Order SeqName SeqType IsAE Lum_Epi Lum_Epi2 Myo_Epi Myo_Epi2 hESCs StemLike vHMECs 1 DLGAP1 Gene 0 3.62 0.73 1.32 0.31 31.26 0.67 0.12 2 315677 Transcript 0 5.13 3.12 0.13 0.00 37.35 0.18 0.00 3 400150 Transcript 0 0.00 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.11 4 400155 Transcript 0 0 0 0 0 0 0 0 5 400149 Transcript 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 6 400145 Transcript 0 0.89 0.00 0.68 0.47 13.76 0.00 0.00 7 400147 Transcript 0 0 0 0 0 0 0 0 8 ER1a ExonRegion 0 2.67 1.49 0.25 0.00 27.29 0.36 0.00 9 E1a_E4a KnownJunction 0 7.59 4.76 0.00 0.00 47.40 0.00 0.00 10 ER2a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.72 0.00 0.00 0.00 0.22 11 E2_Ab KnownBoundary 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 12 E2_Ac KnownBoundary 0 0.00 0.00 1.70 0.00 0.00 0.00 0.73 13 ER2b ExonRegion 0 0.00 0.00 1.35 0.00 0.00 0.00 0.67 14 ER2c ExonRegion 0 0.00 0.00 0.98 0.00 0.03 0.00 0.75 15 E2a_E4a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00 16 E2b_E4a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 17 ER2d ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 18 ER3a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19 E3a_E4a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 20 ER4a ExonRegion 0 5.08 3.15 1.10 0.00 66.65 0.00 0.71 21 E4a_E5a KnownJunction 0 4.07 1.00 0.82 0.00 103.90 0.00 0.00 22 ER5a ExonRegion 0 2.17 1.60 0.60 0.51 65.92 0.52 0.29 23 E5a_E6a KnownJunction 0 3.10 0.00 1.62 0.00 71.26 0.00 0.00 24 ER6a ExonRegion 0 3.69 1.91 0.52 0.02 52.80 0.00 0.00 25 E6a_E8a KnownJunction 0 6.43 0.00 1.67 0.00 44.95 0.00 0.00 26 I6_AR1 ActiveIntronRegion 0 0.72 0.00 0.38 0.00 13.67 0.00 0.00 27 I6_AR3 ActiveIntronRegion 0 1.80 0.17 0.49 0.18 9.35 0.17 0.00 28 I6_AR4 ActiveIntronRegion 0 1.18 0.00 0.23 0.00 15.51 0.00 0.00 29 I6_SR5 SilentIntronRegion 0 1.65 0.28 0.26 0.00 11.63 0.09 0.00 30 I6_AR5 ActiveIntronRegion 0 0.94 0.43 0.33 0.00 11.13 0.00 0.00 31 I6_AR6 ActiveIntronRegion 0 0.66 0.58 0.63 0.93 9.93 0.00 0.00 32 I6_SR7 SilentIntronRegion 0 1.08 0.13 0.22 0.03 8.31 0.00 0.00 33 I6_AR8 ActiveIntronRegion 0 1.25 0.18 0.42 0.00 7.85 0.00 0.28 34 I6_AR9 ActiveIntronRegion 0 0.60 0.00 0.31 0.33 12.61 0.00 0.00 35 I6_SR12 SilentIntronRegion 0 1.22 0.21 0.13 0.12 7.56 0.06 0.00 36 E7a_E8a KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 37 E7a_E8b KnownJunction 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 38 ER7a ExonRegion 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.00 0.00 39 I7 Intron 0 2.28 2.94 1.84 3.02 11.19 4.49 1.16 40 I7_AR5 ActiveIntronRegion 0 2.90 5.50 3.97 7.96 5.00 15.39 0.40 41 I7_AR6 ActiveIntronRegion 0 1.81 1.08 0.55 3.71 18.79 6.26 0.51 42 I7_SR5 SilentIntronRegion 0 18.06 16.69 7.20 17.14 158.80 21.24 13.75 43 I7_AR8 ActiveIntronRegion 0 1.92 3.60 2.12 2.46 26.79 4.18 1.99 44 I7_AR9 ActiveIntronRegion 0 3.25 5.79 6.18 4.99 29.06 4.98 0.67 45 I7_SR6 SilentIntronRegion 0 2.44 4.31 2.53 3.89 16.16 6.74 1.42 46 I7_AR10 ActiveIntronRegion 0 13.64 24.72 12.98 23.57 57.67 39.12 9.73 47 ER8a ExonRegion 0 4.13 2.04 1.75 0.00 55.39 2.57 0.00 48 E8_Ab KnownBoundary 0 5.61 1.08 2.24 0.00 33.01 1.63 0.00 49 ER8b ExonRegion 0 2.73 0.68 1.40 0.82 44.72 0.84 0.00 50 E8a_E9a KnownJunction 0 2.57 0.00 0.00 1.68 49.26 0.00 0.00 51 ER9a ExonRegion 0 2.97 0.74 0.71 0.50 56.01 0.00 0.00 52 E9a_E10a KnownJunction 0 2.40 1.34 0.72 0.00 52.24 0.00 0.00 53 ER10a ExonRegion 0 3.97 0.83 1.16 0.00 41.09 0.87 0.00 54 E10a_E11a KnownJunction 0 7.39 1.63 0.89 0.00 65.72 0.00 0.00 55 ER11a ExonRegion 0 8.29 1.12 3.36 0.91 59.50 0.00 0.00 56 E11a_E12a KnownJunction 0 11.67 1.52 5.17 1.08 67.96 0.00 0.00 57 ER12a ExonRegion 0 8.08 0.25 2.73 0.84 51.28 0.76 0.10 58 E12_Da KnownBoundary 0 1.57 0.00 0.83 1.33 21.88 0.00 0.00 59 E12a_E13a KnownJunction 0 5.89 0.00 1.37 0.00 13.19 1.34 0.76 60 ER12b ExonRegion 0 0.89 0.00 0.68 0.47 13.76 0.00 0.00 61 ER13a ExonRegion 0 1.94 0.32 0.47 0.00 5.18 0.63 0.15 62 E13_Da KnownBoundary 0 5.06 0.00 1.67 0.00 13.62 0.00 0.00 63 ER13b ExonRegion 0 4.62 0.33 2.03 0.47 29.93 0.99 0.14 64 IG27_AR3 ActiveIntergenicRegion 0 0.45 1.60 1.52 2.42 7.72 1.04 0.89