1.90	1.52	0.44	3.93	2.39
29	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.21	0.00	0.71	7.07	0.00	1.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.26	0.91	0.00	2.11	0.43	12.37	0.00	0.00	2.42	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
30	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.33	0.00	0.00	0.00	6.95	3.43	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
31	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	3.28	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.80	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.72	2.73	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.92	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
32	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	1.99	0.66	0.00	0.00	0.54	0.00	0.73	0.84	0.57	0.00	0.49	0.51	0.72	2.17	0.00	1.73	2.90	1.26	0.00	0.56	0.00	0.00	0.80	0.00	1.24	0.00	0.64	0.00
33	Ix	Intron	0	0.18	0.00	0.14	0.00	0.00	0.35	0.00	0.00	0.48	0.25	0.00	0.00	0.39	0.31	0.87	0.21	0.77	2.50	0.00	0.71	0.37	0.15	0.31	4.43	0.49	0.13	0.00	0.70	0.40
34	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.18	0.00	0.14	0.00	0.00	0.35	0.00	0.00	0.48	0.25	0.00	0.00	0.39	0.31	0.87	0.21	0.77	2.51	0.00	0.71	0.37	0.16	0.31	4.44	0.49	0.14	0.00	0.70	0.40
35	Ix	Intron	0	1.31	0.30	0.16	0.00	0.00	0.39	0.19	0.35	3.53	2.51	0.50	0.90	1.25	2.15	3.80	0.87	7.23	3.22	1.20	0.67	1.07	0.00	0.26	5.16	0.00	1.33	0.26	3.14	0.76
36	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.31	0.30	0.16	0.00	0.00	0.39	0.19	0.35	3.54	2.52	0.50	0.90	1.25	2.15	3.81	0.87	7.24	3.22	1.20	0.67	1.08	0.00	0.26	5.17	0.00	1.33	0.26	3.15	0.76
37	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.87	0.00	0.36	0.00	7.45	0.30	0.88	0.80	4.04	0.63	0.00	0.00	0.00	3.36	3.40	0.00	5.53	3.78	2.09	0.60	1.24	0.39	0.00	0.47	0.31	0.34	0.80	4.26	0.59
38	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.38	0.00	0.00	0.00	0.27	0.56	0.00	0.51	0.91	0.39	0.65	0.00	0.29	0.37	0.00	0.00	0.00	1.92	0.00	0.33	0.27
39	E2_Aa	NovelBoundary	0	366.83	265.55	191.97	326.13	251.27	330.84	164.61	177.02	286.47	309.74	181.49	179.45	111.68	182.57	138.53	253.67	336.65	5.01	0.00	248.92	327.82	166.90	152.87	294.35	200.07	230.49	179.16	218.37	114.59
40	ER2a	ExonRegion	0	2.33	4.66	0.00	0.00	1.77	1.49	1.46	0.00	1.22	1.57	0.43	0.00	0.00	0.66	7.63	0.90	1.60	0.70	0.00	1.99	2.06	0.65	0.65	0.78	1.55	2.27	0.66	1.18	0.00