Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC135048.3	Gene	0	14.48	5.89	11.45	14.73	12.49	11.24	19.51	5.55	20.52	17.07	13.42	12.82	10.88	11.46	16.25	11.21	16.08	5.25	17.07	7.04	7.42	12.84	4.95	22.00	17.36	8.76	17.81	18.31	11.70
2	500395	Transcript	0	7.23	3.61	5.77	6.06	5.36	4.82	7.79	2.70	8.56	8.35	5.97	5.43	5.10	5.62	7.41	7.38	8.59	3.75	6.79	2.94	3.57	6.81	2.07	9.40	7.96	4.92	13.71	9.99	5.41
3	ER1a	ExonRegion	1	6.73	3.08	6.77	5.33	8.42	5.76	7.46	4.99	5.80	10.67	3.81	5.06	2.74	5.70	11.09	8.66	11.84	4.21	7.08	0.68	4.57	8.32	2.23	9.53	5.53	7.52	10.35	19.82	8.07
4	E1_Da	NovelBoundary	0	3.01	0.00	2.52	0.00	0.00	3.57	5.84	0.00	0.00	0.00	0.00	4.04	0.00	1.13	8.37	3.82	8.22	0.00	16.18	7.94	3.61	0.00	0.00	5.62	3.64	8.75	1.84	0.00	8.52
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	2.60	3.78	2.49	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.67	2.13	0.00	6.04	2.09	4.62	0.00	0.00	0.00	2.19	0.00	0.00	3.56	3.95	16.00	2.20	0.00
6	E1a_E3a	NovelJunction	0	11.44	4.85	3.96	0.00	0.00	0.00	5.44	0.00	4.32	3.52	0.00	0.00	0.00	3.01	0.00	0.00	3.78	4.62	0.00	0.00	5.37	4.72	0.00	14.06	2.88	5.49	5.07	9.57	4.69
7	Ix	Intron	0	1.72	0.72	0.51	0.68	0.84	2.38	0.81	0.56	3.37	2.45	1.38	1.26	0.70	1.46	3.68	1.57	6.34	1.35	1.16	1.22	1.79	0.89	0.55	3.48	1.42	1.14	0.52	1.49	1.26
8	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.43	0.80	0.14	0.00	1.22	2.29	0.17	0.00	3.12	1.80	0.89	1.03	0.49	1.17	0.76	3.04	6.33	0.48	2.13	0.46	1.54	0.30	0.00	1.97	0.59	0.78	0.15	0.81	0.78
9	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.67	0.45	1.16	0.00	0.00	4.94	0.84	0.51	7.21	2.79	1.64	2.04	1.88	1.88	4.71	2.40	8.87	1.64	0.44	2.94	3.15	1.49	1.75	5.65	1.78	0.22	0.00	1.80	1.29
10	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	2.76	1.38	0.00	0.00	0.00	1.18	0.86	0.00	3.26	2.46	0.00	0.71	0.56	1.17	3.95	1.06	3.20	0.00	0.00	0.85	1.83	0.77	0.77	0.92	0.00	1.35	0.00	1.40	0.58
11	Ix	Intron	0	3.63	5.34	1.82	1.73	0.58	3.82	0.97	2.23	4.00	4.01	0.58	1.34	0.47	4.10	5.89	7.63	10.10	0.93	0.39	4.48	3.79	0.44	0.22	7.02	2.59	2.28	0.66	3.94	1.13
12	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.56	5.94	2.22	2.16	0.00	4.17	1.24	2.83	4.81	3.99	0.73	1.70	0.60	4.73	7.44	9.19	12.30	1.18	0.34	4.72	4.38	0.55	0.00	7.92	3.07	2.66	0.84	5.01	1.39
13	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.19	3.21	0.36	0.17	2.77	2.58	0.00	0.00	1.06	4.18	0.00	0.00	0.00	1.81	0.19	1.93	2.01	0.00	0.57	3.67	1.65	0.00	1.05	3.74	0.83	0.91	0.00	0.00	0.18
14	E2_Aa	NovelBoundary	0	18.05	0.00	0.00	0.00	0.00	3.45	0.00	0.00	1.77	5.07	4.59	2.74	1.34	3.12	16.54	2.75	13.48	14.64	8.09	3.64	3.37	0.00	1.92	8.91	5.11	0.00	4.47	8.81	2.97
15	ER2a	ExonRegion	0	7.25	3.54	1.44	2.95	0.02	2.03	1.67	1.15	4.53	3.16	0.17	1.54	1.46	2.62	3.36	3.54	7.49	3.84	0.67	3.85	3.57	3.30	0.75	5.47	5.15	1.17	4.04	5.31	2.93
16	E2_Da	NovelBoundary	0	0.00	0.00	2.87	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.55	0.00	0.00	1.30	1.97	1.13	0.00	0.00	3.49	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
17	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	1.54	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.49	3.71	4.56	1.14	1.75	1.15	0.00	3.82	0.97	0.00	0.00	0.00	0.00	2.48	0.00	0.00	0.00	0.00	12.97	0.00	0.00
18	Ix	Intron	0	1.72	0.23	0.24	0.00	0.00	1.70	0.44	0.00	2.86	1.47	0.61	0.18	0.42	1.35	2.61	0.54	3.81	0.87	0.00	0.00	1.25	0.13	0.00	1.41	1.98	0.92	0.00	1.31	1.76
19	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.47	0.00	0.57	0.00	0.00	1.41	0.00	0.00	3.26	0.99	0.41	0.42	0.44	3.24	1.58	0.85	4.60	0.00	0.00	0.00	3.91	0.00	0.00	0.74	0.49	1.08	0.00	0.56	2.97
20	Ix	Intron	0	2.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.67	0.99	0.00	0.55	2.12	0.00	0.00	0.00	0.44	0.00	0.00	2.93	0.94	0.00	1.35	0.70	0.00	0.00	2.11	0.00	0.77	0.00	2.40	0.66
21	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.69	1.01	0.00	0.56	2.17	0.00	0.00	0.00	0.45	0.00	0.00	2.99	0.96	0.00	1.38	0.71	0.00	0.00	2.15	0.00	0.79	0.00	2.45	0.67
22	Ix	Intron	0	1.58	0.00	0.00	0.00	3.61	1.52	0.74	0.00	1.03	2.67	0.00	0.00	0.48	0.34	0.00	0.00	2.21	0.00	1.18	1.02	0.53	0.00	0.67	2.38	0.00	0.00	0.00	1.81	0.00
23	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	1.61	0.00	0.00	0.00	3.66	1.55	0.76	0.00	1.05	2.71	0.00	0.00	0.49	0.34	0.00	0.00	2.24	0.00	1.20	1.03	0.53	0.00	0.68	2.42	0.00	0.00	0.00	1.83	0.00
24	Ix	Intron	0	0.65	0.00	2.02	6.49	2.95	1.24	3.04	1.67	5.09	1.31	2.15	5.95	1.18	2.46	3.05	5.03	0.90	1.16	3.86	5.82	0.43	3.81	1.64	3.89	1.73	1.90	2.76	0.98	0.41
25	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.17	9.54	0.97	0.00	2.15	1.48	5.06	1.10	0.00	4.97	1.98	1.81	1.34	5.28	0.83	0.00	1.67	0.00	0.00	1.49	0.00	2.99	0.53	0.27	1.00	0.60	0.58
26	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.89	0.00	2.71	5.35	3.69	1.71	3.38	1.74	5.10	1.39	2.96	6.32	0.88	2.71	3.69	4.94	0.93	1.60	4.67	8.00	0.59	4.68	2.25	4.23	2.17	2.50	3.42	1.13	0.34
27	E3_Aa	NovelBoundary	0	12.98	8.05	20.08	10.78	0.00	5.33	17.79	2.44	6.43	13.22	2.88	6.20	6.66	10.39	8.17	6.88	7.11	0.00	16.18	18.36	13.12	8.85	2.46	12.56	10.53	1.80	10.34	10.83	2.05
28	ER3a	ExonRegion	0	19.56	7.63	16.60	21.99	18.35	16.33	29.84	7.34	30.99	24.19	21.30	19.39	16.89	16.51	22.60	14.83	20.57	6.09	26.22	10.19	9.73	17.76	7.35	31.98	25.54	11.94	25.21	22.63	16.06