Order	SeqName	SeqType	IsAE	Lum_Epi	Lum_Epi2	Myo_Epi	Myo_Epi2	hESCs	StemLike	vHMECs
1	C20orf26	Gene	0	0.21	0.15	0.71	0.24	0.25	0.10	0.16
2	340348	Transcript	0	0	0	0	0	0	0	0
3	377306	Transcript	0	0.16	0.00	0.39	0.18	0.47	0.00	0.39
4	389656	Transcript	0	0	0	0	0	0	0	0
5	377308	Transcript	0	0	0	0	0	0	0	0
6	343997	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
7	377309	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
8	245957	Transcript	0	0	0	0	0	0	0	0
9	339482	Transcript	0	0.00	0.00	1.44	1.60	0.00	0.00	0.72
10	389655	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
11	377303	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
12	377297	Transcript	0	0.00	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00
13	377293	Transcript	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
14	ER1a	ExonRegion	0	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
15	E1a_E2a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
16	ER2a	ExonRegion	0	0.77	0.00	0.00	0.00	0.00	1.06	0.00
17	ER2b	ExonRegion	0	0.24	0.00	0.44	0.60	0.00	1.04	0.00
18	E2a_E3a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.73	0.00	0.00	0.00	0.00
19	ER3a	ExonRegion	0	0.00	0.50	1.22	0.00	0.55	0.36	0.00
20	E3a_E4a	KnownJunction	0	0.00	3.26	1.70	0.00	0.00	1.66	0.00
21	ER4a	ExonRegion	0	0.00	1.99	0.83	0.00	0.00	0.51	0.00
22	E4a_E5a	KnownJunction	0	0.00	2.57	1.44	0.00	0.00	0.00	0.00
23	ER5a	ExonRegion	0	0.00	2.07	1.71	0.00	1.21	0.00	0.17
24	E5a_E6a	KnownJunction	0	0.00	0.00	1.78	0.00	0.00	0.00	0.69
25	ER6a	ExonRegion	0	0.41	0.93	1.18	0.51	0.42	0.00	0.34
26	E6a_E8a	KnownJunction	0	0.65	1.50	1.60	1.49	0.99	0.00	0.00
27	ER7a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.46	0.00	0.00	0.00	0.00
28	E7a_E9a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
29	ER8a	ExonRegion	0	0.91	0.50	1.50	0.26	0.64	0.77	0.80
30	E8a_E9a	KnownJunction	0	1.74	0.00	2.54	0.00	1.13	1.05	0.59
31	ER9a	ExonRegion	0	1.13	0.00	1.30	1.15	0.94	0.52	0.30
32	E9a_E10a	KnownJunction	0	0.62	0.00	0.80	0.00	0.00	0.00	0.00
33	ER10a	ExonRegion	0	1.22	0.00	0.60	0.00	0.22	0.00	0.51
34	E10a_E11a	KnownJunction	0	0.00	0.00	2.24	0.00	1.18	0.00	0.00
35	ER11a	ExonRegion	0	0.00	0.00	1.33	0.00	0.83	0.00	0.00
36	E11a_E12a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
37	E11a_E13a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
38	E11a_E13b	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
39	ER12a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.25	0.00	0.50	0.00	0.15
40	E12a_E13a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.60	0.00	0.99	0.00	0.89
41	E12b_E13a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
42	ER12b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
43	ER13a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.68	0.00	0.81	0.00	0.67
44	ER13b	ExonRegion	0	0.69	0.00	0.41	0.00	1.51	0.00	0.60
45	E13a_E14a	KnownJunction	0	1.03	0.00	0.65	0.00	1.11	0.00	0.00
46	ER14a	ExonRegion	0	0.31	0.00	2.02	1.19	1.42	0.00	0.37
47	E14a_E15a	KnownJunction	0	0.77	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
48	E14a_E16a	KnownJunction	0	0.00	0.00	2.66	1.33	1.18	0.00	0.00
49	ER15a	ExonRegion	0	0.77	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
50	ER15b	ExonRegion	0	0.16	0.00	0.39	0.18	0.47	0.00	0.39
51	E15_Db	NovelBoundary	0	20.45	41.40	20.26	29.10	6.96	15.28	19.55
52	ER16a	ExonRegion	0	0.00	0.00	2.28	0.18	0.15	0.00	0.10
53	E16a_E17a	KnownJunction	0	0.00	0.00	2.34	0.00	0.00	0.00	0.00
54	E16a_E18a	KnownJunction	0	0.00	0.00	1.44	1.60	0.00	0.00	0.72
55	ER17a	ExonRegion	0	0.00	0.00	2.86	0.00	0.00	0.00	0.53
56	E17a_E18a	KnownJunction	0	0.00	0.00	2.80	0.00	0.00	0.00	0.66
57	ER18a	ExonRegion	0	0.72	0.45	3.18	1.37	0.60	0.00	0.48
58	E18_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
59	E18a_E19a	KnownJunction	0	1.75	0.00	2.74	0.00	0.00	0.00	0.00
60	ER18b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
61	ER19a	ExonRegion	0	0.99	0.39	0.59	0.70	0.00	0.00	0.38
62	E19a_E21a	KnownJunction	0	0.75	1.63	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
63	ER20a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
64	E20a_E21a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
65	ER21a	ExonRegion	0	0.37	1.03	0.26	0.74	0.00	0.00	0.00
66	E21a_E22a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
67	ER22a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.26	0.50	0.00	0.00	0.00
68	E22a_E23a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.63	1.68	0.00	0.00	0.00
69	ER23a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.55	0.83	0.00	0.00	0.00
70	E23a_E24a	KnownJunction	0	0.00	0.00	2.21	0.00	0.00	0.00	0.00
71	ER24a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.79	0.00	0.00	0.00	0.29
72	E24a_E25a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
73	E24a_E26a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.82	0.00	0.00	0.00	0.00
74	ER25a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
75	E25_Da	KnownBoundary	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
76	ER25b	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
77	ER26a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.17
78	E26a_E27a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
79	E26a_E28a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
80	ER27a	ExonRegion	0	0.24	0.00	0.71	0.00	0.13	0.00	0.00
81	E27a_E28a	KnownJunction	0	0.00	0.00	2.67	0.00	0.00	0.00	0.00
82	ER28a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.82	0.00	0.26	1.01	0.00
83	E28a_E29a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.00	0.00	1.18	0.00	0.00
84	ER29a	ExonRegion	0	0.00	0.00	1.05	0.00	0.08	0.00	0.00
85	E29a_E30a	KnownJunction	0	0.00	0.00	0.89	0.00	0.00	0.00	0.00
86	ER30a	ExonRegion	0	0.00	0.00	0.73	0.00	0.00	0.00	0.00
87	E30a_E31a	KnownJunction	0	0.00	0.00	1.78	0.00	0.00	0.00	0.00
88	ER31a	ExonRegion	0	0.12	0.00	0.23	0.00	0.08	0.00	0.00