Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC009533.1	Gene	0	12.31	0.46	2.17	5.15	2.82	3.16	2.61	2.38	7.08	2.07	1.03	5.83	1.30	1.88	3.82	5.25	8.58	4.84	7.80	2.38	1.84	0.00	0.52	8.03	3.91	1.80	0.00	10.77	0.19
2	500906	Transcript	0	6.31	0.24	1.11	2.64	1.44	1.62	1.35	1.22	3.64	1.07	0.53	3.00	0.67	0.97	1.96	2.69	4.40	2.48	4.00	1.22	0.94	0.00	0.27	4.12	2.02	0.93	0.00	5.52	0.10
3	IG2_SR26	SilentIntergenicRegion	0	12.01	2.32	1.96	0.66	2.96	6.00	4.76	1.77	3.88	6.87	3.87	2.36	0.53	2.66	4.91	5.51	11.53	39.55	14.17	6.37	2.31	0.33	0.71	1.40	0.49	1.57	0.83	7.13	0.61
4	IG2_AR28	ActiveIntergenicRegion	0	26.90	7.83	3.79	3.25	12.91	10.02	10.67	6.26	12.80	13.26	10.21	9.93	4.54	10.29	10.45	12.11	41.68	51.75	32.71	6.25	1.51	1.23	1.36	1.88	3.16	4.69	1.95	18.52	3.08
5	IG2_SR25	SilentIntergenicRegion	0	18.42	1.51	3.15	5.05	2.03	10.54	12.25	4.04	9.46	11.00	7.33	10.49	2.06	7.28	8.14	9.34	24.13	52.48	32.34	8.26	4.20	0.22	3.12	5.24	0.54	3.37	1.42	14.51	1.89
6	IG2_AR27	ActiveIntergenicRegion	0	22.87	8.12	5.61	0.00	4.36	9.00	24.29	11.95	11.89	20.73	5.46	7.17	0.97	4.00	7.37	12.99	21.78	109.35	29.32	14.51	3.05	1.34	4.76	0.81	1.07	1.77	2.06	15.68	4.70
7	IG2_SR24	SilentIntergenicRegion	0	4.29	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.56	0.72	1.79	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	19.26	6.39	0.00	0.00	0.00	0.00	3.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	IG2_SR23	SilentIntergenicRegion	0	15.26	6.38	2.50	5.61	1.85	5.03	10.38	3.92	6.75	7.34	10.60	3.59	1.59	2.53	8.20	9.78	16.56	44.61	25.14	6.72	1.58	0.10	1.45	2.97	0.87	2.51	1.00	13.74	1.12
9	IG2_AR25	ActiveIntergenicRegion	0	39.05	15.57	6.00	18.86	11.62	26.84	27.72	5.12	27.06	38.14	31.63	11.56	5.33	5.76	1.46	32.35	29.25	121.07	86.84	17.23	5.02	0.65	7.78	3.06	0.58	15.94	9.56	43.28	0.93
10	IG2_SR22	SilentIntergenicRegion	0	11.97	6.10	2.65	2.52	6.19	9.06	2.60	7.35	3.57	4.87	4.17	7.23	0.40	2.68	7.51	9.30	2.60	55.79	9.98	12.18	6.43	0.00	1.29	1.26	0.58	0.96	0.95	8.37	1.03
11	IG2_AR24	ActiveIntergenicRegion	0	22.20	10.44	4.65	5.27	6.12	20.10	14.40	10.51	16.26	14.74	16.09	11.46	3.12	6.46	15.70	15.47	17.34	96.22	37.06	15.13	7.97	0.63	1.66	3.76	2.07	3.75	4.01	25.08	3.26
12	IG2_SR21	SilentIntergenicRegion	0	2.68	3.12	0.40	0.52	1.27	3.50	0.86	0.97	2.11	1.50	2.20	1.73	0.33	0.33	2.38	4.34	2.68	14.94	11.10	1.25	2.18	0.20	0.32	0.53	0.52	0.49	0.53	3.89	0.24
13	IG2_AR23	ActiveIntergenicRegion	0	27.68	13.28	2.04	26.84	15.79	23.11	23.91	4.96	17.03	22.87	9.32	3.34	1.34	7.57	10.90	12.22	20.59	80.10	69.48	11.51	10.06	2.93	3.92	6.96	0.00	5.22	6.66	24.16	1.06
14	IG2_SR20	SilentIntergenicRegion	0	1.56	0.00	0.00	0.28	0.00	0.07	0.00	1.27	0.07	0.00	0.83	0.00	0.08	0.08	0.07	3.88	0.55	4.75	0.88	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.36	1.06	0.03
15	IG2_SR19	SilentIntergenicRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	IG2_AR17	ActiveIntergenicRegion	0	0.84	7.23	3.28	0.00	0.00	0.00	24.16	5.06	11.65	15.76	7.86	0.49	0.00	1.60	2.15	1.95	0.59	13.60	1.25	7.44	0.56	2.12	0.00	0.84	0.56	0.00	0.72	1.92	0.78
17	IG2_SR13	SilentIntergenicRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.46	0.00	0.00	0.00	0.77	2.54	0.00	0.00	0.69	0.00	0.00	0.00	0.00	7.02	0.00	0.00	1.31	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.87	0.00
18	IG2_AR10	ActiveIntergenicRegion	0	0.00	3.25	0.00	0.00	0.00	0.00	1.64	0.00	0.34	0.00	0.25	0.00	0.72	0.00	0.00	0.00	0.40	0.00	1.30	0.00	2.24	0.73	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.36
19	IG2_SR2	SilentIntergenicRegion	0	13.45	2.81	0.00	0.00	4.26	11.05	2.64	0.54	6.43	5.85	4.72	1.96	0.00	3.02	4.28	5.84	7.52	34.73	22.71	5.52	0.00	0.00	1.87	2.50	1.72	0.00	3.90	5.36	0.00
20	IG2_AR3	ActiveIntergenicRegion	0	6.83	3.62	0.75	0.00	3.71	3.30	6.51	1.74	2.14	6.29	2.45	2.76	0.40	2.61	3.59	9.56	6.66	43.49	16.73	5.19	1.23	0.00	1.05	0.89	0.49	2.08	1.17	10.13	0.00
21	IG2_AR2	ActiveIntergenicRegion	0	8.98	0.37	0.10	0.00	0.00	5.41	4.53	1.70	5.98	6.25	0.00	1.95	0.66	3.75	0.00	5.15	7.99	58.78	14.29	3.00	3.48	0.49	1.71	1.43	0.32	2.53	0.45	12.55	0.00
22	IG2_SR1	SilentIntergenicRegion	0	9.37	2.76	0.97	0.35	0.47	6.56	2.27	2.33	1.81	4.80	2.79	2.50	0.50	1.99	5.53	6.57	9.34	34.71	13.78	4.60	3.10	0.05	0.65	1.45	0.42	1.87	0.27	6.48	0.55
23	IG2_AR1	ActiveIntergenicRegion	0	8.09	3.54	2.62	6.70	3.26	5.05	3.10	4.60	6.96	3.42	2.34	3.99	1.88	7.41	5.92	6.40	12.85	21.68	14.38	3.85	3.65	1.08	1.51	6.11	2.77	1.94	0.73	10.93	0.49
24	ER1a	ExonRegion	0	18.89	0.71	3.33	7.91	4.33	4.86	3.97	3.66	10.83	3.16	1.58	8.93	2.00	2.88	5.87	8.06	13.17	7.44	11.99	3.65	2.83	0.00	0.80	12.31	5.96	2.72	0.00	16.55	0.30
25	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
26	Ix	Intron	0	14.66	0.00	0.00	0.00	1.39	2.35	0.00	1.57	0.64	0.82	0.00	2.29	1.10	2.06	7.57	1.41	1.70	1.74	2.73	0.79	0.00	0.00	0.00	3.06	0.00	0.44	0.00	3.25	0.00
27	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	14.82	0.00	0.00	0.00	1.41	2.38	0.00	1.59	0.65	0.83	0.00	2.31	1.12	2.09	7.66	1.43	1.72	1.76	2.76	0.79	0.00	0.00	0.00	3.10	0.00	0.44	0.00	3.29	0.00
28	Ix	Intron	0	10.45	0.00	2.04	3.74	0.85	0.24	2.46	0.96	3.03	2.51	0.62	3.22	0.00	3.54	4.47	0.43	6.76	1.68	3.34	0.48	1.74	0.94	0.94	5.24	2.24	1.09	0.00	4.54	0.23
29	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	10.52	0.00	2.05	3.77	0.86	0.24	2.47	0.97	3.04	2.53	0.63	3.24	0.00	3.57	4.50	0.43	6.80	1.69	3.36	0.48	1.75	0.95	0.95	5.28	2.25	1.10	0.00	4.57	0.24
30	Ix	Intron	0	3.49	0.40	1.05	2.70	3.67	1.55	3.79	5.08	3.86	1.99	0.75	3.86	0.00	2.55	6.91	4.40	5.24	1.77	6.00	0.35	1.25	0.23	0.45	4.85	1.61	0.79	0.00	4.29	1.01
31	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	4.99	0.81	0.50	0.11	4.88	1.77	4.19	6.15	4.22	3.06	1.19	5.36	0.00	3.86	6.62	3.59	5.63	2.01	5.68	0.69	0.87	0.45	0.45	5.08	1.86	1.18	0.00	4.18	0.80
32	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.00	0.00	1.62	5.35	2.48	1.34	3.42	4.01	3.52	0.93	0.30	2.37	0.00	1.24	7.27	5.28	4.89	1.55	6.39	0.00	1.65	0.00	0.46	4.67	1.38	0.40	0.00	4.44	1.23
33	Ix	Intron	0	5.49	3.63	1.98	0.00	0.96	1.62	1.19	1.81	5.20	2.56	0.94	1.94	0.26	5.97	3.98	2.79	7.05	3.48	1.89	0.00	2.25	0.00	0.36	5.08	2.25	0.93	0.00	8.99	0.00
34	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	5.53	3.66	1.99	0.00	0.97	1.64	1.20	1.83	5.23	2.58	0.94	1.96	0.26	6.01	4.01	2.82	7.11	3.50	1.90	0.00	2.26	0.00	0.36	5.12	2.27	0.94	0.00	9.06	0.00
35	Ix	Intron	0	12.20	3.99	2.07	5.75	2.49	3.21	1.91	3.22	4.42	1.79	2.34	5.26	0.19	3.80	7.63	4.53	8.49	6.70	6.99	3.22	3.23	0.39	0.00	6.43	2.09	2.64	0.94	5.95	0.59
36	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	12.23	4.01	2.08	5.77	2.50	3.22	1.92	3.23	4.43	1.80	2.35	5.27	0.19	3.81	7.64	4.54	8.52	6.72	7.01	3.22	3.24	0.40	0.00	6.45	2.09	2.64	0.94	5.96	0.59
37	Ix	Intron	0	11.00	1.92	1.61	6.90	7.05	8.82	2.91	1.48	7.10	3.93	2.10	10.19	0.94	2.03	5.14	6.49	10.53	8.70	10.76	4.42	5.03	0.58	0.58	6.21	2.29	1.76	0.29	9.41	0.00
38	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	11.07	1.93	1.62	6.94	7.09	8.87	2.93	1.49	7.15	3.96	2.11	10.25	0.94	2.05	5.18	6.54	10.60	8.75	10.83	4.45	5.06	0.58	0.58	6.24	2.31	1.78	0.30	9.47	0.00
39	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	10.12	0.00	1.12	0.00	3.32	3.74	0.00	3.53	1.53	0.00	2.43	0.00	0.00	8.90	13.74	6.75	6.95	6.77	6.52	5.06	6.79	1.23	1.23	5.85	0.00	0.00	1.25	4.43	0.00
40	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.81	3.73	1.25	0.00	2.84	1.35	0.84	1.09	1.48	3.21	1.58	1.08	0.64	2.36	1.53	2.44	0.87	2.93	8.80	3.01	2.13	0.00	0.00	2.00	1.33	0.53	0.46	5.19	1.00
41	Ix	Intron	0	6.63	0.95	3.20	0.00	0.00	4.26	8.02	1.90	5.71	8.09	1.58	3.09	0.00	2.26	0.00	4.75	6.16	14.58	6.12	4.24	0.63	0.00	0.80	2.22	2.11	0.46	0.00	2.88	1.08
42	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	8.56	1.28	3.05	0.00	0.00	6.09	10.30	2.72	6.21	11.43	2.51	6.27	0.00	1.34	0.00	6.56	7.29	19.49	7.99	6.59	1.14	0.00	1.05	4.13	2.60	0.63	0.00	3.36	1.37
43	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	6.62	1.18	5.71	0.00	0.00	4.09	4.30	1.59	7.70	5.05	0.55	1.83	0.00	3.92	0.00	2.96	4.82	10.06	1.88	1.14	0.38	0.00	1.16	0.34	1.90	0.46	0.00	1.61	1.82
44	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.81	0.47	1.65	0.00	0.00	2.59	8.46	1.32	3.88	6.98	1.39	0.81	0.00	2.06	0.00	4.26	6.07	13.02	7.31	4.12	0.30	0.00	0.31	1.64	1.79	0.31	0.00	3.34	0.29
45	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	6.15	0.00	1.09	0.00	0.00	2.54	0.00	2.00	2.81	1.26	2.72	5.85	0.35	1.62	3.99	2.16	3.62	2.72	4.52	0.90	2.48	0.00	0.20	2.11	1.55	0.00	2.19	1.77	0.15
46	Ix	Intron	0	12.16	0.32	1.64	4.91	0.00	2.69	0.99	3.60	2.41	2.82	2.56	2.71	0.19	1.54	0.99	2.91	4.23	20.52	3.13	2.43	0.42	0.88	0.53	1.26	1.26	0.77	0.00	5.42	0.46
47	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	12.21	0.32	1.64	4.93	0.00	2.70	0.99	3.62	2.42	2.83	2.57	2.72	0.19	1.55	0.99	2.92	4.25	20.60	3.14	2.44	0.42	0.89	0.53	1.27	1.26	0.77	0.00	5.44	0.46
48	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.80	0.27	0.70	3.00	2.04	2.26	1.01	0.15	0.89	1.57	1.65	5.32	0.00	1.64	0.00	2.74	3.37	1.66	1.78	0.92	1.30	0.15	0.15	0.50	1.18	0.39	0.00	6.79	0.50
49	E2_Aa	NovelBoundary	0	7.02	0.00	8.05	9.27	0.00	3.61	0.00	1.84	0.00	4.99	9.68	4.82	1.37	3.92	0.00	0.00	8.62	4.62	0.00	0.00	0.00	0.00	2.12	5.02	0.00	0.00	4.37	7.37	0.00
50	ER2a	ExonRegion	0	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.00	0.09	0.03	0.00	0.07	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.09	0.08	0.00	0.00	0.00