Order	SeqName	SeqType	IsAE	Lum_Epi	Lum_Epi2	Myo_Epi	Myo_Epi2	hESCs	StemLike	vHMECs
1	ALK	Gene	0	0.91	2.87	0.75	0.55	0.11	0.56	0.90
2	389048	Transcript	0	0.28	1.86	0.34	0.19	0.12	0.30	0.21
3	ER1a	ExonRegion	0	0.00	1.28	0.12	0.14	0.12	0.00	0.00
4	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	1.44	0.89	0.00	0.00	0.00	0.00
5	ER2a	ExonRegion	0	0.00	6.56	0.62	0.79	0.13	0.00	0.00
6	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	5.75	0.00	0.00	1.18	0.00	0.00
7	ER3a	ExonRegion	0	0.00	3.28	0.31	0.00	0.15	0.00	0.00
8	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	2.99	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
9	ER4a	ExonRegion	0	0.00	2.57	0.00	0.00	0.20	0.00	0.00
10	E4a_E5a	KnownJunction	0	0.00	2.84	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
11	ER5a	ExonRegion	0	0.00	3.37	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00
12	E5a_E6a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
13	ER6a	ExonRegion	0	0.00	2.10	0.39	0.00	0.00	0.69	0.00
14	E6a_E7a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
15	ER7a	ExonRegion	0	0.00	2.14	0.00	0.00	0.00	0.71	0.00
16	E7a_E8a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
17	ER8a	ExonRegion	0	0.00	5.16	0.00	0.94	0.41	0.00	0.00
18	E8a_E9a	KnownJunction	0	0.00	1.42	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
19	ER9a	ExonRegion	0	0.00	2.34	0.51	0.00	0.24	0.00	0.00
20	E9a_E10a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.89	0.00	0.00	0.00	0.00
21	ER10a	ExonRegion	0	0.00	1.94	1.26	0.00	0.43	0.00	0.00
22	E10a_E11a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
23	ER11a	ExonRegion	0	0.00	1.40	0.80	0.00	0.32	0.72	0.00
24	E11a_E12a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
25	ER12a	ExonRegion	0	0.00	0.57	0.01	0.00	0.21	0.00	0.31
26	E12a_E13a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.90	0.00	0.00
27	ER13a	ExonRegion	0	0.00	1.88	0.32	0.00	0.32	0.00	0.68
28	E13a_E14a	KnownJunction	0	0.00	1.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
29	ER14a	ExonRegion	0	0.44	0.77	0.39	0.00	0.49	0.00	0.00
30	E14a_E15a	KnownJunction	0	0.00	1.26	0.00	0.00	1.15	0.00	0.00
31	ER15a	ExonRegion	0	0.25	2.40	0.36	0.00	0.12	0.00	0.00
32	E15a_E16a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.53	0.00	0.00	0.00	0.00
33	ER16a	ExonRegion	0	0.00	0.50	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
34	E16a_E17a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
35	ER17a	ExonRegion	0	0.00	2.80	0.01	0.00	0.00	0.79	0.00
36	E17a_E18a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	1.15	0.00
37	ER18a	ExonRegion	0	0.00	1.01	0.65	0.00	0.00	0.10	0.34
38	E18a_E19a	KnownJunction	0	0.00	1.47	0.50	0.00	0.00	0.00	0.00
39	ER19a	ExonRegion	0	0.93	1.43	1.01	0.90	0.00	0.89	0.00
40	E19a_E20a	KnownJunction	0	0.00	1.47	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
41	E20_Aa	NovelBoundary	0	0.78	10.40	0.00	1.46	0.00	3.24	1.71
42	ER20a	ExonRegion	0	0.31	5.24	0.54	2.03	0.00	1.97	1.37
43	E20a_E21a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
44	ER21a	ExonRegion	0	0.50	5.02	0.01	2.08	0.00	0.22	1.68
45	E21a_E22a	KnownJunction	0	0.80	0.00	0.00	0.00	0.00	1.23	0.00
46	ER22a	ExonRegion	0	0.24	0.43	0.49	0.00	0.00	1.15	0.00
47	E22a_E23a	KnownJunction	0	0.00	1.42	0.86	0.00	0.00	0.00	0.00
48	I22_AR1	ActiveIntronRegion	0	2.01	8.98	0.54	3.20	0.00	2.25	5.74
49	E23_Aa	NovelBoundary	0	3.20	5.49	0.73	1.46	0.00	3.78	9.03
50	ER23a	ExonRegion	0	1.33	2.32	0.21	0.73	0.00	0.00	0.00
51	E23a_E24a	KnownJunction	0	0.00	1.63	0.60	0.00	0.00	0.00	0.00
52	E24_Aa	NovelBoundary	0	1.82	10.82	0.53	0.00	0.00	0.00	0.85
53	ER24a	ExonRegion	0	0.81	3.14	0.45	0.94	0.00	0.81	0.99
54	E24a_E25a	KnownJunction	0	0.98	0.00	0.00	0.00	0.00	1.13	0.00
55	ER25a	ExonRegion	0	1.08	1.93	0.00	0.00	0.00	1.15	0.03
56	E25a_E26a	KnownJunction	0	0.00	2.99	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
57	ER26a	ExonRegion	0	2.19	2.08	0.00	0.00	0.00	0.55	2.48
58	E26a_E27a	KnownJunction	0	0.00	3.13	0.00	0.00	0.00	1.66	0.00
59	ER27a	ExonRegion	0	3.15	4.79	3.65	0.70	0.00	0.95	1.13
60	E27a_E28a	KnownJunction	0	0.00	1.34	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
61	ER28a	ExonRegion	0	0.00	2.78	0.19	0.00	0.45	0.00	0.00
62	E28a_E29a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.82	0.00	0.00	0.00	0.00
63	ER29a	ExonRegion	0	3.05	4.72	2.03	1.48	0.04	1.46	3.20