Order	SeqName	SeqType	IsAE	ABC_RG012	ABC_RG016	ABC_RG015	ABC_RG046	ABC_RG047	ABC_RG048	ABC_RG049	ABC_RG058	ABC_RG059	ABC_RG061	ABC_RG073	ABC_RG074	ABC_RG086	GCB_RG003	GCB_RG005	GCB_RG006	GCB_RG007	GCB_RG010	GCB_RG014	GCB_RG045	GCB_RG050	GCB_RG055	GCB_RG062	GCB_RG063	GCB_RG064	GCB_RG071	GCB_RG072	GCB_RG069	GCB_RG085
1	AC026250.1	Gene	0	7.78	0.00	0.18	5.13	4.03	2.34	1.44	1.32	0.68	1.67	0.59	0.64	3.24	1.34	0.56	1.05	2.05	4.20	3.16	5.59	2.98	0.50	1.29	1.78	0.86	0.43	0.20	4.93	0.85
2	499953	Transcript	0	4.22	0.00	0.28	3.19	2.28	1.23	0.78	1.13	0.29	0.88	0.31	0.34	2.07	0.81	0.26	0.37	1.00	2.08	2.89	4.96	1.36	0.21	1.10	0.87	0.56	0.20	0.07	5.40	0.80
3	ER1a	ExonRegion	0	2.88	0.00	0.00	0.00	0.00	0.31	0.45	0.00	0.50	0.65	0.00	0.41	0.29	0.71	1.23	0.00	0.33	2.66	0.00	0.62	1.91	0.00	0.40	0.96	0.00	0.35	0.00	1.85	0.30
4	E1_Da	NovelBoundary	0	3.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.91	0.00	0.00	0.00	9.25	0.00	0.00	0.00	0.00	2.07	2.45	0.00	2.10	0.00	0.00	1.49
5	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
6	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	2.67	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.24	0.00	2.32	0.00
7	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.62	0.63	0.00	0.00	0.00	1.21	0.20	0.72	1.59	0.14	0.12	1.32	0.43	1.11	0.00	0.15	3.02	2.36	0.94	1.47	1.79	0.18	0.71	1.17	0.28	0.62	0.00	4.48	0.85
8	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	1.43	2.15	0.00	0.00	0.82	1.85	0.00	0.00	1.03	0.00	1.19	0.93	0.00	0.15	0.00	0.41	0.75	2.95	0.00	0.92	1.91	0.00	0.60	0.00	0.00	0.00	0.00	1.09	0.00
9	Ix_AR5	ActiveIntronRegion	0	3.87	1.58	1.10	1.18	1.60	3.38	0.33	0.00	1.20	2.60	0.39	1.21	1.28	1.26	0.00	1.63	2.94	6.15	0.00	1.36	3.04	0.59	1.48	0.35	0.23	0.77	3.00	4.28	0.77
10	E2_Aa	NovelBoundary	0	27.37	57.20	45.17	9.27	109.79	76.97	12.42	17.67	49.36	46.54	31.41	15.93	37.42	50.56	33.69	34.65	51.12	109.04	24.28	15.22	86.52	48.76	50.23	207.62	61.00	51.97	98.60	24.40	75.11
11	ER2a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.11	0.00	0.00	0.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.91	0.00	0.00	0.00	0.00	1.08	1.61	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	4.46	0.35
12	E2_Da	NovelBoundary	0	30.14	76.01	22.65	78.94	76.78	24.94	2.92	14.33	52.68	47.54	30.84	24.76	23.85	46.79	46.44	21.50	29.98	96.32	32.37	11.99	46.05	16.58	35.71	171.25	37.09	15.19	25.30	28.35	46.55
13	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	1.07	0.00	0.00	0.00	0.00	2.39	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.09	6.20	0.00	0.00	2.36	0.00	0.00	0.00	0.00	16.71	1.68
14	E3_Aa	NovelBoundary	0	15.45	47.02	24.57	34.94	66.17	25.67	8.12	43.20	26.92	46.46	29.17	24.04	31.81	49.39	25.91	22.80	24.96	74.75	32.37	3.39	38.10	26.93	51.27	134.17	60.31	59.87	36.63	25.30	85.67
15	ER3a	ExonRegion	0	19.35	0.00	0.80	20.42	12.62	4.98	3.65	4.76	0.29	3.73	1.54	1.27	13.40	3.16	0.00	0.00	3.85	6.65	7.58	20.25	2.93	0.47	4.21	2.77	3.69	0.45	0.00	11.01	3.07
16	E3_Da	NovelBoundary	0	2.71	0.00	0.00	0.00	0.00	1.53	0.00	0.00	0.00	4.07	0.00	0.00	1.31	0.00	0.00	9.79	1.15	5.39	0.00	0.00	1.93	0.00	0.00	0.00	3.56	0.00	0.00	0.00	0.00
17	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.80	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
18	Ix	Intron	0	3.52	0.00	0.18	1.57	1.61	0.45	0.00	0.30	0.74	0.71	0.52	0.84	0.39	0.60	0.00	0.91	1.88	3.10	1.93	1.21	1.41	0.20	0.50	0.59	0.78	0.60	0.00	1.79	1.03
19	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.54	0.00	0.19	1.61	1.57	0.46	0.00	0.31	0.74	0.73	0.54	0.87	0.40	0.61	0.00	0.94	1.93	3.18	1.98	1.24	1.42	0.20	0.51	0.58	0.78	0.62	0.00	1.83	1.05
20	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	4.29	0.00	0.00	0.00	4.98	0.00	0.00	0.00	1.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	2.45	0.00	0.00	2.15	1.43	0.00	0.00	0.00	0.00
21	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	2.14	0.00	0.00	0.00	2.49	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.43	0.00	0.00	0.00	0.00
22	Ix	Intron	0	4.10	0.80	0.31	0.89	1.81	1.53	0.31	0.85	1.90	1.47	0.51	0.80	1.10	0.41	0.91	0.59	1.47	4.25	1.18	0.68	1.59	0.39	0.45	0.80	0.79	0.49	0.23	3.22	0.87
23	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	1.97	0.00	0.31	0.00	4.48	0.50	0.00	0.68	1.23	2.38	0.65	0.23	0.83	0.25	0.85	0.00	0.82	1.77	1.17	0.51	0.79	0.00	0.33	1.18	0.52	0.58	0.00	5.08	1.96
24	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.64	0.00	0.00	0.00	2.71	1.39	0.68	0.62	2.00	0.55	0.40	1.23	0.88	0.07	0.00	0.84	2.47	2.55	1.08	0.93	1.77	0.61	0.00	0.73	0.00	0.62	1.24	1.34	1.88
25	Ix_AR2	ActiveIntronRegion	0	29.56	0.00	0.00	0.00	8.16	7.62	1.43	2.61	1.73	3.13	0.00	2.23	4.55	1.13	2.18	0.46	2.95	11.64	0.00	0.00	3.43	0.50	0.98	1.49	2.02	0.92	0.00	11.05	0.80
26	Ix_SR2	SilentIntronRegion	0	2.21	0.00	0.00	0.00	2.08	3.02	0.00	0.77	1.14	0.97	0.00	1.23	0.30	0.00	2.61	1.83	3.68	4.03	0.00	1.17	1.66	0.54	0.30	0.02	0.36	0.30	1.56	2.08	0.00
27	Ix_AR3	ActiveIntronRegion	0	2.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.31	1.12	3.13	0.00	2.47	0.00	0.00	0.00	0.00	6.68	2.73	0.00	0.00	1.43	1.80	1.81	0.00	1.43	1.57	0.00	0.00	0.00
28	Ix_SR3	SilentIntronRegion	0	4.72	1.77	0.00	0.98	0.50	2.03	0.00	0.87	2.33	1.18	0.16	0.66	0.62	0.66	2.14	0.34	1.86	5.52	0.88	0.38	1.58	0.69	0.43	0.29	0.65	0.31	0.00	2.59	0.53
29	Ix_AR4	ActiveIntronRegion	0	2.56	1.01	0.65	1.68	0.48	0.78	0.47	0.80	2.09	1.36	0.84	0.77	1.32	0.41	0.00	0.72	0.69	4.23	1.75	0.86	1.68	0.28	0.57	1.01	1.12	0.49	0.00	2.61	0.54
30	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.80	1.40	0.73	0.00	0.00	0.60	0.00	0.00	0.00	0.00	1.04	0.00	0.00	0.98	2.01	0.00	0.65	0.84	0.00	1.20	4.35	0.79	0.00	0.00	0.62	0.00	0.00	0.71	0.59
31	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.68	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	3.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.74	0.00	11.08	0.00	0.86	6.62	1.83	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.93	0.00
32	Ix	Intron	0	3.67	1.64	0.22	0.00	1.61	1.63	0.00	0.73	1.33	1.90	0.08	0.57	1.92	0.72	2.72	0.33	1.57	3.55	0.63	1.58	2.53	0.00	0.71	1.27	0.19	0.00	0.00	3.11	1.72
33	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	3.74	1.67	0.22	0.00	1.64	1.66	0.00	0.74	1.35	1.94	0.08	0.58	1.95	0.73	2.77	0.33	1.60	3.62	0.64	1.61	2.58	0.00	0.73	1.30	0.19	0.00	0.00	3.17	1.75
34	Ix	Intron	0	3.00	0.93	0.08	1.39	1.66	0.73	0.39	1.25	1.25	1.19	0.52	1.28	0.97	0.61	1.42	0.65	1.73	3.12	0.62	0.53	2.34	0.00	0.79	0.62	0.21	0.99	0.18	2.60	0.78
35	Ix_AR1	ActiveIntronRegion	0	3.86	1.40	0.00	4.69	1.77	0.30	0.00	2.49	2.41	0.46	0.94	2.82	1.19	1.03	3.02	0.67	0.72	2.34	1.24	0.60	1.98	0.00	1.18	0.00	0.00	0.34	0.00	1.39	0.29
36	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	2.77	0.80	0.10	0.45	1.63	0.86	0.50	0.89	0.92	1.40	0.40	0.84	0.91	0.50	0.97	0.65	2.02	3.35	0.44	0.51	2.45	0.00	0.68	0.80	0.27	1.17	0.23	2.95	0.92
37	Ix	Intron	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.93	0.68	0.62	0.38	0.98	0.00	0.00	1.53	0.00	1.56	0.00	1.01	4.66	2.16	0.00	1.45	0.00	0.00	2.18	0.48	0.00	0.00	0.00	0.00
38	Ix_SR1	SilentIntronRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.94	0.69	0.63	0.38	0.99	0.00	0.00	1.55	0.00	1.58	0.00	1.02	4.73	2.19	0.00	1.46	0.00	0.00	2.21	0.49	0.00	0.00	0.00	0.00
39	E4_Aa	NovelBoundary	0	10.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	5.69	3.87	0.00	0.00	0.00	1.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	8.94	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
40	ER4a	ExonRegion	0	7.31	0.00	0.00	1.94	3.33	2.80	1.37	0.75	1.22	1.77	0.65	0.67	0.79	0.92	0.63	2.60	2.84	5.27	3.47	2.26	4.64	0.98	0.74	2.34	0.20	0.61	0.50	3.77	0.18